上海市靶向捕獲高通量測序技術(shù)

細(xì)胞質(zhì)檢時染料染色的原理：臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高，可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一種小分子染料，可以通過完整的細(xì)胞膜，嵌入所有細(xì)胞（活細(xì)胞和死細(xì)胞）的細(xì)胞核，呈現(xiàn)綠色熒光；碘化丙啶（PI）只能通過不完整的細(xì)胞膜，即死細(xì)胞的細(xì)胞膜，嵌入所有死細(xì)胞的細(xì)胞核，呈現(xiàn)紅色熒光，通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細(xì)胞和死細(xì)胞，這種特異性染色的方法也可以排除無核細(xì)胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。請注意選擇無RNA酶的容器盛放樣本，盡量避免RNA降解。上海市靶向捕獲高通量測序技術(shù)

對于細(xì)胞樣品，送樣量需達(dá)到 5 × 106（5乘10的6次方）數(shù)量級。富集后置于 2 ml Ep管中，用 1 ml TRIzol 重懸，注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強(qiáng)烈建議細(xì)胞樣品先做細(xì)胞鑒定及支原體/衣原體污染之后，再送出來。對于血液樣本，只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本?？鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c，可用EDTA或ACD抗凝劑，取血后以冰袋保存，切記不能使血液凍結(jié)，從取血之時開始計(jì)算，須在48小時之內(nèi)送達(dá)生工上?？偛扛咄繙y序部。如果不能提供新鮮樣本，則請?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。上海地區(qū)多重PCR高通量測序測序請寄送樣本（尤其是細(xì)胞樣本）之前鑒定樣本所屬物種。

使用顯微鏡進(jìn)行懸液質(zhì)檢操作時應(yīng)注意：1.使用血球計(jì)數(shù)板時，可以提前鏡檢觀察每小格計(jì)數(shù)室內(nèi)是否潔凈無雜質(zhì)。若有雜質(zhì)灰層，則需要多次清洗，直至計(jì)數(shù)室潔凈無瑕；2.質(zhì)檢前將懸液輕微震蕩或使用擴(kuò)口***頭吹打混勻；3.臺盼藍(lán)染色后需要盡快完成細(xì)胞計(jì)數(shù)，一般建議不要超過10分鐘；4.如果方格中細(xì)胞數(shù)目過多，難以數(shù)清，應(yīng)當(dāng)對細(xì)胞懸液進(jìn)行稀釋以便于計(jì)數(shù)；5.對于壓在方格界線上的細(xì)胞應(yīng)當(dāng)計(jì)數(shù)同側(cè)相鄰兩邊上的細(xì)胞數(shù)，一般可采取“數(shù)上線不數(shù)下線，數(shù)左線不數(shù)右線”的原則處理，另兩邊不計(jì)數(shù)。

生工靶向捕獲測序，項(xiàng)目介紹：利用序列捕獲技術(shù)將基因組特定區(qū)域DNA捕捉并富集后進(jìn)行高通量測序的基因組分析方法。全外顯子測序即通過對某一基因組中的所有外顯子進(jìn)行測序從而獲得所有外顯子區(qū)域內(nèi)的突變信息。由于該技術(shù)在臨床上的潛力，被《科學(xué)》雜志評為2010年科學(xué)進(jìn)展之一。外顯子組測序可用于尋找單基因疾病、復(fù)雜疾?。ㄈ缣悄虿?、肥胖癥等代謝綜合癥）、甚至是cancer的致病基因或易感基因。生工生物采用Aglient SureSelect系列外顯子捕獲系統(tǒng)，可以高效富集人全外顯子區(qū)域，并結(jié)合Illumina XTen測序平臺進(jìn)行深度測序。后期可以完成SNP/InDel/CNV等變異檢測，形成完整的分析報(bào)告。一臺10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運(yùn)行中分析數(shù)百至數(shù)十萬個細(xì)胞，讓百萬級的細(xì)胞研究變得常規(guī)。

簡化基因組測序，項(xiàng)目介紹：通過限制性內(nèi)切酶對基因組DNA進(jìn)行酶切，并對酶切片段進(jìn)行高通量測序，這種通過酶切降低基因組的復(fù)雜度的測序技術(shù)統(tǒng)稱為簡化基因 組測序技術(shù)。利用生物信息學(xué)方法，進(jìn)行SNP單體型圖譜繪制，全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），連鎖分析和QTL定位分析，種群進(jìn)化，主成分分析等。比較有代表性的方法有GBS-seq和RAD-seq。宏全基因組測序，項(xiàng)目介紹：宏基因組指特定環(huán)境樣品內(nèi)全部遺傳物質(zhì)的總和。直接提取環(huán)境樣品內(nèi)全部基因組DNA，隨后進(jìn)行大規(guī)模高通量測序（shotgun 策 略）。測到數(shù)據(jù)后，先進(jìn)行必要的數(shù)據(jù)質(zhì)控，而后進(jìn)行基因組拼接、注釋（物種、基因功能），使得我們可以獲取環(huán)境樣品內(nèi)菌群分布、系統(tǒng)進(jìn)化、功能代謝等信息。該方法已經(jīng)得到普遍的運(yùn)用。對于需要進(jìn)行RNA抽提的部分特殊樣品，可以將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送。上海地區(qū)全質(zhì)粒測序高通量測序平臺

生工一直秉持只要生工已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的分析內(nèi)容（以生工分析報(bào)告模板為準(zhǔn)），全部無費(fèi)用。上海市靶向捕獲高通量測序技術(shù)

真核/原核無參mRNA-Seq，項(xiàng)目介紹；測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控后進(jìn)行拼接，并進(jìn)一步對拼接所得轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行功能注釋、CDD、CDS分析，SNP分析，SSR標(biāo)記開發(fā)等分析。在計(jì)算基因的表達(dá)量后，進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外，還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。 上海市靶向捕獲高通量測序技術(shù)

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