上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

細(xì)胞質(zhì)檢時染料染色的原理：臺盼藍(lán)染色原理：臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞正常完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不被染色。而死細(xì)胞的細(xì)胞膜透性增高，可使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)而使死細(xì)胞染成淡藍(lán)色。AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一種小分子染料，可以通過完整的細(xì)胞膜，嵌入所有細(xì)胞（活細(xì)胞和死細(xì)胞）的細(xì)胞核，呈現(xiàn)綠色熒光；碘化丙啶（PI）只能通過不完整的細(xì)胞膜，即死細(xì)胞的細(xì)胞膜，嵌入所有死細(xì)胞的細(xì)胞核，呈現(xiàn)紅色熒光，通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細(xì)胞和死細(xì)胞，這種特異性染色的方法也可以排除無核細(xì)胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。請寄送樣本（尤其是細(xì)胞樣本）之前鑒定樣本所屬物種。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

對于細(xì)胞樣品，送樣量需達(dá)到 5 × 106（5乘10的6次方）數(shù)量級。富集后置于 2 ml Ep管中，用 1 ml TRIzol 重懸，注意取樣后立即用液氮或干冰乙醇速凍，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰中用保溫箱寄送。強(qiáng)烈建議細(xì)胞樣品先做細(xì)胞鑒定及支原體/衣原體污染之后，再送出來。對于血液樣本，只接收未凍存過的抗凝血新鮮樣本?？鼓齽┎豢墒褂酶嗡剽c，可用EDTA或ACD抗凝劑，取血后以冰袋保存，切記不能使血液凍結(jié)，從取血之時開始計(jì)算，須在48小時之內(nèi)送達(dá)生工上?？偛扛咄繙y序部。如果不能提供新鮮樣本，則請?zhí)峁难褐刑崛〉目俁NA樣本。備樣要求詳見B、RNA 樣品。上海宏全基因組高通量測序項(xiàng)目寄送 RNA 樣品請置于 1.5 ml 離心管中，管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間，管口使用 Parafilm 封口。

AO/PI染色原理：吖啶橙（AO）是一種小分子染料，可以通過完整的細(xì)胞膜，嵌入所有細(xì)胞（活細(xì)胞和死細(xì)胞）的細(xì)胞核，呈現(xiàn)綠色熒光；碘化丙啶（PI）只能通過不完整的細(xì)胞膜，即死細(xì)胞的細(xì)胞膜，嵌入所有死細(xì)胞的細(xì)胞核，呈現(xiàn)紅色熒光，通過標(biāo)記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細(xì)胞和死細(xì)胞，這種特異性染色的方法也可以排除無核細(xì)胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。熒光細(xì)胞計(jì)數(shù)儀檢測結(jié)果可以讓我們直觀的看到：細(xì)胞濃度（總細(xì)胞，活細(xì)胞，死細(xì)胞）、細(xì)胞存活率（臺盼藍(lán)和雙熒光AO/PI染色）、細(xì)胞平均直徑、細(xì)胞聚團(tuán)率、細(xì)胞直徑分布等結(jié)果的展示。

長鏈非編碼RNA(lncRNA)測序(只限有參考基因組物種)，項(xiàng)目介紹：長鏈非編碼RNAs（Long non-coding RNAs，LncRNAs）是一類轉(zhuǎn)錄本長度大于200 nt且不編碼蛋白質(zhì)的RNAs（不含rRNA），普遍存在于各種生物體內(nèi)。哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是LncRNA（相應(yīng)的蛋白編碼RNA比例是1%）。近年來研究表明，LncRNA參與了多種重要的調(diào)控過程，如X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾等。通過LncRNA測序，可以快速獲得與其生物學(xué)過程或者疾病相關(guān)的LncRNA的表達(dá)變化，從而促進(jìn)LncRNA的深入研究。KBSeq全質(zhì)粒測序只能測菌液和質(zhì)粒，像PCR產(chǎn)物什么的還是送一代測序吧。

真核/原核有參mRNA-Seq，項(xiàng)目介紹：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather，狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達(dá)的主要手段，是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式，通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控，是目前運(yùn)用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺，測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，mapping至參考基因組序列，對mapping到基因上的reads進(jìn)行計(jì)數(shù)，計(jì)算基因的表達(dá)量后，進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG（原核生物為COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。對于多個樣本，可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外，依據(jù)參考基因組，可進(jìn)行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗(yàn)證性分析；可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外，還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析，深入研究基因功能，進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息，為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。于微生物樣品，請客戶如實(shí)聲明所屬物種，對于可能致病的微生物，生工保留拒收的權(quán)利。上海地區(qū)宏基因組高通量測序公司

如果是水體樣品，建議采用濾膜過濾后，將濾膜寄送來生工。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

什么是KBSeq全質(zhì)粒測序？它基于第二代測序技術(shù)，一次性對大量質(zhì)粒（比較多可達(dá)6000個樣本）進(jìn)行并行測序，利用生物信息學(xué)分析，對數(shù)據(jù)進(jìn)行序列組裝并獲得每一個質(zhì)粒的完整序列信息。所以我們也稱它為，可以部分替代一代測序的高通量測序技術(shù)。測序長度：對于測序長度較長，如果我們用Sanger測序往往需要花費(fèi)大量的時間，而我們KBSeq全質(zhì)粒測序則只需要5-7天，就可以測通片段長度小于30kb以下的片段。樣本用量：KBSeq全質(zhì)粒測序?qū)τ跇颖镜牧?，要求的也比較少，比如質(zhì)粒我們的樣本要求DNA的濃度需≥ 1 ng/μl, 體積需≥5 μl，如果比較珍貴的樣本或者是樣本比較難提取的，KBSeq就更為適合了。上海地區(qū)宏全基因組高通量測序

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