甘肅玉米空間代謝組學(xué)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2023-03-30

空間代謝組學(xué)研究作者對(duì)P493-6B細(xì)胞淋巴瘤系(BCL)進(jìn)行了全基因組表達(dá)譜、核突變和ChIP分析,發(fā)現(xiàn)MYC誘導(dǎo)增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相關(guān)蛋白在內(nèi)的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表達(dá),在MYC誘導(dǎo)的肝細(xì)胞*(HCC)、急性白血?。═-ALL)和腎細(xì)胞*(RCC)的三種體內(nèi)轉(zhuǎn)基因小鼠模型中也有類(lèi)似表達(dá)。還發(fā)現(xiàn)MYC與這些FA合成基因的啟動(dòng)子結(jié)合并啟動(dòng)mRNA轉(zhuǎn)錄,如甲羥戊酸和膽固醇途徑基因的啟動(dòng)子。為了了解MYC和SREBP1之間的相互作用,作者首先,對(duì)這兩種蛋白進(jìn)行ChIP和re-ChIP分析,證明MYC和SREBP1都可以發(fā)現(xiàn)與FA合成基因啟動(dòng)子中的相同DNA分子結(jié)合(圖1)。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表達(dá),但不降低MYC基因的表達(dá)。其次,ChIP的MYC與啟動(dòng)子結(jié)合,不僅調(diào)節(jié)FA合成基因的表達(dá),還調(diào)節(jié)糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表達(dá)。因此,MYC似乎會(huì)依次調(diào)節(jié)參與脂質(zhì)合成的基因:首先誘導(dǎo)葡萄糖和谷氨酰胺,然后誘導(dǎo)FA合成相關(guān)基因。通過(guò)RNA測(cè)序(RNA-seq)發(fā)現(xiàn),增加MYC水平會(huì)引起糖酵解、谷氨酰胺分解和FA合成??臻g代謝組學(xué),代謝組數(shù)據(jù)庫(kù)。甘肅玉米空間代謝組學(xué)

研究表明,MYC對(duì)磷脂酰肌醇(PI)代謝具有組織特異性。作者通過(guò)空間代謝組學(xué)檢測(cè)到RCC和T-ALL中,MYC可逆地降低了PI;但在LC和HCC中,MYC反而增加了這些物質(zhì)(圖 7)??赡苁怯捎诜伪砻娓缓琍G和PI,MYC才會(huì)增加了LC中的PI含量。作者推斷,MYC通常能夠增加PGs含量,但以組織特異性方式差異調(diào)節(jié)其他GPs,如PIs。***作者對(duì)脂肪生成在MYC誘導(dǎo)的**發(fā)生中的作用進(jìn)行了探究,通過(guò)空間代謝組學(xué)、IHC和Western Blot等方法證明通過(guò)體外抑制FA合成可以抑制MYC誘導(dǎo)的脂肪生成,從而抑制了RCC、HCC和BCL的增殖(圖 8)。福建空間代謝組學(xué)與空間組學(xué)空間分辨代謝組學(xué)進(jìn)展和挑戰(zhàn)。

作者進(jìn)行了空間代謝組學(xué)(~50μm的空間分辨率),并根據(jù)m/z848.63和m/z844.52對(duì)主要的髓鞘標(biāo)志物進(jìn)行了成像,推測(cè)它們分別屬于Cer(D18:1/24:1)和PC(38:6)(圖2G)。白質(zhì)和灰質(zhì)的代表性質(zhì)譜如圖2H所示。結(jié)果表明,使用拉曼光譜結(jié)構(gòu)信息和空間代謝組學(xué)對(duì)髓鞘中的脂質(zhì)進(jìn)行特定的成分分析是可能的。對(duì)單個(gè)有髓組織成分光譜的分析證實(shí),構(gòu)成有髓組織光譜的主要分子是脂質(zhì),包括腦苷脂、膽固醇、鞘磷脂、磷脂酰膽堿,以及程度較小的蛋白質(zhì)(圖2F)。

空間代謝組學(xué)助力醫(yī)科院藥物所蔣建東團(tuán)隊(duì)探究靶向納米技術(shù)促進(jìn)小檗堿肝臟吸收機(jī)制。中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥物研究所蔣建東團(tuán)隊(duì)課題組在NatureCommunications發(fā)表了題為“Liver-targetnanotechnologyfacilitatesberberinetoamelioratecardio-metabolicdiseases"的研究成果,通過(guò)AFADESI-MSI空間代謝組學(xué)、WesternBlotting、RT-PCR、Flowcytometry和ELISA等技術(shù)研究BBR-CTA-Mic對(duì)高脂飲食小鼠的代謝紊亂和******效果,發(fā)現(xiàn)BBR-CTA-Mic不僅可有效促進(jìn)肝臟沉積和肝細(xì)胞攝取BBR,還能降低血漿中的脂質(zhì)和促炎細(xì)胞因子??臻g代謝組技術(shù)流程 。

空間代謝組學(xué)成像技術(shù)則是通過(guò)一些原位電離源,如DESI(解吸電噴霧電離源)、MALDI(基質(zhì)輔助激光解吸電離源),與質(zhì)譜相聯(lián),通過(guò)可視化的成像軟件,使得被檢測(cè)到的質(zhì)荷比根據(jù)含量不同通過(guò)不同強(qiáng)度的色彩呈現(xiàn),進(jìn)而提供化合物“在哪里?”的信息。無(wú)需樣品處理實(shí)時(shí)成像——電噴霧電離技術(shù)DESI系列比較大的優(yōu)勢(shì)就在于無(wú)需樣品處理,DESI-MSI作為新型敞開(kāi)式質(zhì)譜成像技術(shù),其突出的優(yōu)勢(shì)是在大氣壓條件且敞開(kāi)式環(huán)境下,不需要進(jìn)行復(fù)雜的樣品前處理和基質(zhì)輔助,可更真實(shí)反映樣品表面分子分布特征。專(zhuān)業(yè)空間代謝組學(xué) 技術(shù)團(tuán)隊(duì),歡迎咨詢(xún)。福建空間代謝組學(xué)優(yōu)勢(shì)

空間代謝組學(xué)基于AFADESI-MSI的代謝物研究。甘肅玉米空間代謝組學(xué)

空間代謝組學(xué):該技術(shù)解決了生物組織中低含量代謝物難檢測(cè)、覆蓋種類(lèi)少和成像質(zhì)量差等技術(shù)難題,可實(shí)現(xiàn)生物組織中約1500個(gè)代謝物的成像分析,包括膽堿類(lèi)、多胺類(lèi)、氨基酸類(lèi)、肉堿類(lèi)、核苷類(lèi)、核苷酸類(lèi)、有機(jī)酸類(lèi)、碳水化合物類(lèi)、膽固醇類(lèi)、膽酸類(lèi)和脂質(zhì)類(lèi)等,并精確表征與識(shí)別功能代謝物在組織亞區(qū)域的分布特征。在獲得AFADESI-MSI平臺(tái)原創(chuàng)團(tuán)隊(duì)全力支持下,經(jīng)過(guò)前期的研發(fā)以及1年時(shí)間的技術(shù)服務(wù)積累,鹿明生物已經(jīng)完成了心臟、腦、**、腸道、肝臟、腎臟、皮膚等二十幾種臨床/動(dòng)物/植物組織樣本的空間代謝組學(xué)檢測(cè)及分析,積累了豐富的樣本前處理經(jīng)驗(yàn)。甘肅玉米空間代謝組學(xué)

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