本文為中國科學院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發(fā)表了的文章，通過iTRAQ標記定量蛋白質組學研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應。海洋酸化可能增加海洋軟體動物疾病加劇的風險。從而將產生重大的經濟和生態(tài)影響，因此本研究結果具有重要的指導意義。在本研究中，研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水（約2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌進行***處理，以此研究海洋酸化是否會影響牡蠣對病原菌***的免疫反應。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白質組學方法，對牡蠣鰓這一潛在的造血部位進行了研究，以分析對OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。蛋白質組學,Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。天津蛋白組學質譜
作者通過iTRAQ蛋白質組學技術鑒定敲低NMT1后發(fā)生變化的蛋白質。結果鑒定到三種上調蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（圖2A）。作者將這些蛋白質分別命名為N-豆蔻?；抡{蛋白(NDP)和上調蛋白(NUP)。有趣的是，敲低NMT1會減少NDP和NUP的N-豆蔻?；^表達NMT1會誘導NDP和NUP的N-豆蔻?；▓D2B）。在小鼠模型中，敲除NMT1會導致NDP和NUP的去N-豆蔻?；?，這可以通過在肝臟中表達外源性NMT1來部分逆轉（圖2C）。這些發(fā)現(xiàn)表明，盡管NMT1對NDP和NUP的表達起著相反的作用，但NMT1同時刺激NDP和NUP的N-豆蔻?；?。上海差異蛋白組學歐易鹿明生物基于質譜技術,生物信息學方法,提供蛋白質組學。
在本研究中，利用iTRAQ標記定量蛋白組學方法對東京野茉莉種子發(fā)育的4個時間點采樣進行蛋白質組學分析。獲得了2338個蛋白和1473個DEPs。Mfuzz聚類分析顯示，在種子發(fā)育過程中，轉錄本和蛋白質組之間存在相當大的時序一致性。在四個發(fā)育時期中，花后70天（種子發(fā)育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發(fā)育的關鍵時期：在該階段與脂肪酸生物合成相關的功能基因和酶蛋白均達到表達峰值，同時種仁內部大部分營養(yǎng)物質開始迅速積累。通過轉錄組數(shù)據(jù)和蛋白質組數(shù)據(jù)綜合分析油脂合成的調控網絡，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個酶體系處于中心位置，在脂肪酸的合成過程中具有主導作用。
為了驗證TMT蛋白組學數(shù)據(jù)，作者選擇了18個與蓮種胚脫水保護功能密切相關的候選DEPs進行PRM蛋白靶向驗證。PRM鑒定了18個候選DEPs。這些蛋白質的表達模式在PRM和TMT的定量結果之間顯示出類似的趨勢。然而，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數(shù)變化值要大于TMT數(shù)據(jù)。這一結果在很大程度上支持了TMT數(shù)據(jù)的可靠性?；赥MT標記定量蛋白質組學的生物信息學分析，對脅迫生理指標進行了測定，以驗證蓮種胚脫水的保護機制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上label free蛋白組學蛋白質組學原理。
蛋白質組學技術研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲存過程中會污染谷物和飼料。DON在動物中會引起厭食和生長遲緩在內的一系列不良反應。本文作者使用轉錄組學和蛋白質組學技術對鼠C2C12細胞進行了研究，分析DON對成肌細胞分化的影響。研究結果表明，DON通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路來影響成肌細胞的分化。本文研究體現(xiàn)了組學技術在機制研究中的重要作用。中文標題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路影響成肌細胞分化研究對象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2C12細胞發(fā)表期刊：EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子：6.291發(fā)表時間：2021年10月發(fā)表單位：中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所運用生物技術：轉錄組學和蛋白質組學(由歐易/鹿明生物提供技術支持)、免疫熒光、免疫印跡、PCR歐易生物鹿明生物蛋白組學聯(lián)合分析。安徽分泌蛋白組學
質譜技術,生物信息學方法,提供蛋白質組學 。天津蛋白組學質譜
使用TMT標記定量蛋白質組學分析，與GFP-群體相比，在GFP+細胞中TM處理后，線粒體復合物IV的多個亞基被特異性下調，對下調的蛋白質進行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞，在 TM 處理 48 小時后蛋白組學分析，揭示了GFP+細胞優(yōu)先富集，同時揭示了線粒體 ETC 相關的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細胞內銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。天津蛋白組學質譜
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