北京**基因組測序分析方法

來源: 發(fā)布時間:2021-09-03

RNA/DNA病毒測序?qū)Σ《净蚪M進(jìn)行測序是快速了解病毒突變、毒力變化、病毒型別的有效方法。可以根據(jù)病毒基因組大小和類型,采用PCR、RT-PCR或shotgun測序法,對病毒的部分或全長基因組測序,結(jié)果準(zhǔn)確可靠。服務(wù)標(biāo)準(zhǔn):測出的序列準(zhǔn)確性在99%以上;病毒全基因組測序測出序列在總基因組大小95%以上;數(shù)小于5個;Shotgun測序的覆蓋度在6×以上;PCR和RT-PCR測序達(dá)到2×。服務(wù)說明:1、提供病毒DNA或RNA作為樣品。2、PCR測序的DNA樣品總量大于5μg,濃度大于20ng/μl。DNA無降解。3、Shotgun測序法的DNA樣品總量大于20μg,濃度大于100ng/μl。DNA無降解。4、用RT-PCR和PCR測序法在提供參考序列時需同時提交樣品部分序列與參考序列的比對文件,確保同源性在95%以上。分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對于探索病毒基因組序列空白是有價(jià)值的。北京**基因組測序分析方法

病毒全基因組測序定:探普生物對病毒的全基因組進(jìn)行測序的實(shí)驗(yàn)基于二代測序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對性的核酸純化樣本指南,以提高目的物種的核酸純度和得率,與此同時探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二,文庫構(gòu)建環(huán)節(jié),樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測序文庫。第三,生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。高通量測序突變分析找哪家測序的完成程度,決定著基因組的下游應(yīng)用。

對病毒的全基因組進(jìn)行測序時,生物信息學(xué)分析工作的進(jìn)行:生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,專門搭載了生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括對非目標(biāo)數(shù)據(jù)進(jìn)行去除以及對目標(biāo)序列進(jìn)行篩選,高質(zhì)量高完整度的序列拼接以及后續(xù)的高級分析,如SNP分析,進(jìn)化分析,耐藥位點(diǎn)分析等。在探普的專門用的流程下,可以獲得完整性很高的基因組序列。

高通量測序技術(shù):高通量測序技術(shù)又稱“下一代“測序技術(shù)或深度測序技術(shù),可以一次性對幾十萬至幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定?,F(xiàn)已普遍應(yīng)用在基因組測序、基因表達(dá)分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉(zhuǎn)錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關(guān)的研究領(lǐng)域。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次**性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。病毒的全基因組測序以及對應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系。

深度測序技術(shù)稱為深度測序(deepsequencing),是因?yàn)樗菍鹘y(tǒng)測序技術(shù)的一次**性改變,它通過一次性對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定(之前只是幾十至多幾千個堿基),同時,如此的高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全方面的分析成為可能。你以為深度測序只是一種“養(yǎng)”在實(shí)驗(yàn)室“深閨”中摸不著、看不透的高精尖技術(shù)?錯!錯!錯!深度測序技術(shù)的巨大發(fā)展,與計(jì)算機(jī)的發(fā)展歷程有著類似之處,它將對人類的科學(xué)、經(jīng)濟(jì)和社會三個方面產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。使用Ion Torrent二代測序儀進(jìn)行病毒全基因組測定。上海病毒全序列測序分析技術(shù)

病毒全基因組測序具有的特點(diǎn):更加貼合需求。北京**基因組測序分析方法

新一代測序中基因從頭測序和重測序有什么區(qū)別?從頭測序的原理是生成互相分離的若干組帶放射性標(biāo)記的寡核苷酸,每組寡核苷酸都有固定的起點(diǎn),但卻隨機(jī)終止于特定的一種或者多種殘基上??梢詤^(qū)分長度只差一個核苷酸的不同DNA分子的條件下,對各組寡核苷酸進(jìn)行電泳分析,只要把幾組寡核苷酸加樣于測序凝膠中若干個相鄰的泳道上。全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個體的基因組測序,并在此基礎(chǔ)上對個體或群體進(jìn)行差異性分析。SBC將不同梯度插入片段的測序文庫結(jié)合短序列、雙末端進(jìn)行測序,幫助客戶在全基因組水平上掃描并檢測與重要性狀相關(guān)的基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異,實(shí)現(xiàn)遺傳進(jìn)化分析及重要性狀候選基因預(yù)測。北京**基因組測序分析方法