云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學(xué)

與IdeS不同，融合蛋白是通過將兩種或多種蛋白質(zhì)或肽的功能組合成一個量身定制的分子來創(chuàng)造的，以專門應(yīng)對挑戰(zhàn)。連接此類蛋白質(zhì)或肽結(jié)構(gòu)域的常見方法是包含柔性連接子。這些連接子通常富含甘氨酸，例如甘氨酸殘基（G），或甘氨酸殘基散布絲氨酸殘基（GS）以形成重復(fù)序列。這為連接子提供了足夠的靈活性，不會干擾連接蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能。然而，這些新模式帶來了新的分析挑戰(zhàn)，需要新的工具來促進表征和產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)測。中級分析已成為分析單克隆抗體療法的標準方法，涉及將分子消化成幾個定義的亞基。它們足夠小，可以獲得高質(zhì)量的質(zhì)譜圖，并為產(chǎn)品質(zhì)量屬性提供特定領(lǐng)域的信息。由于G和GS連接子對常見蛋白酶的降解具有抗性，因此很難分離結(jié)構(gòu)域以進行深入分析。因此，Genovis開發(fā)了GlySERIAS，不同于IdeS酶，一種消化柔性富含甘氨酸的連接子的酶。GlySERIAS可以分離不同的功能域，并實現(xiàn)對融合蛋白、多特異性抗體和含有富含甘氨酸的連接子的各種mAb片段進行詳細表征的中級方法。這就是為什么Fc/2和GLP-1肽都被檢測為幾種變體。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學(xué)

與IdeS不同，Genovis的GingisREX（RgpB）是一種精氨酸特異性蛋白酶，可消化精氨酸殘基的C末端蛋白質(zhì)，包括難以與其他酶消化的Arg-Pro鍵。該酶可用于肽圖分析、從頭肽測序和翻譯后修飾分析。精氨酸殘基的特異性C-末端消化；在其他困難的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化；產(chǎn)生更長的肽-提高序列覆蓋率。GingisREX是一種半胱氨酸蛋白酶，可特異性地消化肽鍵C末端到精氨酸殘基，包括與脯氨酸相連的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。與胰蛋白酶消化相比，可生成更長的肽，胰蛋白酶消化可以通過高分辨率質(zhì)譜進行分離和鑒定。這為自下而上方法的樣品制備提供了更多選擇，以實現(xiàn)替代的酶解曲線和更高的序列覆蓋率。GingisREX在賴氨酸上沒有活性，通常使用Arg-C觀察到。該酶在5.0-9.0的寬pH值范圍內(nèi)具有活性，它需要半胱氨酸并被鹽酸胍抑制。該酶是從牙齦卟啉單胞菌中純化的。廣東GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白組學(xué)孵育時間為過夜（16-18小時），并且由于酶的特異性，沒有過度消化的風險。

樣品制備的條件可能會在樣品中誘發(fā)偽影，因此需要避免高溫和堿性pH值進行質(zhì)譜分析。如果可能的話，避免多個步驟并在一鍋反應(yīng)中進行消化和還原也可能是有益的。與IdeS不同，為了探索Genovis的GingisREX對離液劑和去液劑的穩(wěn)定性和耐受性，在一系列試劑中測試了酶活性，并使用底物測定進行了評估。數(shù)據(jù)顯示，GingisREX在6M時耐受尿素，吐溫高達1%，但活性在0.1%時受到SDC的負面影響。該酶在 pH 值范圍為 5.0 至 9.0 時顯示出活性，在 pH 值為 6.5-8.0 之間。綜上所述，GingisREX可用于一鍋反應(yīng)，以同時消化和變性6M尿素。與Genovis的IdeS不同，雙特異性 T 細胞接合器 （BiTE） 分子是一種融合蛋白療法，其中兩個 scFv 融合，形成一個雙特異性分子，其中一個 scFv 靶向細胞毒性 T 細胞，另一個靶向Ai癥抗原。該蛋白質(zhì)由四個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域組成，兩個 scFv 均由 VL 和 VH 區(qū)域組成，總共由三個柔性 GS 連接子連接。這種蛋白質(zhì)的大尺寸（54 kDa）可能對通過完整質(zhì)譜法進行產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)測構(gòu)成挑戰(zhàn)，因為標準MS儀器可能無法提供蛋白質(zhì)的單同位素分辨率。

