但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)原理：從第1個1400平米養(yǎng)殖車間的水源經(jīng)過蛋白分離（泡沫分離器）、沉淀池沉淀后將水源流向下一個1400平米養(yǎng)殖車間繼續(xù)使用，達到養(yǎng)殖水源兩次利用，循環(huán)用水50%，大大節(jié)約了地下海水。技術(shù)流程：出水→微濾機過濾→臭氧消毒→蛋白質(zhì)分離器→生物過濾→紫外殺菌→純氧充氧→監(jiān)測→進池。監(jiān)測系統(tǒng)：監(jiān)測pH、DO、T、氧化還原電位，帶有報警系統(tǒng)。日換水量控制在總水量的10%—15%（即50—80 m3）之間。溫控系統(tǒng)采用地下井水交換來控制。充的純氧來自液氧罐。
水霉病對水產(chǎn)動物沒有選擇性，凡是受傷的都有被感染的可能，水霉菌是腐生性的，它不感染健康無傷的魚。因為活細胞具有“抗霉s”，“抗霉s”很可能存在于黏液分泌細胞所分泌的黏液中，細胞一死，就停止分泌黏液，水霉菌孢子很快寄生上去。疾病早期基本沒有癥狀，當肉眼能發(fā)現(xiàn)癥狀時候，菌絲已經(jīng)在傷口侵入并向外長出外菌絲，似灰白色的綿毛狀，俗稱“生毛”或白毛病。霉菌可以分泌大量的蛋白酶，機體受刺激后能分泌大量的粘液。