為了驗(yàn)證TMT蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)，作者選擇了18個(gè)與蓮種胚脫水保護(hù)功能密切相關(guān)的候選DEPs進(jìn)行PRM蛋白靶向驗(yàn)證。PRM鑒定了18個(gè)候選DEPs。這些蛋白質(zhì)的表達(dá)模式在PRM和TMT的定量結(jié)果之間顯示出類似的趨勢(shì)。然而，PRM檢測(cè)到的蛋白豐度的倍數(shù)變化值要大于TMT數(shù)據(jù)。這一結(jié)果在很大程度上支持了TMT數(shù)據(jù)的可靠性。基于TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的生物信息學(xué)分析，對(duì)脅迫生理指標(biāo)進(jìn)行了測(cè)定，以驗(yàn)證蓮種胚脫水的保護(hù)機(jī)制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)三大基本技術(shù)。北京蛋白組學(xué)服務(wù)公司
使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。遼寧非標(biāo)記定量蛋白組學(xué)質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué) 。
在本研究中，利用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方法對(duì)東京野茉莉種子發(fā)育的4個(gè)時(shí)間點(diǎn)采樣進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析。獲得了2338個(gè)蛋白和1473個(gè)DEPs。Mfuzz聚類分析顯示，在種子發(fā)育過(guò)程中，轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)組之間存在相當(dāng)大的時(shí)序一致性。在四個(gè)發(fā)育時(shí)期中，花后70天（種子發(fā)育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發(fā)育的關(guān)鍵時(shí)期：在該階段與脂肪酸生物合成相關(guān)的功能基因和酶蛋白均達(dá)到表達(dá)峰值，同時(shí)種仁內(nèi)部大部分營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)開始迅速積累。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)綜合分析油脂合成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個(gè)酶體系處于中心位置，在脂肪酸的合成過(guò)程中具有主導(dǎo)作用。
通過(guò)磷酸化蛋白質(zhì)組定量鑒定了1244個(gè)磷酸化蛋白質(zhì)，其中474個(gè)（38%）在**組織中***增加，183個(gè)（15%）***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學(xué)的比較結(jié)果揭示了亞型特異性的活性激酶。進(jìn)一步對(duì)差異改變的磷酸化位點(diǎn)的研究顯示，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉(zhuǎn)運(yùn)的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質(zhì)組技術(shù)，是對(duì)蛋白組學(xué)+磷酸化組學(xué)的雙重升級(jí)，可實(shí)現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性，**臨床蛋白質(zhì)組學(xué)在定性數(shù)量更多、定量更準(zhǔn)確、位點(diǎn)鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測(cè)周期更短等性能上***提升，從蛋白質(zhì)表達(dá)和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調(diào)控機(jī)制、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標(biāo)志物等多重作用。蛋白組學(xué)方案為組學(xué)研究涉及的樣本獲取,前處理,數(shù)據(jù)采集到分析的各個(gè)環(huán)節(jié)提供自動(dòng)化。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細(xì)胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個(gè)DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個(gè)DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過(guò)程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)”等生物學(xué)過(guò)程。細(xì)胞成分中富集到“細(xì)胞骨架”、“細(xì)胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān)，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān)，這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。蛋白質(zhì)組學(xué)-鹿明生物丨歐易生物。吉林蛋白組學(xué) 中藥
蛋白質(zhì)組學(xué)測(cè)序 蛋白組學(xué)技術(shù)缺點(diǎn)。北京蛋白組學(xué)服務(wù)公司
蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月30日復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過(guò)基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物組學(xué)研究方法對(duì)262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對(duì)**和*旁組織進(jìn)行了分析，通過(guò)繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進(jìn)一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機(jī)制、分子分型、預(yù)后等提供了寶貴的資源。北京蛋白組學(xué)服務(wù)公司
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的公司。歐易生物深耕行業(yè)多年，始終以客戶的需求為向?qū)?，為客戶提供高質(zhì)量的科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。歐易生物不斷開拓創(chuàng)新，追求出色，以技術(shù)為先導(dǎo)，以產(chǎn)品為平臺(tái)，以應(yīng)用為重點(diǎn)，以服務(wù)為保證，不斷為客戶創(chuàng)造更高價(jià)值，提供更優(yōu)服務(wù)。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場(chǎng)需求，提高產(chǎn)品價(jià)值，是我們前行的力量。