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作者進行了綜合分析,將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中,并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質(zhì)和代謝標志物來預測DKD狀態(tài)。五種機器學習模型表明,組合模型提高了DKD預測的準確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結果。總的來說,組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明,α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明,半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑,此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學的組合可以提高預測和診斷DKD的準確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學的生物標志物可用于DKD的預警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。label free蛋白組學蛋白質(zhì)組學原理。上海血漿蛋白組學
蛋白質(zhì)組學研究方法研究案例:2021年10月,中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所武愛波研究員課題組在Ecotoxicology and Environmental Safety發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果,通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學研究方法,探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)對成肌細胞分化的影響,發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細胞骨架蛋白和細胞外基質(zhì)蛋白表達下調(diào),并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路的機理,為食品和飼料污染的防治提供了理論依據(jù)。天津蛋白組學 數(shù)據(jù)分析修飾蛋白質(zhì)組試劑及服務,蛋白質(zhì)組學解決方案。
作者使用通過單細胞蛋白組學產(chǎn)生的數(shù)據(jù)來觀察在腎小球細胞或近端腎小管中***豐富的蛋白質(zhì)細胞。208個Glom富集區(qū)蛋白富含囊泡中間運輸和細胞成分組織調(diào)節(jié)作為其**重要的生物學過程,細胞骨架蛋白結合和肌動蛋白結合是**重要的分子功能,肌動蛋白細胞骨架是**豐富的細胞成分。富含247個PT的蛋白質(zhì)主要集中在小分子代謝過程和藥物代謝過程中。在**重要的分子功能中,這些蛋白質(zhì)的氧化還原酶活性和催化活性豐富。*在GLOM切片中發(fā)現(xiàn)的67種蛋白質(zhì)中,有41種已被報導存在于腎臟中,在這41種蛋白質(zhì)中,18種(43.9%)與單細胞蛋白組學結果一致,23種(56.1%)在GLOM中與小管相比沒有增加。
2021年10月,中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所武愛波研究員課題組在《Ecotoxicology and Environmental Safety》(IF:6.291)發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果,通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學研究方法,探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(簡稱:DON,俗稱嘔吐***)對成肌細胞分化的影響,發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細胞骨架蛋白和細胞外基質(zhì)蛋白表達下調(diào),并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路的機理,為食品和飼料污染的防治提供了理論依據(jù)。其中轉(zhuǎn)錄組學和蛋白組學由歐易/鹿明生物提供技術支持。蛋白組學技術對腎錯構瘤尿液差異蛋白的研究。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)(ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK)。此外,AC顯示出抑制脂肪生成酶(ACC,F(xiàn)ASN和SCD1)表達的趨勢,同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比,AC***增加了PEPCK的表達,兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響(圖4A)。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質(zhì)組變化相一致,這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達(圖4B)。轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示,處理組的氧化磷酸化(OXPHOS)通路***上調(diào),AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。歐易生物鹿明生物蛋白組學聯(lián)合分析。福建蛋白組學的應用
單細胞組學 單細胞蛋白組學 蛋白質(zhì)組學 。上海血漿蛋白組學
綜上所述,本研究應用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結合iTRAQ蛋白質(zhì)組學技術,探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態(tài)變化。此外,作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化,其中317個DAPs被轉(zhuǎn)錄組結果覆蓋。結合結構基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達譜及相應化合物的含量,對重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡進行了探討。結果表明,黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱,而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。上海血漿蛋白組學
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