北京差異蛋白組學(xué)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-11-11

通過蛋白質(zhì)組學(xué)分析檢測了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs,在0、24和48小時(shí)各種基因的表達(dá)增加(圖2A)。此外,熱圖分析揭示了不同表達(dá)的功能基因,包括與炎癥、細(xì)胞增殖、免疫調(diào)節(jié)和血管生成相關(guān)的因素(圖2B-E)。時(shí)序分析表明,HBMECs中標(biāo)記基因的上調(diào)與炎癥因子IL3RA有關(guān),增殖相關(guān)蛋白CD40和免疫調(diào)節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進(jìn)人腦微血管內(nèi)皮細(xì)胞的血管生成能力,因此初步驗(yàn)證了M-Exos***后血管生成相關(guān)基因的表達(dá)。蛋白質(zhì)印跡結(jié)果顯示血管生成相關(guān)基因FlK1和ANGPT1的表達(dá)明顯增強(qiáng)(圖2I)。綜上所述,結(jié)果證實(shí)了M-Exos誘導(dǎo)了人腦微血管內(nèi)皮細(xì)胞的功能改變。蛋白質(zhì)組學(xué),Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。北京差異蛋白組學(xué)

4D蛋白質(zhì)組學(xué):2022年3月,牛津大學(xué)Julian C. Knight教授課題組在cell發(fā)表的題為“A blood atlas of COVID-19 defines hallmarks of disease severity and specificity”的研究成果,通過4D蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組技術(shù)、流式技術(shù)、單細(xì)胞測序技術(shù)等研究方法,為不同COVID-19嚴(yán)重程度的患者提供了一個(gè)綜合的多組圖譜,并將其與流感和敗血癥患者與健康志愿者進(jìn)行了綜合比較,將支持未來的COVID-19藥物開發(fā)、臨床試驗(yàn)設(shè)計(jì)和個(gè)性化藥物方法。中文標(biāo)題:COVID-19的血液圖譜定義了疾病嚴(yán)重程度和特異性的特征研究對(duì)象:血液發(fā)表期刊:Cell影響因子:41.582發(fā)表時(shí)間:2022.3運(yùn)用生物技術(shù):4D蛋白組學(xué)技術(shù)福建干眼蛋白組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)基本策略 研究基礎(chǔ) 研究內(nèi)容 研究意義背景。

作者通過iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定敲低NMT1后發(fā)生變化的蛋白質(zhì)。結(jié)果鑒定到三種上調(diào)蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調(diào)蛋白(NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF)(圖2A)。作者將這些蛋白質(zhì)分別命名為N-豆蔻?;抡{(diào)蛋白(NDP)和上調(diào)蛋白(NUP)。有趣的是,敲低NMT1會(huì)減少NDP和NUP的N-豆蔻?;?,而過表達(dá)NMT1會(huì)誘導(dǎo)NDP和NUP的N-豆蔻?;▓D2B)。在小鼠模型中,敲除NMT1會(huì)導(dǎo)致NDP和NUP的去N-豆蔻?;?,這可以通過在肝臟中表達(dá)外源性NMT1來部分逆轉(zhuǎn)(圖2C)。這些發(fā)現(xiàn)表明,盡管NMT1對(duì)NDP和NUP的表達(dá)起著相反的作用,但NMT1同時(shí)刺激NDP和NUP的N-豆蔻酰化。

蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的主要執(zhí)行者,而蛋白質(zhì)磷酸化修飾是生物體內(nèi)**重要的共價(jià)修飾方式之一,真核生物體內(nèi)有超過三分之一的蛋白可以發(fā)生磷酸化修飾。蛋白質(zhì)的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調(diào)節(jié)著包括細(xì)胞增殖、發(fā)育、分化、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞凋亡、神經(jīng)活動(dòng)、肌肉收縮及**發(fā)生等過程在內(nèi)的所有生命活動(dòng)。單一的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)只能解釋蛋白磷酸化水平發(fā)生的變化,而[黃金搭檔]——蛋白質(zhì)組與磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析,則在揭示疾病相關(guān)特性、篩選疾病生物標(biāo)志物、尋找藥物靶點(diǎn)等方面發(fā)揮了更加重要的作用。一站式服務(wù),蛋白組學(xué)研究不同生物體在不同時(shí)刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達(dá)的變化。

作者運(yùn)用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對(duì)種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達(dá)的定量比較,同時(shí)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類,主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對(duì)比較中,普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中,參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?;钴S。為了評(píng)估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性,以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的,作者進(jìn)行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白質(zhì)組與代謝組聯(lián)合分析。北京蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)庫

靶向蛋白質(zhì)組學(xué),信號(hào)通路蛋白靶點(diǎn)高通量分析。北京差異蛋白組學(xué)

本研究通過生理和蛋白質(zhì)組學(xué)分析在冬油菜中鑒定了大量的冷脅迫響應(yīng)蛋白。探討了冬油菜耐凍性增強(qiáng)的機(jī)理和低溫脅迫對(duì)冬油菜形態(tài)和生理生化變化的影響。文章以耐凍型Longyou 7和冷敏感型Lenox為材料,通過iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,揭示了谷胱甘肽轉(zhuǎn)移酶活性、碳水化合物結(jié)合和谷胱甘肽結(jié)合、代謝過程及IAA反應(yīng)與冷應(yīng)激反應(yīng)密切相關(guān),鑒定出了Longyou 7和Lenox之間的DAPs,這些DAPs參與氨基酸、碳水化合物、脂質(zhì)和能量代謝,對(duì)提高冬油菜的耐凍性發(fā)揮了重要作用。北京差異蛋白組學(xué)

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