DNA病毒二代測(cè)序突變分析找哪家

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-17

病毒基因組測(cè)序:病毒基因組測(cè)序包括完成圖測(cè)序、掃描圖測(cè)序和重測(cè)序三個(gè)層面,通過(guò)二代/三代測(cè)序平臺(tái),獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學(xué)、比較基因組學(xué)層面通過(guò)差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進(jìn)化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進(jìn)化與演變歷程等。對(duì)疑似傳染標(biāo)本采集提取后直接進(jìn)行高通量測(cè)序,通過(guò)病原微生物專門用的數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報(bào)告,為疑難危重傳染提供快速準(zhǔn)確診斷依據(jù),促進(jìn)藥物的合理應(yīng)用。全基因組測(cè)序覆蓋面廣。DNA病毒二代測(cè)序突變分析找哪家

病毒全基因組測(cè)序、高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展在生物信息學(xué)分析方面,通過(guò)新的分析軟件的研發(fā)和原有分析軟件的升級(jí),對(duì)測(cè)序所得數(shù)據(jù)的分析也變得更加可靠;除此之外,伴隨著B(niǎo)asSpace等服務(wù)的出現(xiàn),進(jìn)行數(shù)據(jù)分析工作所需的設(shè)備成本也在逐步降低。將來(lái),伴隨著高通量測(cè)序技術(shù)與數(shù)據(jù)分析技術(shù)的不斷進(jìn)步,測(cè)序精度與可靠性的上升,測(cè)序與數(shù)據(jù)分析成本的下降,高通量測(cè)序技術(shù)會(huì)在各個(gè)領(lǐng)域得到應(yīng)用。在病原微生物檢測(cè)和鑒定應(yīng)用中,高通量測(cè)序技術(shù)勢(shì)必會(huì)成為不可或缺的技術(shù)并發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)足夠靈敏和完善,方能獲得準(zhǔn)確、可信任的結(jié)果。病毒全序列測(cè)序?qū)Σ《救蚪M進(jìn)行測(cè)序,是利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因組序列。

病毒是由一種核酸分子(DNA或RNA)與蛋白質(zhì)(Protein)構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成(如朊病毒)。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成,可分為單鏈DNA病毒(ssDNA)、雙鏈DNA病毒(dsDNA)、單鏈RNA病毒(ssRNA)、雙鏈RNA病毒(dsRNA)和蛋白質(zhì)病毒(如朊病毒)。根據(jù)宿主類型的不同,可以分為噬菌體(細(xì)菌病毒)、植物病毒(煙花葉病毒)和動(dòng)物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。病毒全基因組測(cè)序(VirusWholeGenomeSequencing,VWGS),是指基于第二代高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)病毒全基因組進(jìn)行測(cè)序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因組序列,解析編碼信息,并獲得相應(yīng)的變異信息。

發(fā)現(xiàn)病例的要盡快對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序的原因是:通過(guò)對(duì)病毒全基因組高通量測(cè)序可以在較短時(shí)間內(nèi)獲取病毒的全部基因信息,解釋病毒的來(lái)源、傳播、變異演化等科學(xué)問(wèn)題,為后續(xù)流行病學(xué)調(diào)查指明方向,為相關(guān)病例的追蹤溯源提供重要依據(jù),目前對(duì)病毒溯源分型主要檢測(cè)手段就是高通量測(cè)序技術(shù)。高通量測(cè)序技術(shù)如何進(jìn)行病毒溯源?先對(duì)獲得的早期病例標(biāo)本開(kāi)展病毒全基因組高通量序列測(cè)定,通過(guò)與本地流行病毒及全球其他地區(qū)測(cè)定過(guò)序列的病毒比較,如果該病例傳染的病毒在基因組上和北美流行株更接近,比如在全長(zhǎng)接近3萬(wàn)個(gè)堿基的序列上,兩者只相差幾個(gè)堿基,相似度為99%以上,這就是為我們推斷該病例攜帶病毒為北美流行株提供依據(jù)。病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn):無(wú)需培養(yǎng)和特異性擴(kuò)增,對(duì)采集臨床樣本直接檢測(cè)。

病毒基因組測(cè)序是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測(cè)序以及對(duì)應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測(cè)序相比,NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個(gè)小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列,測(cè)序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大,其序列拼接難度也隨之增加。而且對(duì)于低濃度高復(fù)雜度的樣本,研究者除了PCR外別無(wú)他法。而PCR方法往往具有偏好性,丟失的片段將為序列組裝帶來(lái)非常高的失敗率。對(duì)于完全未知的樣本,無(wú)法通過(guò)PCR進(jìn)行富集,要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法,逐個(gè)嘗試,工作量之大,其效率之低,使得一個(gè)新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。病毒基因組測(cè)序包括完成圖測(cè)序、掃描圖測(cè)序和重測(cè)序幾個(gè)層面。DNA病毒二代測(cè)序突變分析找哪家

DNA病毒基因組測(cè)序:一種指定DNA病毒盡量完整的序列。DNA病毒二代測(cè)序突變分析找哪家

深度測(cè)序技術(shù)對(duì)經(jīng)濟(jì)市場(chǎng)具有的影響:未來(lái)社會(huì)的創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)將由信息技術(shù)向心理社會(huì)健康方面轉(zhuǎn)移??梢灶A(yù)見(jiàn),全球老年化社會(huì)到來(lái)后的經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng)將是健康行業(yè),而以基因測(cè)序預(yù)測(cè)健康和臨床準(zhǔn)確分型的市場(chǎng)將會(huì)越來(lái)越大。深度測(cè)序相關(guān)的經(jīng)濟(jì)市場(chǎng)有兩個(gè)方面。一是測(cè)序儀器和技術(shù)相關(guān)的市場(chǎng),二是測(cè)序應(yīng)用市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)。一個(gè)顯見(jiàn)的例子是,近年來(lái)深度測(cè)序技術(shù)促進(jìn)了對(duì)肺病的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)和分型,更多的位點(diǎn)突變?nèi)鏏LK、ERCC1、MET、PI3K、RRM1等被陸續(xù)發(fā)現(xiàn),多基因檢測(cè)肺病致病驅(qū)動(dòng)基因?qū)︶t(yī)生準(zhǔn)確選擇靶向藥物十分重要。以肺病中常見(jiàn)的EGFR突變型為例,對(duì)于敏感性基因突變(19Del+L858R),第1代靶向藥物(如易瑞沙等)可以進(jìn)行良好的調(diào)整和控制;但是對(duì)于耐藥性基因突變(T790M),則需要第三代靶向藥物(AZD9291)才有較好的臨床效果。不久的將來(lái),病癥患者將獲得更具個(gè)性化的藥物,從而達(dá)到準(zhǔn)確醫(yī)療。DNA病毒二代測(cè)序突變分析找哪家

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