安徽生物技術空間轉錄組

高通量空間轉錄組學數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構、基于微陣列數(shù)據(jù)的細胞類型去卷積、空間高變基因的識別、細胞間相互作用的推導等。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。對于未進行轉錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達模式。此外，“空間轉錄組學”這一術語的變體，也用于描述將轉錄本定位到細胞器的技術（例如 APEX-seq），盡管該技術沒有記錄任何空間坐標。空間轉錄組相關的顯微解剖技術通常分為兩類：機械和光學。安徽生物技術空間轉錄組

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據(jù)單細胞轉錄組數(shù)據(jù)來模擬重構組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個在單細胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當然，這種方法的通量比較低。當然隨著技術的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式，已經(jīng)把測序通量提高到了10000+個轉錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術。后面主要討論的都是基于這種策略。 江蘇空間轉錄組做什么HE 染色適用于空間轉錄組的組織學呈現(xiàn)方法。

一些實現(xiàn)空間轉錄組學的重要技術，**早可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出，空間轉錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**終獲得空間轉錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位測序技術方法的代表性技術分別為 FISSEQ，ISS，STARmap。

空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉錄組技術實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。

空間轉錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和Barcode處理。另外一個軟件Loupe Cell Browser是一個適用于Windows和MacOS的桌面應用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。只聽名字就想嘗試，不清楚空間轉錄組的原理及通過該技術究竟能拿到什么結果。上?？臻g轉錄組規(guī)格

早期空間轉錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。安徽生物技術空間轉錄組

1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。安徽生物技術空間轉錄組

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