運用生物技術：TMT標記定量蛋白質(zhì)組學、PRM蛋白靶向驗證由鹿明生物提供技術支持：2021年12月，上海交通大學張荻課題組在Frontiers in Plant Science發(fā)表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通過TMT標記蛋白質(zhì)組學和平行反應監(jiān)測蛋白靶向驗證(PRM)技術研究方法，構建了蓮花胚胎脫水保護的生理調(diào)控網(wǎng)絡。為揭示荷花種子長壽的脫水保護機制提供了新的見解。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學 差異表達蛋白質(zhì)組分析研究。江蘇做蛋白組學的公司
作者使用通過單細胞蛋白組學產(chǎn)生的數(shù)據(jù)來觀察在腎小球細胞或近端腎小管中***豐富的蛋白質(zhì)細胞。208個Glom富集區(qū)蛋白富含囊泡中間運輸和細胞成分組織調(diào)節(jié)作為其**重要的生物學過程，細胞骨架蛋白結(jié)合和肌動蛋白結(jié)合是**重要的分子功能，肌動蛋白細胞骨架是**豐富的細胞成分。富含247個PT的蛋白質(zhì)主要集中在小分子代謝過程和藥物代謝過程中。在**重要的分子功能中，這些蛋白質(zhì)的氧化還原酶活性和催化活性豐富。*在GLOM切片中發(fā)現(xiàn)的67種蛋白質(zhì)中，有41種已被報導存在于腎臟中，在這41種蛋白質(zhì)中，18種(43.9%)與單細胞蛋白組學結(jié)果一致，23種(56.1%)在GLOM中與小管相比沒有增加。北京蛋白組學武漢公司研究機構,提供蛋白組學聯(lián)合分析,技術咨詢服務。
TMT蛋白質(zhì)組學探究案例：2021年9月，安徽農(nóng)業(yè)大學張照亮教授課題組在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊發(fā)表了題為“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通過TMT蛋白質(zhì)組學和泛素化蛋白質(zhì)組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了氮缺乏條件下茶樹根部響應的差異表達蛋白和泛素化蛋白質(zhì)，為茶氨酸和黃酮類生物合成的調(diào)控提供了新的見解，為茶樹翻譯后修飾調(diào)控次生代謝的研究提供了理論依據(jù)。
文章使用TMT標記定量蛋白質(zhì)組學的方法，分析鑒定了差異表達的蛋白質(zhì)，對下調(diào)的蛋白質(zhì)進行基因本體論(GO)分析，顯示下調(diào)參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細胞內(nèi)銅水平的SOX2/OCT4+細胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導的銅依賴性線粒體復合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結(jié)果確定了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，并強調(diào)了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質(zhì)組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白組學研究組織,血液,植物,尿液,動物,細胞樣品,酵母,微生物.。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。一站式服務,研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達的變化。吉林蛋白組學測序和轉(zhuǎn)錄組測序
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為了驗證iTRAQ標記蛋白組學分析測定的蛋白積累變化，選擇兩種蛋白進行westernblot分析。如圖4A所示，iTRAQ分析中兩種蛋白(RPD3和VMA3)的積累每次均與westernblot數(shù)據(jù)一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相對表達量與蛋白水平相似，在BF的菌絲中也表達上調(diào)(圖4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1組的基因水平上高度上調(diào)。這些結(jié)果表明，這些上調(diào)的表達蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用標記定量(iTRAQ)蛋白質(zhì)組學、基于氣相色譜-質(zhì)譜的代謝組學GC-MS非靶向代謝組學和透射電鏡分析細胞結(jié)構，研究了香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色形成的機制，并且***證明氧化應激和自噬過程是至關重要，為后續(xù)進一步的研究提供了新的見解。江蘇做蛋白組學的公司
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