莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2023-07-19

Real-time PCR鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的常見(jiàn)問(wèn)題:靶序列變異:如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。假陽(yáng)性:出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致,有時(shí)其條帶更整齊,亮度更高。引物設(shè)計(jì)不合適:選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性,因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽(yáng)性。需重新設(shè)計(jì)引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶:PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過(guò)多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過(guò)高,Mg2+濃度過(guò)高,退火溫度過(guò)低,循環(huán)次數(shù)過(guò)多引起。其對(duì)策有:減少酶量,或調(diào)換另一來(lái)源的酶。②減少dNTP的濃度。適當(dāng)降低Mg2+濃度。增加模板量,減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)準(zhǔn)備:PCR所用的酶主要有兩種來(lái)源:Taq和Pfu,分別來(lái)自?xún)煞N不同的噬熱菌。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)又稱(chēng)多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

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Real-time PCR:所謂Real-time PCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入螢光基團(tuán),利用螢光信號(hào)累積實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,之后通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。利用螢光信號(hào)的變化實(shí)時(shí)檢測(cè)PCR擴(kuò)增反應(yīng)中每一個(gè)循環(huán)擴(kuò)增產(chǎn)物量的變化,通過(guò)Ct值和標(biāo)準(zhǔn)曲線的分析對(duì)起始模板進(jìn)行定量分析。Real-time PCR技術(shù)即實(shí)時(shí)螢光定量PCR避免了傳統(tǒng)PCR以終產(chǎn)物監(jiān)測(cè)定量產(chǎn)生的偏差,提高實(shí)驗(yàn)的重複性。該技術(shù)已經(jīng)被普遍用于監(jiān)測(cè)細(xì)胞mRNA表達(dá)量的變化;比較不同組織的mRNA表達(dá)差異;驗(yàn)證基因晶片,siRNA干擾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟Real-time PCR在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中要防止RNA的降解。

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Real-time PCR實(shí)驗(yàn)常用的RNA酶抑制劑:1.焦磷酸二乙酯(DEPC):是一種強(qiáng)烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過(guò)和RNA酶的活性基團(tuán)組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性,從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍:目前被認(rèn)為是較有效的RNA酶抑制劑,它在裂解組織的同時(shí)也使RNA酶失活。它既可破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)使核酸從蛋白中解離出來(lái),又對(duì)RNA酶有強(qiáng)烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復(fù)合物:由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物,它和RNA酶結(jié)合形成過(guò)渡態(tài)類(lèi)物質(zhì),幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑(RNasin):從大鼠肝或人胎盤(pán)中提取得來(lái)的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑,可以和多種RNA酶結(jié)合,使其失活。5.其它:SDS、尿素、硅藻土等對(duì)RNA酶也有一定抑制作用。

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析:定量分析可以分為定量和相對(duì)定量?jī)煞N。定量指的是我們想知道某個(gè)基因在初始樣品中具體的拷貝數(shù)或濃度是多少?定量實(shí)驗(yàn)必須使用已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品,必須做標(biāo)準(zhǔn)曲線。而相對(duì)定量是指我們想知道某一個(gè)基因在不同樣品中表達(dá)量的差異,其目的是測(cè)定目的基因在兩個(gè)或多個(gè)樣本中的含量的相對(duì)比例,而不需要知道它們?cè)诿總€(gè)樣本中的拷貝數(shù)。舉例來(lái)說(shuō),如研究項(xiàng)目中包括使用高鹽脅迫處理的樣本和未高鹽脅迫處理的樣本,記為已處理樣本和未處理樣本,通常可以將未處理樣本指定為基準(zhǔn),規(guī)定其目的基因濃度為100%,用已處理樣本的定量結(jié)果除以未處理樣本的定量結(jié)果,就可以計(jì)算每個(gè)已處理樣本的基因含量相對(duì)于未處理樣本的百分比。相對(duì)定量可以應(yīng)用于差異顯示結(jié)果驗(yàn)證、基因芯片結(jié)果驗(yàn)證、siRNA效果確認(rèn)、mRNA表達(dá)量分析等等。在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物,內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。

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Real-time PCR探針?lè)ㄟm用于:1、具有高適應(yīng)性和可靠性,實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定重複性好,特異性更高。2、適用于擴(kuò)增序列專(zhuān)一的體系的檢測(cè)。3、樣品中靶基因含量過(guò)低的定量PCR檢測(cè)。4、靶基因的特異序列較短,無(wú)論怎樣較佳化引物設(shè)計(jì)條件都不能解決。5、存在與靶基因同源的序列,在PCR中容易出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增,對(duì)特異性要求較高的定量。6、普遍用于人類(lèi)傳染病的診斷和病原定量,在動(dòng)物病原體基因的檢測(cè),畜禽產(chǎn)品的檢驗(yàn)檢疫,生物製品的鑒定。Real-time PCR探針?lè)?PCR擴(kuò)增時(shí)在加入一對(duì)引物的同時(shí)加入一個(gè)特異性的螢光探針,該探針為一寡核苷酸,兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告螢光基團(tuán)和一個(gè)淬滅螢光基團(tuán)。探針完整時(shí),報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的螢光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收;PCR擴(kuò)增時(shí),Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解,使報(bào)告螢光基團(tuán)和淬滅螢光基團(tuán)分離,從而螢光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到螢光信號(hào),即每擴(kuò)增一條DNA鏈,就有一個(gè)螢光分子形成,實(shí)現(xiàn)了螢光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測(cè)一次熒光信號(hào)的強(qiáng)度。溫州特殊樣本數(shù)字PCR

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

Real-time PCR原理:所謂實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),是指在PCR反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),利用熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。DNA結(jié)合染料法,應(yīng)用一種帶有熒光的、非特異的DNA結(jié)合染料檢測(cè)PCR過(guò)程中積累的擴(kuò)增產(chǎn)物。檢測(cè)所有雙鏈DNA擴(kuò)增產(chǎn)物,包括非特異反應(yīng)產(chǎn)物,如引物二聚體。可對(duì)任何雙鏈DNA進(jìn)行定量;不需要探針,因此減少了實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)及運(yùn)轉(zhuǎn)成本;適合于大量基因的分析;簡(jiǎn)單易用。實(shí)時(shí)熒光定量PCR:實(shí)時(shí)熒光定量PCR(QuantitativeReal-time PCR)是一種在DNA擴(kuò)增反應(yīng)中,以熒光化學(xué)物質(zhì)測(cè)每次聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。通過(guò)內(nèi)參或者外參法對(duì)待測(cè)樣品中的特定DNA序列進(jìn)行定量分析的方法。Real-time PCR是在PCR擴(kuò)增過(guò)程中,通過(guò)熒光信號(hào),對(duì)PCR進(jìn)程進(jìn)行實(shí)時(shí)檢測(cè)。由于在PCR擴(kuò)增的指數(shù)時(shí)期,模板的Ct值和該模板的起始拷貝數(shù)存在線性關(guān)系,所以成為定量的依據(jù)。莆田特殊樣本RT-PCR檢測(cè)技術(shù)原理及步驟

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