上海市SNP高通量測序測序

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-10-21

真核/原核有參mRNA-Seq,項(xiàng)目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達(dá)的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運(yùn)用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺(tái),測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對(duì)mapping到基因上的reads進(jìn)行計(jì)數(shù),計(jì)算基因的表達(dá)量后,進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對(duì)于多個(gè)樣本,可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進(jìn)行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗(yàn)證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外,還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。高通量測序技術(shù)是可以平行對(duì)數(shù)百萬甚至數(shù)十億條序列測序的技術(shù)。上海市SNP高通量測序測序

單細(xì)胞懸液質(zhì)檢方法,在進(jìn)行單細(xì)胞懸液質(zhì)檢時(shí),需要用到以下兩大質(zhì)檢利器的輔助:熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀(主要使用臺(tái)盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色法)進(jìn)行質(zhì)檢。首先我們先要了解一下細(xì)胞質(zhì)檢時(shí)染料染色的原理:臺(tái)盼藍(lán)染色原理:臺(tái)盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜,故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高,可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到:細(xì)胞濃度(總細(xì)胞,活細(xì)胞,死細(xì)胞)、細(xì)胞存活率(臺(tái)盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色)、細(xì)胞平均直徑、細(xì)胞聚團(tuán)率、細(xì)胞直徑分布等結(jié)果的展示。宏基因組高通量測序服務(wù)KBSeq全質(zhì)粒測序只能測菌液和質(zhì)粒,像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測序吧。

生工高通量測序樣品要求,RNA樣品:請(qǐng)?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品,樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)行DNase處理;請(qǐng)務(wù)必提供每個(gè)樣品具體的濃度、體積、制備時(shí)間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù),可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測數(shù)據(jù)等;一般情況下,轉(zhuǎn)錄組測序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥7;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒,可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法(如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等)或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請(qǐng)置于1.5 ml離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間,管口使用Parafilm封口。在運(yùn)輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中,再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。

單細(xì)胞測序是什么?單細(xì)胞測序是基于高通量測序(Next-generationsequencingtechnology,NGS)方法,檢測群體中單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞表觀基因組及單細(xì)胞蛋白組,提供細(xì)胞間差異的高分辨率視圖,從分子水平揭示細(xì)胞奧秘。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single-cellRNA-Sequencing,ScRNA-Seq)指在單細(xì)胞水平上對(duì)mRNA進(jìn)行高通量測序和分析的技術(shù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序能獲得單個(gè)細(xì)胞內(nèi)近萬個(gè)基因的表達(dá)信息,為辨別生物組織中各種細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組特征和全方面揭示細(xì)胞之間基因表達(dá)的異質(zhì)性提供了有力的工具[3]。說到細(xì)胞異質(zhì)性(Cellheterogeneity),就要說到我們?yōu)槭裁匆脝渭?xì)胞測序技術(shù)了。使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。

全轉(zhuǎn)錄組測序(Total RNA-Seq),項(xiàng)目介紹:全轉(zhuǎn)錄組是指特定細(xì)胞在特定狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA)。針對(duì)非編碼RNA的研究主要集中在具有調(diào)控作用的miRNA,lncRNA和circRNA?;诙鷾y序技術(shù)的全轉(zhuǎn)錄組測序研究,同時(shí)分析同一樣本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通過關(guān)聯(lián)分析,使研究內(nèi)容更加系統(tǒng)化,致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。組織樣品或者總 RNA, 樣品名稱清晰,干冰運(yùn)輸。請(qǐng)?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA,可冰袋運(yùn)輸,不超過3天。宏基因組高通量測序服務(wù)

在運(yùn)輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。上海市SNP高通量測序測序

RNA樣品:1.請(qǐng)務(wù)必提供每個(gè)樣品具體的濃度、體積、制備時(shí)間以及物種來源。比較好附上電泳膠圖或者 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測數(shù)據(jù)等;2.對(duì)于普通轉(zhuǎn)錄組樣品,請(qǐng)?zhí)峁舛取?00 ng/μl、總量≥2 μg 的總 RNA 樣品,樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)行 DNase處理;一般情況下,普通轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280為 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;對(duì)于全長轉(zhuǎn)錄組測序樣品(ISO-seq),請(qǐng)?zhí)峁舛却笥?00 ng/ul,總量大于5 μg的總RNA樣品。樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)行 DNase 處理;全長轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280 為 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;上海市SNP高通量測序測序

生工生物工程(上海)股份有限公司匯集了大量的優(yōu)秀人才,集企業(yè)奇思,創(chuàng)經(jīng)濟(jì)奇跡,一群有夢(mèng)想有朝氣的團(tuán)隊(duì)不斷在前進(jìn)的道路上開創(chuàng)新天地,繪畫新藍(lán)圖,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中始終保持良好的信譽(yù),信奉著“爭取每一個(gè)客戶不容易,失去每一個(gè)用戶很簡單”的理念,市場是企業(yè)的方向,質(zhì)量是企業(yè)的生命,在公司有效方針的領(lǐng)導(dǎo)下,全體上下,團(tuán)結(jié)一致,共同進(jìn)退,**協(xié)力把各方面工作做得更好,努力開創(chuàng)工作的新局面,公司的新高度,未來生工生物工程供應(yīng)和您一起奔向更美好的未來,即使現(xiàn)在有一點(diǎn)小小的成績,也不足以驕傲,過去的種種都已成為昨日我們只有總結(jié)經(jīng)驗(yàn),才能繼續(xù)上路,讓我們一起點(diǎn)燃新的希望,放飛新的夢(mèng)想!

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