TMT蛋白質組學探究案例：2021年9月，安徽農業(yè)大學張照亮教授課題組在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊發(fā)表了題為“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通過TMT蛋白質組學和泛素化蛋白質組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了氮缺乏條件下茶樹根部響應的差異表達蛋白和泛素化蛋白質，為茶氨酸和黃酮類生物合成的調控提供了新的見解，為茶樹翻譯后修飾調控次生代謝的研究提供了理論依據(jù)。一文了解DIA、TMT/iTRAQ、傳統(tǒng)Label free蛋白組學區(qū)別在哪。安徽蛋白組學go分析
采用TMT標記定量蛋白質組學技術對三個脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進行了蛋白質組學分析，共鑒定了5,477個蛋白質。對測試樣本進行了PCA分析，結果顯示，不同組間樣品具有很好的區(qū)分，每組的三個重復樣本被聚集在一起。PCA的前兩個成分占總方差的70％以上（圖2A）。三個試驗組之間共有815個差異表達蛋白。其中，198個（32%）和198個（26%）蛋白質豐度增加，而420個（68%）和558個（74%）蛋白質豐度在27DAP和40DAP組分別下降（圖2B）。只有30個蛋白質的豐度在27DAP和40DAP組之間具有***變化（圖2C）。內蒙古細胞蛋白組學歐易鹿明生物基于質譜技術,生物信息學方法,提供蛋白質組學。
作者進行了綜合分析，將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質和代謝標志物來預測DKD狀態(tài)。五種機器學習模型表明，組合模型提高了DKD預測的準確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結果?？偟膩碚f，組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學的組合可以提高預測和診斷DKD的準確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學的生物標志物可用于DKD的預警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。
蛋白組學技術可以提供細胞狀態(tài)和調控的功能信息，本研究建立了單細胞蛋白組學方法，實現(xiàn)了高靈敏度的蛋白組學檢測。該技術有助于揭示疾病的發(fā)病機制，探討預后和風險相關的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學異質性和獨特的蛋白標志物，為藥物靶點***提供希望。大規(guī)模單細胞分析對于捕獲復雜細胞系統(tǒng)中的生物異質性至關重要，但*基于RNA技術的單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)并不能很好地**蛋白質水平上的變化。而單細胞蛋白組學技術能夠從蛋白質水平上破譯細胞機制并且獲得更多的信息。蛋白質組學質譜分析蛋白質組學三大基本技術。
定量蛋白質組學研究：2022年2月，上海市農業(yè)科學院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發(fā)表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學等技術對香菇菌絲進行定量蛋白質組學和代謝組學分析，發(fā)現(xiàn)氧化應激和自噬是香菇菌絲后熟轉色重要過程，并對其在蛋白質組和代謝組水平上的分子機制有了新的認識。涉及的歐易/鹿明生物服務產品：iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學單細胞蛋白質組學，極微量樣本檢測。浙江蛋白組學研究雜志
單細胞蛋白組學之質譜流式細胞技術。安徽蛋白組學go分析
蛋白質組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質組變化相一致，這進一步證實了蛋白質組學數(shù)據(jù)中蛋白質的表達（圖4B）。轉錄組學和蛋白質組學聯(lián)合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。安徽蛋白組學go分析
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