北京蛋白組學meta分析

來源: 發(fā)布時間:2022-11-10

蛋白質(zhì)組學技術(shù)研究案例:作為一種常見的******,脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲存過程中會污染谷物和飼料。DON在動物中會引起厭食和生長遲緩在內(nèi)的一系列不良反應。本文作者使用轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學技術(shù)對鼠C2C12細胞進行了研究,分析DON對成肌細胞分化的影響。研究結(jié)果表明,DON通過下調(diào)細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路來影響成肌細胞的分化。本文研究體現(xiàn)了組學技術(shù)在機制研究中的重要作用。中文標題:霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調(diào)細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路影響成肌細胞分化研究對象:脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2C12細胞發(fā)表期刊:EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子:6.291發(fā)表時間:2021年10月發(fā)表單位:中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所運用生物技術(shù):轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學(由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持)、免疫熒光、免疫印跡、PCR一站式服務,蛋白組學研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達的變化。北京蛋白組學meta分析

運用生物技術(shù):磷酸化蛋白質(zhì)組學(歐易鹿明提供):2022年1月,***醫(yī)學研究院生物工程研究所鐘輝研究員、魏從文副研究員和秦成峰研究員,廣西醫(yī)科大學附屬**醫(yī)院吳飛翔教授等為共同通訊作(一作:萬祿明、鄧永強、柯躍華、麻恩浩、楊歡、林浩天)在Nature Metabolism期刊發(fā)表的題為“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果,通過磷酸化蛋白質(zhì)組學、LC-MS靶向代謝組學等研究方法,發(fā)現(xiàn)了一個全新的糖異生調(diào)控***——GP73,***會誘導GP73的產(chǎn)生和分泌,從而導致過度的糖異生。浙江蛋白組學和代謝組學的區(qū)別蛋白驗證新技術(shù)-PRM,平行反應監(jiān)視蛋白組學。

為了驗證iTRAQ標記蛋白組學分析測定的蛋白積累變化,選擇兩種蛋白進行westernblot分析。如圖4A所示,iTRAQ分析中兩種蛋白(RPD3和VMA3)的積累每次均與westernblot數(shù)據(jù)一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相對表達量與蛋白水平相似,在BF的菌絲中也表達上調(diào)(圖4B-D)。VAC8在2-1、3-1、4-1組的基因水平上高度上調(diào)。這些結(jié)果表明,這些上調(diào)的表達蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用標記定量(iTRAQ)蛋白質(zhì)組學、基于氣相色譜-質(zhì)譜的代謝組學GC-MS非靶向代謝組學和透射電鏡分析細胞結(jié)構(gòu),研究了香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色形成的機制,并且***證明氧化應激和自噬過程是至關(guān)重要,為后續(xù)進一步的研究提供了新的見解。

并通過蛋白質(zhì)組學和時間序列分析在血管生成中發(fā)揮著關(guān)鍵作用(圖3E)。時間序列分析表明,外出刺激后ICAM1表達增加(圖3F)。此外,當ICAM1在HBMECs中時,血管形成容量***降低(圖3I/j)。這些結(jié)果表明M-Exos通過增加HBMECs中的ICAM1的表達來調(diào)節(jié)血管生成。蛋白質(zhì)組學分析發(fā)現(xiàn)的差異表達蛋白與多種神經(jīng)退行性疾病相關(guān),包括帕金森病、阿爾茨海默病和亨廷頓病(圖6B)。本研究運用蛋白質(zhì)組學,蛋白質(zhì)印跡,免疫熒光、免疫組化等分析了源自MSCs的外泌體可以使人腦微血管內(nèi)皮細胞(HBMECs)保持活躍狀態(tài),有利于血管生成。應用PD小鼠模型發(fā)現(xiàn)MSCs的外泌體可以促進PD的恢復。結(jié)果可以為MSCs衍生的外泌體在PD***方面提供可能性。單細胞蛋白質(zhì)組學,極微量樣本檢測。

通過磷酸化蛋白質(zhì)組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質(zhì),其中474個(38%)在**組織中***增加,183個(15%)***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結(jié)果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示,在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉(zhuǎn)運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質(zhì)組技術(shù),是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級,可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性,**臨床蛋白質(zhì)組學在定性數(shù)量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升,從蛋白質(zhì)表達和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調(diào)控機制、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標志物等多重作用。蛋白組學常見研究模式,蛋白樣本準備注意事項以及經(jīng)典案例解讀。內(nèi)蒙古蛋白組學測序調(diào)整閾值

蛋白質(zhì)組學生物標志物&機制研究一站式服務。北京蛋白組學meta分析

本研究采用串聯(lián)質(zhì)量標簽(TMT)標記的蛋白質(zhì)組學和平行反應監(jiān)測(PRM)技術(shù),對蓮子脫水過程中的生理調(diào)控網(wǎng)絡進行了深入研究表明,碳水化合物代謝(包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織)、ER中的蛋白質(zhì)加工、DNA修復和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應。在蓮種胚脫水過程中,非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑,在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結(jié)果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調(diào)控網(wǎng)絡提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用。應激生理學檢測表明,H2O2是誘發(fā)氧化應激損傷的主要活性氧(ROS)成分,谷胱甘肽新的見解。北京蛋白組學meta分析

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