TMT標記定量蛋白質(zhì)組學研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫(yī)學中心和紀念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發(fā)表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過蛋白質(zhì)組學和代謝組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了高度轉(zhuǎn)移性 SOX2/OCT4+ 細胞的離散亞群表現(xiàn)出細胞內(nèi)銅水平升高特征，探究了TM 介導的復合物 IV 失活確定為 SOX2/OCT4+ 細胞群中的主要代謝缺陷，AMPK/mTORC1 能量傳感器為重要的下游途徑。描繪了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，為高風險三陰性乳腺*患者的下一代治療方法提供了理論依據(jù)。中文標題：銅耗竭調(diào)節(jié)線粒體氧化磷酸化以損害三陰性乳腺*轉(zhuǎn)移研究對象：高風險三陰性乳腺*(TNBC)發(fā)表期刊：NatureCommunications影響因子：14.919發(fā)表時間：2021年12月合作單位：紀念斯隆凱特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心運用關(guān)鍵生物技術(shù)：TMT標記定量蛋白質(zhì)組學和靶向代謝組學label free蛋白組學蛋白質(zhì)組學原理。浙江清華大學 蛋白組學
隨著質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展，特別是離子淌度的引入，增加了一個新的分離維度，將蛋白質(zhì)組研究推進到全新的“4D蛋白質(zhì)組”層面，打破了基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學研究的瓶頸，大幅度的提高掃描速度和檢測靈敏度，帶來蛋白質(zhì)組學在鑒定深度、檢測周期、定量準確性等性能的***提升，可以更好的解決大隊列、復雜體系以及微量樣本的檢測。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配備了***一代雙TIMS分析器，離子容量可提高三倍。經(jīng)過簡化的離子透鏡比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，為4D-多組學建立了新的標準。CCS 值的加入讓組學結(jié)果更精細，也使timsTOF Pro 2成為轉(zhuǎn)化組學應用不可或缺的工具。timsTOF Pro 2 能夠?qū)崿F(xiàn)少量細胞群或生物穿刺樣本等低樣本量的蛋白組定量分析以及磷酸化蛋白質(zhì)組學分析，在短梯度下實現(xiàn)蛋白深度覆蓋。遼寧質(zhì)譜的蛋白組學扎根蛋白組學臨床科研基礎(chǔ)研究領(lǐng)域,多年項目服務經(jīng)驗。
2022年2月，亞特蘭大埃默里大學醫(yī)學院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發(fā)表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通過基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、TMT標記定量蛋白質(zhì)組學、代謝組學的研究方法，揭示了新的與AD相關(guān)的蛋白共表達模塊，部分模塊在RNA的網(wǎng)絡中不存在。這為開發(fā)疾病***的潛在靶點提供依據(jù)，為臨床的蛋白質(zhì)組研究提供重要價值。
通過蛋白質(zhì)組學+轉(zhuǎn)錄組學研究方法，發(fā)現(xiàn)大黃素引發(fā)外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關(guān)***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化來減輕嚴重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷提供依據(jù)。中文標題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導的肺泡巨噬細胞活化減輕嚴重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷研究對象：大鼠血漿外泌體發(fā)表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發(fā)表時間：2021年10月合作單位：四川大學華西醫(yī)院運用生物技術(shù)：TMT標記定量蛋白組學（由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持）、轉(zhuǎn)錄組學蛋白質(zhì)組學多組學分析蛋白質(zhì)組學研究進展。
本研究采用串聯(lián)質(zhì)量標簽（TMT）標記的蛋白質(zhì)組學和平行反應監(jiān)測（PRM）技術(shù)，對蓮子脫水過程中的生理調(diào)控網(wǎng)絡進行了深入研究表明，碳水化合物代謝（包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織）、ER中的蛋白質(zhì)加工、DNA修復和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應。在蓮種胚脫水過程中，非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑，在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結(jié)果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調(diào)控網(wǎng)絡提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用。應激生理學檢測表明，H2O2是誘發(fā)氧化應激損傷的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的見解。蛋白質(zhì)組學,Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。浙江清華大學 蛋白組學
蛋白質(zhì)組學基本策略 研究基礎(chǔ) 研究內(nèi)容 研究意義背景。浙江清華大學 蛋白組學
iTRAQ標記定量蛋白組學技術(shù)鑒定AHSG和RPL29分別是上調(diào)和下調(diào)*****的蛋白。301份肝*標本的統(tǒng)計分析表明AHSG與NMT1呈正相關(guān)，而RPL29與NMT1呈負相關(guān)（圖8A）。此外，NMT1和AHSG均與**分期正相關(guān)，而RPL29與肝*的**分期呈負相關(guān)（圖8B）。值得注意的是，NMT1和AHSG水平較高的肝*患者的生存率低于水平較低的肝*患者（圖8C）。而較高水平的RPL29表明存活率較高（圖8C）。這些數(shù)據(jù)表明NMT1、NUP和NDP與肝*的臨床結(jié)果密切相關(guān)。iTRAQ蛋白質(zhì)組學技術(shù)鑒定NMT1敲除時發(fā)生變化的蛋白質(zhì)；浙江清華大學 蛋白組學
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