無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序高通量

來源: 發(fā)布時間:2022-08-18

通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢得到質(zhì)檢結果:明場(細胞未染色):主要可以觀察懸液背景質(zhì)量(背景干凈,無雜質(zhì)碎片,無細胞團塊);臺盼藍場(細胞與臺盼藍染色后):主要可以觀察活性(主要為活細胞,未染色藍色的為活細胞);通過臺盼藍場計算活率:90%>80%;細胞濃度:710cells/μl;等結果來看,血球計數(shù)板質(zhì)檢結果的展示可以看出所有指標均符合上機標準,屬于高質(zhì)量單細胞懸液。以上就是我們本次的單細胞懸液質(zhì)檢指南分享啦。請注意選擇無RNA酶的容器盛放樣本,盡量避免RNA降解。無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序高通量

細胞質(zhì)檢時染料染色的原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。AO/PI染色原理:吖啶橙(AO)是一種小分子染料,可以通過完整的細胞膜,嵌入所有細胞(活細胞和死細胞)的細胞核,呈現(xiàn)綠色熒光;碘化丙啶(PI)只能通過不完整的細胞膜,即死細胞的細胞膜,嵌入所有死細胞的細胞核,呈現(xiàn)紅色熒光,通過標記出的綠色熒光和紅色熒光就可以辨別出活細胞和死細胞,這種特異性染色的方法也可以排除無核細胞、雜質(zhì)、碎片等的干擾。上海市單細胞測序高通量測序目前,生工生物已開展10x單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-seq)服務,如果正好您有需要,那就快快來call我們吧!

2021年11月1日,在這個平凡而又特殊的日子里,生工生物高通量測序部迎來了一位新成員——10xGenomics Chromium X!不要看我們個頭小,我們可是百萬級單細胞捕獲神器吆。X是如何實現(xiàn)單次運行有這么高的吞吐量呢?多通道+高捕獲+10x的CellPlex多樣本混樣技術。X儀器本身有16個通道(Controller為8通道),每個通道比較多捕獲20000個細胞(Controller為10000個細胞)。再結合10x的CellPlex多樣本混樣技術,每個通道比較多可捕獲60,000個細胞,去除雙細胞率后,每張芯片比較多可捕獲750,000個單細胞。

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復相關性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡等信息,為研究網(wǎng)絡調(diào)控機理提供方向。準確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞了。

RNA樣品:1.請務必提供每個樣品具體的濃度、體積、制備時間以及物種來源。比較好附上電泳膠圖或者 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測數(shù)據(jù)等;2.對于普通轉(zhuǎn)錄組樣品,請?zhí)峁舛取?00 ng/μl、總量≥2 μg 的總 RNA 樣品,樣品請去蛋白并進行 DNase處理;一般情況下,普通轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280為 2.0~2.2,Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8;對于全長轉(zhuǎn)錄組測序樣品(ISO-seq),請?zhí)峁舛却笥?00 ng/ul,總量大于5 μg的總RNA樣品。樣品請去蛋白并進行 DNase 處理;全長轉(zhuǎn)錄組測序需要 RNA 樣品的 OD260/OD280 為 2.0~2.2,2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器檢測獲得的總RNA 28S:18S≥1,RIN≥8.5;DNA樣品建議用藍冰運輸。上海ITS高通量測序原理

RNA樣品建議用足量干冰運輸。無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序高通量

微生物基因組重測序(有參):目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。微生物基因組從頭測序(無參):對于不斷分離培養(yǎng)微生物的客戶來說,要確定一個菌株是否是新菌株或者新菌種,較快捷的辦法就是,直接進行基因組測序。利用高通量測序技術,對這些基因組進行高深度測序,然后進行基因組組裝,獲得基因組的框架圖或者精細圖甚至是完成圖。從而可以快速解析其基因組結構、基因功能、進化關系。無參轉(zhuǎn)錄組高通量測序高通量

生工生物工程(上海)股份有限公司總部位于香閔路698號,是一家研發(fā)、生產(chǎn)化學試劑、生化試劑、生物試劑、耗材、小型儀器及生物工程相關產(chǎn)品(以上經(jīng)營涉及位險化學品的只有分裝業(yè)務),銷售公司自產(chǎn)產(chǎn)品并提供售后技術服務;從事上述產(chǎn)品的同類商品(危險化學品限許可證規(guī)定范圍)的進出口、批發(fā)、傭金代理(拍實除外)及相關配套服務;提供生物工程技術服務、技術開發(fā)、技術咨詢。:提供倉儲業(yè)務。 【依法須經(jīng)批準的項目。經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的公司。公司自創(chuàng)立以來,投身于生化試劑,實驗耗材,實驗試劑,研發(fā),是醫(yī)藥健康的主力軍。生工生物不斷開拓創(chuàng)新,追求出色,以技術為先導,以產(chǎn)品為平臺,以應用為重點,以服務為保證,不斷為客戶創(chuàng)造更高價值,提供更優(yōu)服務。生工生物始終關注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,提高產(chǎn)品價值,是我們前行的力量。

標簽: 高通量測序