安徽同源序列SNP分型分析

來源: 發(fā)布時間:2022-02-21

相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法,如片段長度多態(tài)性(限制性內(nèi)切酶)法,直接測序法,Taqman熒光探針法,LDR連接酶檢測反應(yīng)法,競爭性等位基因特異性PCR法(KASP),二代測序法等,小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。我們在SNP分型時需要的時等為同源序列變異SNPs。安徽同源序列SNP分型分析

SNP全稱Single Nucleotide Polymorphism,即單核苷酸多態(tài)性,是指在基因組DNA序列中由于單個核苷酸(A,T,C和G)的突變引起的多態(tài)性。一個SNP表示基因組某個位點有一個核苷酸的變化,源于單個堿基的轉(zhuǎn)換,顛換,插入和缺失。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,是上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)(高同源區(qū)段SNP分型)和質(zhì)控試劑盒。上海高同源區(qū)段SNP分型哪里做在進行基因組研究中經(jīng)常會遇到各類高同源區(qū)段,比如人基因組中P450基因家族,HLA基因座位。

理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個或4個等位多態(tài)性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T,在其互補鏈上則為GA),也可能是顛換(CA,GT,CG,AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異,具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,是上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)(高同源區(qū)段SNP分型)和質(zhì)控試劑盒。

基因的直系同源、旁系同源或異源同源關(guān)系[1]。祖先物種通過兩次物種分化形成ABC三個物種;伴隨物種分化而進行的兩次基因重復(fù)共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6個基因。顯然,C2與C3互為直系同源;B1與C1互為旁系同源;AB1與其他6個基因互為異源同源。然而,B1和B2、B2和C1又是什么關(guān)系呢?在這個問題上曾引起爭議。B1和B2、B2和C1的分離是由于***次基因重復(fù)而產(chǎn)生的,套用定義,可得出B1和B2、B2和C1互為旁系同源。同理,B1和C2/C3、C1和C2/C3也互為旁系同源。類似的,根據(jù)直系同源基因的定義,B2和C2/C3、A1和所有B基因及C基因互為直系同源。SNP是人類可遺傳的變異中比較常見的一種。占所有已知多態(tài)性的90%以上。

上海翼和生物根據(jù)具體實驗規(guī)模,提供兩種檢測平臺,分別為:適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務(wù)和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務(wù)。PCR-LDR SNP分型服務(wù):PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(Ligase Detection Reaction,連接酶檢測反應(yīng))想結(jié)合的檢測技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實現(xiàn)對基因多態(tài)性位點的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點突變類型的堿基錯配,則連接反應(yīng)就不能進行,反之則可以進行連接反應(yīng)。Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?;旌蠘颖竞?,在illumina 等主流測序平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點。目前在nature genetics和cell這樣的雜志,也不乏SNP的文章。安徽同源序列SNP分型分析

SNP分型評估下來好多個有同源區(qū)段怎么辦?翼和生物多重長片段巢式PCR技術(shù)中高通量分型方案解決技術(shù)難題。安徽同源序列SNP分型分析

隨著二代測序技術(shù)的普及,相比Sanger測序,二代測序雖然降低了測序讀長,但是**增加的測序通量同時大幅降低測序成本。利用二代測序進行SNP分型,不僅測序讀長滿足分型需求,并且可以同時對數(shù)十?dāng)?shù)百個位點,上千樣本進行分型。二代測序結(jié)果判斷準(zhǔn)確直觀,相比RFLP,Taqman,LDR等方法都通過間接結(jié)果來進行分型結(jié)果的判定,直接測序或二代測序法分型能都直接看到位點具體序列情況,SNP位點判斷更加直觀。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,是上海市****,至今已有十六年歷史。安徽同源序列SNP分型分析

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