上海市ITS高通量測序高通量

生工高通量測序樣品要求，組織/細胞樣品：請使用新鮮取樣的實驗材料，當場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C冰箱，用足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時）寄送;于微生物樣品，請客戶如實聲明所屬物種，對于可能致病的微生物，生工保留拒收的權(quán)利;對于需要進行RNA抽提的樣品，可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送，具體情況請先取得溝通。對于需要進行RNA抽提的部分特殊樣品，可以將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送。上海市ITS高通量測序高通量

2021年11月1日，在這個平凡而又特殊的日子里，生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X！不要看我們個頭小，我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢？多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道比較多捕獲20000個細胞（Controller為10000個細胞）。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)，每個通道比較多可捕獲60,000個細胞，去除雙細胞率后，每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。上海市宏全基因組高通量測序技術(shù)為什么要用單細胞測序技術(shù)？

生工高通量測序樣品要求，環(huán)境樣品：如果是新鮮土壤/污泥樣品，可以以冰袋運輸，不超過3天;如果是凍存過的樣品（-20°C或者-80°C冰箱保存），為避免反復(fù)凍融，建議用足量的干冰（根據(jù)經(jīng)驗，在秋冬季節(jié)，如果打包合適，3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時）寄送;如果是水體樣品，建議采用濾膜過濾后，將濾膜寄送來生工。生工不負責(zé)過濾。要求濾膜3張，冰袋運輸，不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品，具體咨詢生工高通量測序部。

DNA樣品：請?zhí)峁╇娪灸z圖，濃度>20 ng/μl，總量一般1～2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA，可冰袋運輸，不超過3天。

為什么要用單細胞測序技術(shù)？細胞是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位，在生物體生長發(fā)育的過程中，因細胞類型、外界環(huán)境以及內(nèi)部調(diào)節(jié)因素的不同，其轉(zhuǎn)錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程，以及在細胞分裂和分化過程中出現(xiàn)的誤差造成來自同一細胞系或個體的細胞呈現(xiàn)出不同的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細胞異質(zhì)性。細胞異質(zhì)性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測序檢測的是一個細胞群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組的信息，如培養(yǎng)的大量細胞、動植物組織甚至是整個生物體。在過去的20多年中，人們對轉(zhuǎn)錄組的人數(shù)仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，卻無法揭示細胞的異質(zhì)性。傳統(tǒng)方法得到的是細胞群的平均基因組，而單細胞測序測量的是細胞群中單個細胞的基因組[7]?，F(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。KBSeq全質(zhì)粒測序只能測菌液和質(zhì)粒，像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測序吧。

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍染色原理：臺盼藍染色原理：臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜，故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高，可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢？將血球計數(shù)板擦拭干凈，取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上；將細胞懸液混勻（或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液），吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間；在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù)；按細胞計數(shù)公式進行計算，計算公式：細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù)，V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目，細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。現(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。上海有參轉(zhuǎn)錄組高通量測序平臺

在運輸前將所有樣品管集中放于大包裝中。上海市ITS高通量測序高通量

RNA樣品：1.請務(wù)必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上電泳膠圖或者 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測數(shù)據(jù)等；2.對于普通轉(zhuǎn)錄組樣品，請?zhí)峁舛取?00 ng/μl、總量≥2 μg 的總 RNA 樣品，樣品請去蛋白并進行 DNase處理；一般情況下，普通轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280為 2.0~2.2，Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1，RIN≥8；對于全長轉(zhuǎn)錄組測序樣品（ISO-seq）,請?zhí)峁舛却笥?00 ng/ul，總量大于5 μg的總RNA樣品。樣品請去蛋白并進行 DNase 處理；全長轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280 為 2.0~2.2，2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1，RIN≥8.5；上海市ITS高通量測序高通量

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