TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫(yī)學(xué)中心和紀(jì)念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發(fā)表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了高度轉(zhuǎn)移性 SOX2/OCT4+ 細胞的離散亞群表現(xiàn)出細胞內(nèi)銅水平升高特征，探究了TM 介導(dǎo)的復(fù)合物 IV 失活確定為 SOX2/OCT4+ 細胞群中的主要代謝缺陷，AMPK/mTORC1 能量傳感器為重要的下游途徑。描繪了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，為高風(fēng)險三陰性乳腺*患者的下一代治療方法提供了理論依據(jù)。中文標(biāo)題：銅耗竭調(diào)節(jié)線粒體氧化磷酸化以損害三陰性乳腺*轉(zhuǎn)移研究對象：高風(fēng)險三陰性乳腺*(TNBC)發(fā)表期刊：NatureCommunications影響因子：14.919發(fā)表時間：2021年12月合作單位：紀(jì)念斯隆凱特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心運用關(guān)鍵生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)和靶向代謝組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué),修飾蛋白質(zhì)組,蛋白·修飾·代謝。上海蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)分析
為了更好地了解DON對C2C12細胞分化的影響，作者進行了轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的整合分析。共鑒定了149個共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調(diào)（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細胞骨架，其中大部分屬于肌動蛋白絲，少數(shù)是中間絲和微管的成分。對co-DEG進行GO分析，生物學(xué)過程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調(diào)節(jié)”條目。細胞組分中富集的**個條目是“纖維蛋白原復(fù)合物”、“細胞外空間”、“細胞外基質(zhì)”、“細胞外區(qū)域”和“蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)”，這些都是細胞外成分（圖3B）。結(jié)果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細胞外成分的表達。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質(zhì)消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。安徽血漿蛋白組學(xué)蛋白組+代謝組+脂質(zhì)組-數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)。
作者運用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?；钴S。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。
定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究：2022年2月，上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發(fā)表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、GC-MS非靶向代謝組學(xué)等技術(shù)對香菇菌絲進行定量蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)氧化應(yīng)激和自噬是香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色重要過程，并對其在蛋白質(zhì)組和代謝組水平上的分子機制有了新的認識。涉及的歐易/鹿明生物服務(wù)產(chǎn)品：iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、GC-MS非靶向代謝組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué),蛋白質(zhì)組分析,專業(yè)的多組學(xué)聯(lián)合分析。
通過蛋白質(zhì)組學(xué)分析檢測了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因，包括與炎癥、細胞增殖、免疫調(diào)節(jié)和血管生成相關(guān)的因素(圖2B-E)。時序分析表明，HBMECs中標(biāo)記基因的上調(diào)與炎癥因子IL3RA有關(guān)，增殖相關(guān)蛋白CD40和免疫調(diào)節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內(nèi)皮細胞的血管生成能力，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關(guān)基因的表達。蛋白質(zhì)印跡結(jié)果顯示血管生成相關(guān)基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述，結(jié)果證實了M-Exos誘導(dǎo)了人腦微血管內(nèi)皮細胞的功能改變。蛋白組學(xué)研究必看的經(jīng)典綜述。吉林蛋白組學(xué)質(zhì)譜測定方法
蛋白質(zhì)組學(xué)多組學(xué)分析蛋白質(zhì)組學(xué)研究進展。上海蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)分析
運用生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、PRM蛋白靶向驗證由鹿明生物提供技術(shù)支持：2021年12月，上海交通大學(xué)張荻課題組在Frontiers in Plant Science發(fā)表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通過TMT標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)和平行反應(yīng)監(jiān)測蛋白靶向驗證(PRM)技術(shù)研究方法，構(gòu)建了蓮花胚胎脫水保護的生理調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為揭示荷花種子長壽的脫水保護機制提供了新的見解。上海蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)分析
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家有著雄厚實力背景、信譽可靠、勵精圖治、展望未來、有夢想有目標(biāo)，有組織有體系的公司，堅持于帶領(lǐng)員工在未來的道路上大放光明，攜手共畫藍圖，在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠的客戶粉絲源，也收獲了良好的用戶口碑，為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ)，也希望未來公司能成為*****，努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻出自己的一份力量，我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強不息，斗志昂揚的的企業(yè)精神將**上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌，共創(chuàng)佳績，一直以來，公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠實守信的方針，員工精誠努力，協(xié)同奮取，以品質(zhì)、服務(wù)來贏得市場，我們一直在路上！