北京空間轉(zhuǎn)錄組做什么

來源: 發(fā)布時間:2021-11-05

一些實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù),**早可以追溯到二十世紀(jì)七十年代,長期以來,各種形式的原位雜交技術(shù)(ISH)已用于可視化空間中的基因表達(dá)。從技術(shù)原理中不難看出,空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接(SBL)或者基于合成(SBS) 的原位測序, 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段,**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同(SOLiD,cPAL和SEDAL),基于 SBL 的原位測序技術(shù)方法的代表性技術(shù)分別為 FISSEQ,ISS,STARmap。過真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。北京空間轉(zhuǎn)錄組做什么

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經(jīng)過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進(jìn)行測序,并對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運(yùn)用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢?

歐易生物自引進(jìn)10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序,在樣本包埋、切片、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗(yàn)。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計,分享歐易生物在樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象:A、對空間轉(zhuǎn)錄組感興趣,期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),或近期準(zhǔn)備開展空間轉(zhuǎn)錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展,需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選,開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代,當(dāng)時 DNA 測序通量正在增加,動物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的,目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加,增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù),直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動化程度較高,避免了對轉(zhuǎn)基因品系的依賴,同時由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利,探針設(shè)計因此也更為方便。只聽名字就想嘗試,不清楚空間轉(zhuǎn)錄組的原理及通過該技術(shù)究竟能拿到什么結(jié)果。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,同時可以對每個 gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后,首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序,它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。對于 EDA 以外的任務(wù),用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語法,轉(zhuǎn)換對象類型,空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。重慶歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

在未來的5-10年里,空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)妥妥的是技術(shù)熱點(diǎn)。北京空間轉(zhuǎn)錄組做什么

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起,從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況,同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息??臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類:機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等,通過沿感興趣軸,利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片,然后在每個切片上均進(jìn)行 RNA 測序。10x 提供的載玻片分為兩種:用于摸索組織比較好透化時間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片。北京空間轉(zhuǎn)錄組做什么

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊,各種專業(yè)設(shè)備齊全。專業(yè)的團(tuán)隊大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗(yàn),熟悉行業(yè)專業(yè)知識技能,致力于發(fā)展歐易生物的品牌。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價值,希望通過我們的專業(yè)水平和不懈努力,將檢驗(yàn)檢測服務(wù)。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動,具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),會務(wù)服務(wù),企業(yè)管理咨詢。等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測,學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢,堅持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。