美國腦計劃啟動的 BICCN 項目，該項目將整合不同類型細胞的分子、解剖學和生理學特性，創(chuàng)建小鼠腦細胞 3D 參考圖譜，同時也將基于人類和非人類靈長類腦組織樣本，繪制腦細胞參考圖譜 ，其涉及空間轉錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些實現(xiàn)空間轉錄組學的重要技術，可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出，空間轉錄組技術重要為特殊的載玻片。研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。品質(zhì)空間轉錄組價格
本文利用空間轉錄組學研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉錄變化。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細胞基因（OLIGs）的基因共表達網(wǎng)絡的早期改變，而斑塊誘導的基因（PIGs）的多細胞基因共表達網(wǎng)絡涉及補體系統(tǒng)、氧化應激、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出。此外作者通過對小鼠和人腦切片進行原位測序（ISS），證實了大多數(shù)觀察到的細胞水平的變化?？臻g轉錄組學分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細胞網(wǎng)絡提供了可能。江西生物技術空間轉錄組空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。
空間轉錄組轉錄組技術的發(fā)展主要經(jīng)歷了三個比較重要的階段，第一階段是對大量混合細胞進行轉錄組測序，第二個階段是單細胞轉錄組測序，現(xiàn)在我們講的就是第三結算空間轉錄組測序可以同時獲得細胞的空間位置信息和基因表達數(shù)據(jù)。它通過細胞穿透肽，將一個光作用的生物素標簽引入活細胞中。通過對選定的區(qū)域或單細胞進行光作用，poly(U)序列暴露出來，并與細胞mRNA的poly-A尾退火。之后利用鏈霉親和素與標簽上的生物素相結合，可以收集捕獲的mRNA，進一步用于RNA-seq。雖然它可以應用于組織，但它的主要限制是其通量低，一次只能分析少數(shù)單個細胞。此外，對活組織的應用限制了它在模型系統(tǒng)分析中的應用。
當前的技術主要有四種策略：1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數(shù)據(jù)中重構細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結合的策略?；贚CM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉錄組學。基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。只聽名字就想嘗試，不清楚空間轉錄組的原理及通過該技術究竟能拿到什么結果。
空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析。基準測試證明BayesSpace在識別具有相似表達譜的空間簇和提高空間轉錄組學分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進行表達數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉錄組技術分辨率有限的問題。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉錄組學數(shù)據(jù)的整合和分析。廣東歐易生物空間轉錄組領域
scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。品質(zhì)空間轉錄組價格
空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉錄組技術實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。品質(zhì)空間轉錄組價格
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