高通量測(cè)序應(yīng)用于臨床感鑒定高通量測(cè)序臨床應(yīng)用的劣勢(shì)有：1)測(cè)序成本，尤其是海量數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)輔助分析速度及成本；2)人體標(biāo)本及標(biāo)本處理過程均不是無菌狀態(tài)，難以區(qū)分健康攜帶和污染信號(hào)，尤其是條件病原體；3)難以確定高通量測(cè)序鎖定的可能病原體和目前疾病狀態(tài)的因果關(guān)系。隨著高通量測(cè)序成本的下降和云計(jì)算在線分析軟件的使用，高通量測(cè)序正在逐步進(jìn)入臨床應(yīng)用，而臨床指導(dǎo)下的高通量測(cè)序和高通量測(cè)序指導(dǎo)下的病原體致病性判斷是有效的臨床應(yīng)用路徑。起初應(yīng)用于微生物檢測(cè)的分子生物學(xué)技術(shù)是基因探針方法。北京未知病毒篩查方法
微生物鑒定的方法：微生物鑒定的傳統(tǒng)的鑒定方法雖然仍被普遍使用，但存在兩大缺點(diǎn)。它們只適用于可以體外培養(yǎng)的生物體，而且一些菌株表現(xiàn)出不符合已知種屬模式的獨(dú)特的生化特性。許多現(xiàn)代方法并不依賴于活的培養(yǎng)物，它們常常能揭示通過傳統(tǒng)方法檢測(cè)不到的有機(jī)體之間的細(xì)微差別。PCR，包括實(shí)時(shí)熒光定量PCR，可能是普遍應(yīng)用于微生物鑒定的分子技術(shù)。利用PCR技術(shù)，可以快速檢測(cè)和鑒定臨床標(biāo)本的微生物種類，從而加快診斷程序。大多數(shù)基于PCR的方法涉及一組通用的PCR引物，通過測(cè)序PCR擴(kuò)增的序列來鑒定細(xì)菌/樣品。16SrRNA基因是PCR細(xì)菌鑒定的金標(biāo)準(zhǔn)序列，而內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)區(qū)域是種類的主要條碼標(biāo)記。廣州微生物檢測(cè)診斷室內(nèi)空氣是微生物污染的傳播途徑。
生物的個(gè)體在一生的生長(zhǎng)繁殖過程中，經(jīng)過不同的發(fā)育階段。這種過程對(duì)特定的生物來講是重復(fù)循環(huán)的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。各種生物都有自己的生活史。在分類鑒定中，生活史有時(shí)也是一項(xiàng)指標(biāo)，如黏細(xì)菌就是以它的生活史作為分類鑒定的依據(jù)。很多細(xì)菌有十分相似的外表結(jié)構(gòu)(如鞭毛)或有作用相同的酶(如乳酸桿菌屬內(nèi)各種細(xì)菌都有乳酸脫氫酶)。雖然它們的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)各異，但在普通技術(shù)下(如電子顯微鏡或生化反應(yīng))，仍無法分辨它們。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應(yīng)，就可用來鑒定相似的菌種，或?qū)νN微生物分型。用已知菌種、型或菌株制成的抗血清，與待鑒定的對(duì)象是否發(fā)生特異性的血清學(xué)反應(yīng)來鑒定未知菌種、型或菌株。該法常用于腸道菌、噬菌體和病毒的分類鑒定。利用此法，已將傷寒桿菌、肺炎鏈球菌等菌分成數(shù)十種菌型。
傳統(tǒng)病原微生物檢測(cè)方法概況：隨著醫(yī)學(xué)微生物學(xué)研究技術(shù)的不斷發(fā)展，病原學(xué)診斷已不再局限于病原體水平，深入到分子水平、基因水平的檢測(cè)手段不斷出現(xiàn)并被應(yīng)用于臨床和實(shí)驗(yàn)。核酸分子雜交技術(shù)、PCR技術(shù)、基因芯片技術(shù)、高通量測(cè)序技術(shù)等檢測(cè)方法，自動(dòng)化程度高，快速省時(shí)、無污染、結(jié)果精確，可以準(zhǔn)確靈敏地鑒定病原微生物。 傳統(tǒng)的病原微生物的檢測(cè)方法有：直接涂片鏡檢、分離培養(yǎng)與生化反應(yīng)、組織細(xì)胞培養(yǎng)、血清學(xué)與免疫學(xué)檢測(cè)、血清學(xué)與免疫學(xué)檢測(cè)、基因檢測(cè)（核酸雜交技術(shù)、基因芯片技術(shù)、PCR技術(shù)、環(huán)介導(dǎo)恒溫核酸擴(kuò)增法等）。微生物檢測(cè)必須嚴(yán)格把關(guān)是很有必要的。
病毒是地球上數(shù)量多的生物實(shí)體，其中細(xì)菌病毒(即噬菌體)約有1031個(gè)類群，從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調(diào)節(jié)人類生態(tài)系統(tǒng)的重要成員，人體內(nèi)主要包括真核病毒和噬菌體，包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，單鏈DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。隨著對(duì)病毒研究的普遍開展，“病毒組”與“病毒組學(xué)”的概念也應(yīng)運(yùn)而生，這些術(shù)語分別涵蓋了棲息在生態(tài)系統(tǒng)中的所有病毒及其基因組和對(duì)它們的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根據(jù)病毒不同的特征進(jìn)行分類，包括病毒的宿主范圍；病毒的形態(tài)學(xué)；病毒的基因組大??；病毒的核酸組成成分以及病毒的致病性。雖然所有的性狀在病毒分類學(xué)的確定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進(jìn)行序列比較被視為定義和區(qū)分病毒群類的主要標(biāo)準(zhǔn)。微生物鑒定的傳統(tǒng)的鑒定方法雖然仍被普遍使用。重慶未知病原微生物檢測(cè)排行
病原微生物檢測(cè)的不可知性使得高通量測(cè)序成為研究這類病原微生物的有用工具。北京未知病毒篩查方法
介紹宏病毒組分析的常用軟件之前，首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術(shù)及NGS測(cè)序平臺(tái)的宏病毒組學(xué)研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術(shù)層出不窮，但另一個(gè)層面，宏病毒組是宏基因組的一個(gè)分支，基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下，宏病毒組主要包括一下幾個(gè)方面的分析內(nèi)容：病毒群落結(jié)構(gòu)組成分析；病毒群落功能分析；病毒（特別是噬菌體）宿主預(yù)測(cè)；病毒與群落中細(xì)菌、古菌等其他微生物之間的互作網(wǎng)絡(luò)；基于非數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的新病毒序列的挖掘。北京未知病毒篩查方法
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