TMT蛋白質(zhì)組學探究案例：2021年9月，安徽農(nóng)業(yè)大學張照亮教授課題組在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊發(fā)表了題為“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通過TMT蛋白質(zhì)組學和泛素化蛋白質(zhì)組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了氮缺乏條件下茶樹根部響應的差異表達蛋白和泛素化蛋白質(zhì)，為茶氨酸和黃酮類生物合成的調(diào)控提供了新的見解，為茶樹翻譯后修飾調(diào)控次生代謝的研究提供了理論依據(jù)。蛋白質(zhì)組學測序 蛋白組學技術缺點。吉林蛋白組學 期刊
運用生物技術：磷酸化蛋白質(zhì)組學（歐易鹿明提供）：2022年1月，***醫(yī)學研究院生物工程研究所鐘輝研究員、魏從文副研究員和秦成峰研究員，廣西醫(yī)科大學附屬**醫(yī)院吳飛翔教授等為共同通訊作（一作：萬祿明、鄧永強、柯躍華、麻恩浩、楊歡、林浩天）在Nature Metabolism期刊發(fā)表的題為“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通過磷酸化蛋白質(zhì)組學、LC-MS靶向代謝組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了一個全新的糖異生調(diào)控***——GP73，***會誘導GP73的產(chǎn)生和分泌，從而導致過度的糖異生。福建定量蛋白組學多少錢一次單細胞組學 單細胞蛋白組學 蛋白質(zhì)組學 。
在本研究中，利用iTRAQ標記定量蛋白組學方法對東京野茉莉種子發(fā)育的4個時間點采樣進行蛋白質(zhì)組學分析。獲得了2338個蛋白和1473個DEPs。Mfuzz聚類分析顯示，在種子發(fā)育過程中，轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)組之間存在相當大的時序一致性。在四個發(fā)育時期中，花后70天（種子發(fā)育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發(fā)育的關鍵時期：在該階段與脂肪酸生物合成相關的功能基因和酶蛋白均達到表達峰值，同時種仁內(nèi)部大部分營養(yǎng)物質(zhì)開始迅速積累。通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)綜合分析油脂合成的調(diào)控網(wǎng)絡，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個酶體系處于中心位置，在脂肪酸的合成過程中具有主導作用。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。蛋白質(zhì)組學,蛋白質(zhì)組分析,專業(yè)的多組學聯(lián)合分析。
iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法：2021年7月，海南大學園藝園林學院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過RNA測序(RNA-seq)和iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法，發(fā)現(xiàn)了油茶種子成熟過程中與油質(zhì)相關關鍵代謝產(chǎn)物的積累模式特征，探究了不同成熟度油茶轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組譜機理，描繪了海南油茶種子成熟過程的動態(tài)變化圖譜。為該樹種的遺傳改良提供了理論依據(jù)。label free蛋白組學蛋白質(zhì)組學原理。福建定量蛋白組學多少錢一次
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蛋白質(zhì)組學研究方法研究案例：2021年10月，中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所武愛波研究員課題組在Ecotoxicology and Environmental Safety發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學研究方法，探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON）對成肌細胞分化的影響，發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細胞骨架蛋白和細胞外基質(zhì)蛋白表達下調(diào)，并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路的機理，為食品和飼料污染的防治提供了理論依據(jù)。吉林蛋白組學 期刊
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