上海lncRNA高通量測序項目

2021年11月1日，在這個平凡而又特殊的日子里，生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X！不要看我們個頭小，我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢？多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)。X儀器本身有16個通道（Controller為8通道），每個通道比較多捕獲20000個細胞（Controller為10000個細胞）。再結(jié)合10x的CellPlex多樣本混樣技術(shù)，每個通道比較多可捕獲60,000個細胞，去除雙細胞率后，每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。如果是水體樣品，建議采用濾膜過濾后，將濾膜寄送來生工。上海lncRNA高通量測序項目

KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢？一代測序：1.數(shù)據(jù)質(zhì)量，套峰，雙峰等情況，需要人工分析校對。2.測序長度，1 kb。3.成本，低。4.樣本用量，100 ng。5.精確度，70-90%。6.測序能力，需要測序引物，只能測測序引物間的片段序列。7.通量低，（與讀長有關(guān)）。8.實驗周期，如果片段長度超過5K，測通可能需要15天左右。對于測序長度較長，如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間，而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天，就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少，比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl，如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的，KBSeq就更為適合了。上海地區(qū)lncRNA高通量測序應(yīng)用使用足量的干冰運輸，并且盡量選用較快的郵遞方式，以降低運輸過程中樣品降解的可能性。

全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序，其研究主要包括3個方面：第一種為不參考任何現(xiàn)有序列從頭組裝測序，是對未知基因組序列的物種進行基因組測序，并綜合利用不同測序技術(shù)和生物信息學(xué)工具對研究物種進行序列拼接和修正，進而獲得該物種的基因組序列圖譜；第二種為常見的全基因組重測序，是對已知基因組序列的物種進行個體或群體的測序研究，建立一個測序文庫進行單個個體或不同個體混合池測序，發(fā)現(xiàn)遺傳變異標記，進行后續(xù)的研究；第三種是在已有參考基因組序列圖譜的基礎(chǔ)上，對不同品種的具有代表性個體建立多個文庫進行全基因組從頭組裝測序，此方法能夠進一步的進行參考基因組的修補和發(fā)現(xiàn)短序列比對難以發(fā)現(xiàn)的遺傳變異。生工生物擁有眾多生物信息分析人才，可進行專業(yè)的項目分析，為客戶提供個性化服務(wù)。

使用顯微鏡進行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意：1.使用血球計數(shù)板時，可以提前鏡檢觀察每小格計數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層，則需要多次清洗，直至計數(shù)室潔凈無瑕；2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴口***頭吹打混勻；3.臺盼藍染色后需要盡快完成細胞計數(shù)，一般建議不要超過10分鐘；4.如果方格中細胞數(shù)目過多，難以數(shù)清，應(yīng)當對細胞懸液進行稀釋以便于計數(shù)；5.對于壓在方格界線上的細胞應(yīng)當計數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細胞數(shù)，一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線，數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理，另兩邊不計數(shù)。生工高通量測序部擁有豐富的樣品處理經(jīng)驗，日均處理樣品200余例。

核酸適配體測序，項目介紹：核酸適配體是一類能夠特異性地和靶物質(zhì)結(jié)合的寡核苷酸序列。它可作用于蛋白質(zhì)、金屬離子、小分子化合物、細胞膜表面受體等靶標。其結(jié)合能力可與抗體相當甚至更強，同時具有低免疫原性、 穩(wěn)定性好等特點，并可結(jié)合各種藥物及載體構(gòu)建多元復(fù)合靶向給藥系統(tǒng)用于tumour靶向treat, 在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有潛在高價值。生工生物針對核酸適配體特殊結(jié)構(gòu)，結(jié)合Illumina MiSeq測序平臺，可以快速對核酸適配體文庫進行大規(guī)模高通量測序，省去克隆測序的麻煩，提高測序深度，快速計算適配體序列頻率，方便科研客戶快速評估序列富集程度。小RNA測測序不可采用常規(guī)柱式總RNA提取試劑盒。上海small RNA高通量測序應(yīng)用

為什么要用單細胞測序技術(shù)？上海lncRNA高通量測序項目

真核/原核有參mRNA-Seq，項目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進行計數(shù)，計算基因的表達量后，進行基因表達差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。上海lncRNA高通量測序項目

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