生工人線粒體基因組測序（多重擴增法），項目介紹：生工生物高通量測序部采用多重擴增技術(shù)，對人線粒體基因組進行擴增捕獲，并進一步采用Illumina測序平臺進行高通量測序。該技術(shù)方案可以快速擴增到幾乎線粒體全長，并進行高深度測序，下游提供常規(guī)比對篩查突變等生物信息分析?？蛻籼峁悠奉愋停?.人來源DNA，濃度大于1ng/ul，總量大于20ng，以Qubit檢測結(jié)果為準2.運輸條件：冰袋運輸。交付信息：1.測序原始數(shù)據(jù)交付實驗報告2.測序原始數(shù)據(jù)3.突變分析結(jié)果。Life Ion torrentPGM 運行314、316、318芯片，可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務(wù)。上海宏全基因組高通量測序項目
使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意：1.使用血球計數(shù)板時，可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層，則需要多次清洗，直至計數(shù)室潔凈無瑕；2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻；3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù)，一般建議不要超過10分鐘；4.如果方格中細胞數(shù)目過多，難以數(shù)清，應(yīng)當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù)；5.對于壓在方格界線上的細胞應(yīng)當計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù)，一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線，數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理，另兩邊不計數(shù)。上海高通量測序服務(wù)DNA樣品建議用藍冰運輸。
對于用RNA組織保存液寄送的樣品，請按照RNA組織保存液說明保存和寄送。請注意：1)樣品浸入組織保存液之前，對于動物組織樣品，須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.5cm的碎塊；對于植物樣品，須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.3cm的碎塊。2)鼠肝、腎和脾等小organ樣品和沒有蠟質(zhì)保護層的植物樣品可不剪切直接放入保存液中保存，有蠟質(zhì)保護層的植物樣品需要先將蠟表皮破壞。3)確保將樣品完全浸泡在保存液中，不讓其粘貼在管壁和蓋上。
生工高通量測序樣品要求，組織/細胞樣品：請使用新鮮取樣的實驗材料，當場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C冰箱，用足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時）寄送;于微生物樣品，請客戶如實聲明所屬物種，對于可能致病的微生物，生工保留拒收的權(quán)利;對于需要進行RNA抽提的樣品，可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送，具體情況請先取得溝通。特別申明：不能采用過柱離心的方法提取總RNA。
擴增子測序，項目介紹：隨著基因編輯技術(shù)（尤其是CRISPR-cas9技術(shù)）的發(fā)展，科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測序技術(shù)無法快速有效鑒定基因編輯效率。但是，通過對靶基因區(qū)域附近設(shè)計引物，進行PCR擴增，并對PCR產(chǎn)物進行高通量測序，可以快速高效的獲得目標區(qū)域的突變頻率信息，尤其是對低頻突變的檢測效果遠遠優(yōu)于一代測序，性價比極高。16S全長分類測序，項目介紹：16S全長測序分析主要是對 16S rRNA基因全長進行擴增，基于PacBio 測序平臺測序. 相比較二代測序只選擇 1-2 個高變區(qū)進行測序，三代可以獲得全長的 16S 序列，更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率，還可以提高對于群落組成的鑒定的精度。另外，針對fungus/真核生物，也可以采用類似的辦法，擴增ITS/18S全長，進行物種分類測序，提高鑒定精度。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少。上海市ITS高通量測序平臺
為什么要用單細胞測序技術(shù)？上海宏全基因組高通量測序項目
KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢？一代測序：1.數(shù)據(jù)質(zhì)量，套峰，雙峰等情況，需要人工分析校對。2.測序長度，1 kb。3.成本，低。4.樣本用量，100 ng。5.精確度，70-90%。6.測序能力，需要測序引物，只能測測序引物間的片段序列。7.通量低，（與讀長有關(guān)）。8.實驗周期，如果片段長度超過5K，測通可能需要15天左右。對于測序長度較長，如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間，而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天，就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少，比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl，如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的，KBSeq就更為適合了。上海宏全基因組高通量測序項目
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