為什么客戶想在他們的工作試用Genovis的FabRICATOR（IdeS）。FabRICATOR的高特異性(在鉸鏈下方有單個消化位點)以及它對IgG種和亞類表現(xiàn)出活性的事實使其成為高效表征一系列不同分子的理想工具。FabRICATOR的另一大優(yōu)勢是速度。在大多數(shù)IgG上，您可以在短短30分鐘內(nèi)生成F(ab’)2和Fc/2片段，這一速度簡化了方法開發(fā)，并允許快速有效的中層表征，使客戶能夠在不比做完整質(zhì)量實驗長太多的時間內(nèi)獲得更多關(guān)于分子的信息。Genovis發(fā)現(xiàn)更多的緩沖液與溶液中的FabRICATOR消解相容（更多信息）。Genovis已經(jīng)測試了PBS和150mM醋酸銨，pH7，結(jié)果良好。并且應(yīng)該也適用于FabRICATORHPLC。然而，緩沖液的離子強度會影響抗體片段在FabRICATORHPLC（IdeS）色譜柱上的保留，并且IgG1亞基需要至少100-150mM鹽才能洗脫為單個窄峰。其他IgG亞類或融合蛋白可能需要對緩沖液組成進行一些優(yōu)化。Genovis的FabRICATOR MagIC適用于自動化平臺。

Genovis的半胱氨酸蛋白酶 FabALACTICA （IgdE）與IdeS酶一樣是特異性蛋白酶。在二維核磁共振波譜 （2D-NMR） 之后，可以通過 HOS 分析在精確的原子水平上評估 mAb 的關(guān)鍵質(zhì)量屬性。從Genovis的FabALACTICA Immobilized獲得均相Fab和Fc片段的工作流程，是評估嵌合單克隆抗體英夫利昔單抗中HOS的理想選擇，在海報“FabALACTICA產(chǎn)生純和均相的mAb亞基，促進2D-NMR波譜分析”中進行了描述。來自生成的 Fab 和 Fc 片段的高質(zhì)量信號和光譜分辨率導(dǎo)致能夠觀察 Fab 和 Fc 之間的結(jié)構(gòu)變化、氧化和非氧化樣品之間的差異，并通過觀察原子分辨率來比較原研劑和生物仿制藥的 HOS。Genovis提供的IgASAP Sub1+2 在鉸鏈上方的一個特定位點消化人 IgA1 和 IgA2m1，產(chǎn)生完整且均勻的 Fab 和 Fc 片段。江蘇GlySERIASIdeS蛋白酶

Genovis亞基分析比肽圖譜具有簡單快速的巨大優(yōu)勢，更適用于高通量的檢測，并可用于支持肽圖分析。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學(xué)

Blinatumomab（一種對 CD19 和 T 細胞標志物 CD3 具有特異性的 BiTE 分子）的研究級生物仿制藥在室溫下用固定化過夜的 Genovis的GlySERIAS 消化。通過LC-MS對消解樣品的直接分析表明，所有三個連接子區(qū)域均被消解，α-CD3 VL和VH鏈洗脫為一個色譜峰，α-CD19 VH和VL鏈作為單獨的峰洗脫。來自連接的 α-CD3 VH 和 α-CD19 VH 結(jié)構(gòu)域的小峰顯示該短連接子未完全消化，表明 GlySERIAS 對短連接子的活性較低。與完整的蛋白質(zhì)分析相比，四個結(jié)構(gòu)域的分離提供了具有單同位素分辨率的高質(zhì)量光譜?？梢杂^察到每個結(jié)構(gòu)域的幾個不同變體，剩余的連接子殘基數(shù)量不同。在色譜分離過程中，α-CD3 VH結(jié)構(gòu)域無法從α-CD19 VH結(jié)構(gòu)域完全基線分離，導(dǎo)致在相關(guān)質(zhì)譜中觀察到一些共洗脫。四個結(jié)構(gòu)域的分離產(chǎn)生了有關(guān)在完整蛋白質(zhì)水平上鑒定的蛋白質(zhì)修飾位置的信息。例如，在完整水平上鑒定的 37 Da 的蛋白質(zhì)修飾被分配給 α-CD3 VH 鏈。此外，240Da 和 320da 的兩個修飾分別被分配給 α-CD3 VL 結(jié)構(gòu)域。后者還含有一個帶有五六個組氨酸殘基的 His 標簽。這些數(shù)據(jù)證明了使用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 對包含多個柔性連接子蛋白進行質(zhì)量控制的中級工作流程的強大功能。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學(xué)