安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點為特殊的載玻片。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組是什么正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展。

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。10x? Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm。

當前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學實驗結(jié)合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略?；贚CM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。江西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設計。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。安徽空間轉(zhuǎn)錄組做什么

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