歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領(lǐng)大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數(shù)據(jù)挖掘的標準分析流程。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設計。重慶空間轉(zhuǎn)錄組做什么
早期空間轉(zhuǎn)錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀八十年代，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動化程度較高，避免了對轉(zhuǎn)基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設計因此也更為方便。青?？臻g轉(zhuǎn)錄組有什么用10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)。
基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細胞分辨率、亞細胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應用于更大的組織區(qū)域。缺點是：檢測效率較低。
**近，空間轉(zhuǎn)錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關(guān)系對于理解疾病病理可能至關(guān)重要。空間轉(zhuǎn)錄組學是一項開創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術(shù)已經(jīng)導致了新發(fā)現(xiàn)，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應用于**、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達特征和細胞類型定位情況。
空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細胞的時空表達數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細胞*的文章；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎(chǔ)。應用空間轉(zhuǎn)錄組有什么用
正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展。重慶空間轉(zhuǎn)錄組做什么
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析。重慶空間轉(zhuǎn)錄組做什么
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