養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中Y傾斜的池底和中Y排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個養(yǎng)魚池中魚的大小、強(qiáng)弱不一時，會嚴(yán)重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時進(jìn)行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應(yīng)激反應(yīng)。
在分解細(xì)菌的作用下，再進(jìn)一步轉(zhuǎn)化成了氨。被魚類吃掉的一部分經(jīng)過魚類的消化，也轉(zhuǎn)變成氨。殊途同歸的氨在分子態(tài)時是一種劇毒物質(zhì)。在硝化細(xì)菌的作用下，它會被轉(zhuǎn)化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩(wěn)定的物質(zhì)。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細(xì)菌，鹽就會被轉(zhuǎn)化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉(zhuǎn)化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細(xì)菌需要適宜的條件才能起到相應(yīng)的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統(tǒng)設(shè)備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術(shù)要求。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)一種新型的養(yǎng)殖模式，也叫工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)、室內(nèi)循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)。是一種通過水處理設(shè)備將養(yǎng)殖水凈化處理后再循環(huán)利用的一種養(yǎng)殖模式。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)融入了生物學(xué)、工程學(xué)、流體力學(xué)、環(huán)境工程學(xué)、信息學(xué)等多種學(xué)科的知識，是一個多學(xué)科，多領(lǐng)域技術(shù)交叉，具有較強(qiáng)技術(shù)含量的系統(tǒng)。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)是以工業(yè)化手段主動控制水環(huán)境。