陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

來源: 發(fā)布時間:2021-11-25

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù),從而解析單個組織切片中的所有mRNA??臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息,為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向??臻g轉(zhuǎn)錄組組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學信息。陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

第二,數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。第三,研究物種及組織的多樣化。在當前時代,除 LCM 之外,研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉(zhuǎn)錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化,將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學地圖集提供廣闊的前景。第四,集成度高、交互性強、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā)。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的整合和分析。遼寧空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組可以進行細胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。

 **近,空間轉(zhuǎn)錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關(guān)系對于理解疾病病理可能至關(guān)重要??臻g轉(zhuǎn)錄組學是一項開創(chuàng)性的技術(shù),它使科學家能夠測量組織樣本中的所有基因活性,并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術(shù)已經(jīng)導致了新發(fā)現(xiàn),這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于**、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化:取新鮮組織、冷凍、切片,并進行HE染色成像,優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域??臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,并進行固定和透化,使細胞中的 mRNA 得到釋放,并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,從而獲取基因表達信息??臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建:以捕獲的 RNA 為模板,進行 cDNA 合成,和測序文庫制備??臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序:對制備好的測序文庫,進行二代高通量短讀長測序??臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析:結(jié)合HE結(jié)果,確定哪些基因有表達,表達量高低,以及這些基因的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼,伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,可以看到,在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域,這兩種技術(shù)已為科學研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進展,到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進展,相信在接下來的時間里,單細胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學的發(fā)展做出極其重要的貢獻。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細胞的轉(zhuǎn)錄表達信息,但是缺失了來源組織的空間組成信息?,F(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息,但是每個捕獲spot的信息無法達到單細胞分辨率(10個左右細胞)。因此,這兩個技術(shù)的存在是天然互補的,而將兩者的結(jié)合也是水到渠成,完美結(jié)合。scRNA-seq 技術(shù)的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。河南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組價格

作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序,可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達特征和細胞類型定位情況。陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經(jīng)過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數(shù)據(jù)進行可視化分析??臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

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