上海地區(qū)ITS高通量測(cè)序應(yīng)用

16s/18s/ITS微生物分類(lèi)測(cè)序，項(xiàng)目介紹：環(huán)境微生物是自然界中分布建議廣、種類(lèi)建議多、數(shù)量比較大的生物類(lèi)群，其群落結(jié)構(gòu)及多樣性和微生物的功能及代謝機(jī)理是微生物生態(tài)學(xué)的研究熱點(diǎn)，對(duì)于我們研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源的利用以及人類(lèi)醫(yī)療健康有著重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展以及大量序列數(shù)據(jù)的積累，通用引物擴(kuò)增結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，可以快速檢索環(huán)境內(nèi)微生物的群落結(jié)構(gòu)。這項(xiàng)運(yùn)用我們稱之為微生物分類(lèi)測(cè)序。如Illumina公司的MiSeq高通量測(cè)序平臺(tái)不僅可實(shí)現(xiàn)對(duì)多樣品的多個(gè)可變區(qū)同時(shí)測(cè)序，而且在測(cè)序速度和測(cè)序通量上都有進(jìn)一步提升，目前此平臺(tái)已在微生物多樣性群落結(jié)構(gòu)研究方面受到了廣大學(xué)者的認(rèn)可。組織材料樣品（提取RNA用）建議將標(biāo)簽用膠帶貼到管壁，干冰運(yùn)輸。上海地區(qū)ITS高通量測(cè)序應(yīng)用

生工其他PCR產(chǎn)物測(cè)序，項(xiàng)目介紹：隨著基因編輯技術(shù)（尤其是CRISPR-cas9技術(shù)）的發(fā)展，科研人員使用傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序無(wú)法快速有效鑒定基因編輯效率。但是，通過(guò)對(duì)靶基因區(qū)域附近設(shè)計(jì)引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，可以快速高效的獲得目標(biāo)區(qū)域的突變頻率信息，尤其是對(duì)低頻突變的檢測(cè)效果遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于一代測(cè)序，性價(jià)比極高?？侱NA 或者包裝完好的原始樣品（如土壤、糞便、 水體和口腔物）；樣品名稱清晰，冷藏運(yùn)輸。如有對(duì)照與實(shí)驗(yàn)樣品的區(qū)分，標(biāo)明正常樣品與實(shí)驗(yàn)樣品，如有分組，詳細(xì)描述分組分析信息，以及分組比較的分析需求信息。無(wú)參轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序高通量測(cè)序技術(shù)是可以平行對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億條序列測(cè)序的技術(shù)。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，項(xiàng)目介紹：RNA-Seq，是基于新一代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法：首先提取生物樣品的全部轉(zhuǎn)錄的 RNA 并進(jìn)行 mRNA 富集，然后反轉(zhuǎn)錄為 cDNA 后進(jìn)行新一代高通量測(cè)序，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行短片段拼接組裝，從而獲得一個(gè)個(gè)單獨(dú)轉(zhuǎn)錄本，進(jìn)而可以對(duì)該生物樣品當(dāng)前狀態(tài)的基因表達(dá)狀況有全局了解。對(duì)不同階段或部位生物樣品的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行 比較分析，則可以在轉(zhuǎn)錄層面得到基因表達(dá)水平的變化，針對(duì)關(guān)鍵基因則可以進(jìn)行代謝通路（Pathway）的構(gòu)建。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)測(cè)序(只限有參考基因組物種)，項(xiàng)目介紹：長(zhǎng)鏈非編碼RNAs（Long non-coding RNAs，LncRNAs）是一類(lèi)轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度大于200 nt且不編碼蛋白質(zhì)的RNAs（不含rRNA），普遍存在于各種生物體內(nèi)。哺乳動(dòng)物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是LncRNA（相應(yīng)的蛋白編碼RNA比例是1%）。近年來(lái)研究表明，LncRNA參與了多種重要的調(diào)控過(guò)程，如X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾等。通過(guò)LncRNA測(cè)序，可以快速獲得與其生物學(xué)過(guò)程或者疾病相關(guān)的LncRNA的表達(dá)變化，從而促進(jìn)LncRNA的深入研究。生工高通量測(cè)序部擁有豐富的樣品處理經(jīng)驗(yàn)，日均處理樣品200余例。

怎樣通過(guò)血球計(jì)數(shù)板進(jìn)行質(zhì)檢操作呢？將血球計(jì)數(shù)板擦拭干凈，取干凈的蓋玻片蓋在計(jì)數(shù)板上；將細(xì)胞懸液混勻（或10μl臺(tái)盼藍(lán)+10μl細(xì)胞懸液），吸出10μl懸液至計(jì)數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細(xì)胞核懸液鋪滿蓋玻片和計(jì)數(shù)板之間；在顯微鏡下分別對(duì)V1/V2/V3/V4四個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)域進(jìn)行計(jì)數(shù)；按細(xì)胞計(jì)數(shù)公式進(jìn)行計(jì)算，計(jì)算公式：細(xì)胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù)，V1/V2/V3/V4為各個(gè)計(jì)數(shù)區(qū)的細(xì)胞數(shù)目，細(xì)胞活率=活細(xì)胞數(shù)目/總細(xì)胞數(shù)目*100%。對(duì)于需要進(jìn)行RNA抽提的部分特殊樣品，可以將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送。上海市SNP高通量測(cè)序原理

一臺(tái)10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運(yùn)行中分析數(shù)百至數(shù)十萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，讓百萬(wàn)級(jí)的細(xì)胞研究變得常規(guī)。上海地區(qū)ITS高通量測(cè)序應(yīng)用

為什么要用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)？細(xì)胞是生物體結(jié)構(gòu)和功能的基本單位，在生物體生長(zhǎng)發(fā)育的過(guò)程中，因細(xì)胞類(lèi)型、外界環(huán)境以及內(nèi)部調(diào)節(jié)因素的不同，其轉(zhuǎn)錄組信息也不盡相同。由于基因組和表觀遺傳的重編程，以及在細(xì)胞分裂和分化過(guò)程中出現(xiàn)的誤差造成來(lái)自同一細(xì)胞系或個(gè)體的細(xì)胞呈現(xiàn)出不同的基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組[4]。這就是我們上面提到的細(xì)胞異質(zhì)性。細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織和生物系統(tǒng)的普遍特征[5]。但是我們常規(guī)的二代測(cè)序檢測(cè)的是一個(gè)細(xì)胞群體的基因組、轉(zhuǎn)錄組的信息，如培養(yǎng)的大量細(xì)胞、動(dòng)植物組織甚至是整個(gè)生物體。在過(guò)去的20多年中，人們對(duì)轉(zhuǎn)錄組的人數(shù)仍然局限在群體水平[6]。這種方法可以為我們提供大量的基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，卻無(wú)法揭示細(xì)胞的異質(zhì)性。傳統(tǒng)方法得到的是細(xì)胞群的平均基因組，而單細(xì)胞測(cè)序測(cè)量的是細(xì)胞群中單個(gè)細(xì)胞的基因組[7]?，F(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測(cè)序和單細(xì)胞測(cè)序的區(qū)別，將傳統(tǒng)方法稱為批量測(cè)序。上海地區(qū)ITS高通量測(cè)序應(yīng)用

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