上海地區(qū)基因組高通量測序測序

RNA類高通量測序樣品要求：對于需要進行 RNA 抽提的樣品，請使用新鮮取樣的實驗材料，當(dāng)場分成小塊（動物樣品厚度需小于0.5 cm，植物樣品厚度需小于0.3 cm）后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，5 公斤塊狀干冰可以維持 50 小時，而小塊的干冰能更好的包裹樣品,但需比塊狀干冰多加些）中用保溫箱寄送。一般組織樣品，送樣量至少200 mg/樣；如果樣品屬于孢子，送樣量至少500 mg/樣。生工生物已開展10x單細胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-seq）服務(wù)，如果正好您有需要，那就快快來call我們吧！上海地區(qū)基因組高通量測序測序

全轉(zhuǎn)錄組測序（Total RNA-Seq），項目介紹：全轉(zhuǎn)錄組是指特定細胞在特定狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA（non-coding RNA）。針對非編碼RNA的研究主要集中在具有調(diào)控作用的miRNA，lncRNA和circRNA?；诙鷾y序技術(shù)的全轉(zhuǎn)錄組測序研究，同時分析同一樣本中的mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA，并且通過關(guān)聯(lián)分析，使研究內(nèi)容更加系統(tǒng)化，致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。組織樣品或者總 RNA， 樣品名稱清晰，干冰運輸。上海市SNP高通量測序NGS近年來，隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展和普及，單細胞測序技術(shù)發(fā)展十分迅速。

真核/原核有參mRNA-Seq，項目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進行計數(shù)，計算基因的表達量后，進行基因表達差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。

生工CHIP-Seq，項目介紹：CHIP-SEQ 技術(shù)，即染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結(jié)合的技術(shù)。它是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA 相互作用的有力工具，還可以用來研究轉(zhuǎn)錄因子與基因表達的關(guān)系。通過高通量測序，可以一次性得到目的蛋白在整個基因組上的結(jié)合分布，得到目的蛋白精確的結(jié)合位點以及結(jié)合基序等信息。ChIP-Seq 的原理：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA 的所屬片段，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA的片段進行高通量測序，將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA 區(qū)段信息。在運輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。

生工高通量測序樣品要求，RNA樣品：請?zhí)峁舛取?50 ng/μl、總量≥2μg的總RNA樣品，樣品請去蛋白并進行DNase處理;請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上QC數(shù)據(jù)，可以是電泳膠圖、分光光度值、Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)或者Agilent Bioanalyzer儀器檢測數(shù)據(jù)等;一般情況下，轉(zhuǎn)錄組測序需要Agilent Bioanalyzer儀器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1，RIN≥7;小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒，可選擇傳統(tǒng)總RNA提取法（如乙醇沉淀、異丙醇沉淀等）或者選用專門的小RNA提取試劑盒;寄送RNA樣品請置于1.5 ml離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用Parafilm封口。在運輸前將所有樣品管固定于50 ml帶蓋離心管中，再將50 ml管放在封口袋中。使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。10xGenomics Chromium X多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。上海市生工高通量測序高通量

使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。上海地區(qū)基因組高通量測序測序

生工人線粒體基因組測序（多重擴增法），項目介紹：生工生物高通量測序部采用多重擴增技術(shù)，對人線粒體基因組進行擴增捕獲，并進一步采用Illumina測序平臺進行高通量測序。該技術(shù)方案可以快速擴增到幾乎線粒體全長，并進行高深度測序，下游提供常規(guī)比對篩查突變等生物信息分析。客戶提供樣品類型：1.人來源DNA，濃度大于1ng/ul，總量大于20ng，以Qubit檢測結(jié)果為準(zhǔn)2.運輸條件：冰袋運輸。交付信息：1.測序原始數(shù)據(jù)交付實驗報告2.測序原始數(shù)據(jù)3.突變分析結(jié)果。上海地區(qū)基因組高通量測序測序

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