上海市宏全基因組高通量測序高通量

IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式，可以承擔(dān)轉(zhuǎn)錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務(wù)；IlluminaMiSeq運行PE300模式，可以承擔(dān)細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務(wù)；LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片，可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務(wù)；PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長，平均可達10kb以上，主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序等服務(wù)；生工生物已開展10x單細胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-seq）服務(wù)，如果正好您有需要，那就快快來call我們吧！上海市宏全基因組高通量測序高通量

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中，制備高質(zhì)量的單細胞懸液至關(guān)重要。而懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運作的呢？單細胞懸液質(zhì)控要求：?細胞濃度：700-1200cells/μl；?細胞活率>80%（當(dāng)細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理）；細胞團及碎片雜質(zhì)<5%（無細胞粘連，無明顯的細胞碎片和細胞團，并保證細胞的完整性）；?細胞狀態(tài)：細胞直徑在7-40um之間（細胞直徑過大則建議進行抽核處理）；?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細胞的核酸分子。上海地區(qū)基因組高通量測序項目KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧浚蟮囊脖容^少。

KBSeq全質(zhì)粒測序跟一代測序相比有什么優(yōu)點呢？一代測序：1.數(shù)據(jù)質(zhì)量，套峰，雙峰等情況，需要人工分析校對。2.測序長度，1 kb。3.成本，低。4.樣本用量，100 ng。5.精確度，70-90%。6.測序能力，需要測序引物，只能測測序引物間的片段序列。7.通量低，（與讀長有關(guān)）。8.實驗周期，如果片段長度超過5K，測通可能需要15天左右。對于測序長度較長，如果我們用Sanger測序往往需要花費大量的時間，而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天，就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少，比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl，如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的，KBSeq就更為適合了。

怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢？將血球計數(shù)板擦拭干凈，取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上；將細胞懸液混勻（或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液），吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間；在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù)；按細胞計數(shù)公式進行計算，計算公式：細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù)，V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目，細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%?，F(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。

單細胞測序技術(shù)的應(yīng)用：單細胞測序技術(shù)可以檢測復(fù)雜組織中單個細胞不同的生物學(xué)特性，這可以極大的幫助我們進一步了解細胞與細胞之間的差異。"這幾乎就像通過幾顆星星看到了整個宇宙。"哈佛大學(xué)分子和細胞生物學(xué)教授 Alexander Schier的這句話應(yīng)用在這里也是很合適了。這幅圖正是來自于在2018年4月 Science 雜志發(fā)表的三篇[8-10]來自哈佛醫(yī)學(xué)院和哈佛大學(xué)的研究人員關(guān)于單細胞基因測序文章中的一幅結(jié)果圖，Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。這幾篇文章使用多種檢測技術(shù)組合，其中包括對數(shù)千個發(fā)育中的斑馬魚和青蛙胚胎單細胞測序，在胚胎發(fā)育建議初的24小時內(nèi)追蹤單個細胞的發(fā)育情況，可以揭示出胚胎細胞何時何地轉(zhuǎn)變?yōu)樾碌募毎麪顟B(tài)和類型并向我們展示了組織和整個機體從單細胞發(fā)育的完整歷程。如果問現(xiàn)在什么技術(shù)是測序?qū)玫膶檭?，那么單細胞測序則是我們不得不提及的技術(shù)了。上海市small RNA高通量測序服務(wù)

于微生物樣品，請客戶如實聲明所屬物種，對于可能致病的微生物，生工保留拒收的權(quán)利。上海市宏全基因組高通量測序高通量

真核/原核有參mRNA-Seq，項目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進行計數(shù)，計算基因的表達量后，進行基因表達差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。上海市宏全基因組高通量測序高通量

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