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生工高通量測序樣品要求,組織/細胞樣品:請使用新鮮取樣的實驗材料,當(dāng)場分成小塊后立即用液氮或干冰乙醇速凍,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;于微生物樣品,請客戶如實聲明所屬物種,對于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利;對于需要進行RNA抽提的樣品,可以但不建議將組織在液氮中研磨后用TRIzol懸浮后用普通冰袋寄送,具體情況請先取得溝通。一臺10xGenomics Chromium X儀器能夠在單次運行中分析數(shù)百至數(shù)十萬個細胞,讓百萬級的細胞研究變得常規(guī)。16s高通量測序
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中,制備高質(zhì)量的單細胞懸液至關(guān)重要。而懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運作的呢?單細胞懸液質(zhì)控要求:?細胞濃度:700-1200cells/μl;?細胞活率>80%(當(dāng)細胞懸液活率低于70%時建議進行去除死細胞處理);細胞團及碎片雜質(zhì)<5%(無細胞粘連,無明顯的細胞碎片和細胞團,并保證細胞的完整性);?細胞狀態(tài):細胞直徑在7-40um之間(細胞直徑過大則建議進行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細胞的核酸分子。上海地區(qū)16s高通量測序生物信息分析經(jīng)驗豐富,可以滿足客戶標(biāo)準分析到定制分析作圖的需求。
IlluminaHiSeq2500/4000可以運行PE150/PE250模式,可以承擔(dān)轉(zhuǎn)錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務(wù);IlluminaMiSeq運行PE300模式,可以承擔(dān)細菌基因組重測序/Denovo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務(wù);LifeIontorrentPGM運行314、316、318芯片,可以承接擴增子測序、靶區(qū)域測序、基因組重測序服務(wù);PacBioSequel/RSII該測序平臺讀長超長,平均可達10kb以上,主要承接細菌基因組完成圖測序、***基因組精細圖測序、全長轉(zhuǎn)錄本測序等服務(wù);
樣本寄送時,請將填寫完整的紙質(zhì)版《高通量測序送樣表》密封于塑料袋內(nèi),隨樣本一起寄出,紙質(zhì)版的樣本信息單用于樣本接收人員在收到樣本后及時并正確的保存并錄入樣本,如無紙質(zhì)版的樣本信息單可能會延誤項目周期;樣本管壁或管蓋上標(biāo)明的樣本名稱需要與《高通量測序送樣表》里樣本名稱一致,這樣可以避免我們收到樣本后與您確認樣本編號而耽誤樣本質(zhì)檢、提取實驗;如有特殊情況,請在《高通量測序送樣表》中注明;樣品編號請避免使用中文、羅馬數(shù)字、“-”以及特殊符號標(biāo)示,避免分析的時候系統(tǒng)無法識別,導(dǎo)致分析無法完成;我們分析人員建議編號可以采用英文字母與阿拉伯?dāng)?shù)字結(jié)合的形式,字符比較好不要過長,避免繪制部分分析圖的時候難以全部展示。如果問現(xiàn)在什么技術(shù)是測序?qū)玫膶檭?,那么單細胞測序則是我們不得不提及的技術(shù)了。
真核/原核無參mRNA-Seq,項目介紹;測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)控后進行拼接,并進一步對拼接所得轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋、CDD、CDS分析,SNP分析,SSR標(biāo)記開發(fā)等分析。在計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機理提供方向。 組織材料樣品(提取RNA用),請預(yù)先用液氮速凍,然后轉(zhuǎn)移到干冰中運輸。16s高通量測序
現(xiàn)在也有學(xué)者為了區(qū)分傳統(tǒng)測序和單細胞測序的區(qū)別,將傳統(tǒng)方法稱為批量測序。16s高通量測序
通過顯微鏡使用血球計數(shù)板質(zhì)檢能觀察到懸液背景質(zhì)量和細胞數(shù)目及活性的評估。讓我們再來回顧一下臺盼藍染色原理:臺盼藍染色原理:臺盼藍不能透過活細胞正常完整的細胞膜,故活細胞不被染色。而死細胞的細胞膜透性增高,可使染料進入細胞內(nèi)而使死細胞染成淡藍色。怎樣通過血球計數(shù)板進行質(zhì)檢操作呢?將血球計數(shù)板擦拭干凈,取干凈的蓋玻片蓋在計數(shù)板上;將細胞懸液混勻(或10μl臺盼藍+10μl細胞懸液),吸出10μl懸液至計數(shù)板上蓋玻片的一側(cè)使細胞核懸液鋪滿蓋玻片和計數(shù)板之間;在顯微鏡下分別對V1/V2/V3/V4四個計數(shù)區(qū)域進行計數(shù);按細胞計數(shù)公式進行計算,計算公式:細胞總數(shù)={(V1+V2+V3+V4)/4}*10000*懸液體積*稀釋倍數(shù),V1/V2/V3/V4為各個計數(shù)區(qū)的細胞數(shù)目,細胞活率=活細胞數(shù)目/總細胞數(shù)目*100%。16s高通量測序
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