新一代測(cè)序中基因從頭測(cè)序和重測(cè)序有什么區(qū)別?從頭測(cè)序的原理是生成互相分離的若干組帶放射性標(biāo)記的寡核苷酸,每組寡核苷酸都有固定的起點(diǎn),但卻隨機(jī)終止于特定的一種或者多種殘基上??梢詤^(qū)分長(zhǎng)度只差一個(gè)核苷酸的不同DNA分子的條件下,對(duì)各組寡核苷酸進(jìn)行電泳分析,只要把幾組寡核苷酸加樣于測(cè)序凝膠中若干個(gè)相鄰的泳道上。全基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序,并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。SBC將不同梯度插入片段的測(cè)序文庫結(jié)合短序列、雙末端進(jìn)行測(cè)序,幫助客戶在全基因組水平上掃描并檢測(cè)與重要性狀相關(guān)的基因序列差異和結(jié)構(gòu)變異,實(shí)現(xiàn)遺傳進(jìn)化分析及重要性狀候選基因預(yù)測(cè)。深度測(cè)序數(shù)據(jù)是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)量增加快、應(yīng)用廣的數(shù)據(jù)。DNA病毒二代測(cè)序服務(wù)
二代測(cè)序可以用于對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序有哪些挑戰(zhàn)?二代測(cè)序相較sanger測(cè)序,差異主要就是單次運(yùn)行可以獲得海量的數(shù)據(jù)量,因此也稱為高通量測(cè)序。想要通過高通量測(cè)序獲得病毒全序列,需要經(jīng)歷:核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這三大基本流程。而高通量測(cè)序技術(shù)本身并不是以病毒為目標(biāo)開發(fā)的,因此每個(gè)環(huán)節(jié)都是挑戰(zhàn)。核酸純化步驟決定了Input核酸的起始濃度和總量,從而決定了文庫構(gòu)建的成敗、質(zhì)量和產(chǎn)量;文庫的好壞決定了數(shù)據(jù)的質(zhì)量和產(chǎn)出;而數(shù)據(jù)的質(zhì)量產(chǎn)出直接影響分析結(jié)果。樣品一般核酸濃度很低,且?guī)в写罅克拗魑廴?,因此?shí)驗(yàn)部分和分析部分都比較困難。探普生物基于這些困難點(diǎn),進(jìn)行了大量有針對(duì)性的研發(fā)和測(cè)試,開發(fā)了全套的實(shí)驗(yàn)和分析流程用于對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序,該流程自運(yùn)行以來廣受研究者們好評(píng)。DNA病毒二代測(cè)序服務(wù)全基因組測(cè)序的覆蓋面廣。
探普生物進(jìn)行病毒基因組測(cè)序的流程:在探普生物進(jìn)行病毒基因組測(cè)序非常簡(jiǎn)單,簡(jiǎn)而言之,客戶只需要說清楚樣品情況,準(zhǔn)備樣品即可,其他事宜都由探普來進(jìn)行安排。大致流程如下:1)與銷售人員溝通項(xiàng)目需求和樣本情況;2)探普生物工作人員擬定項(xiàng)目合同,雙方協(xié)商合同內(nèi)容后簽字蓋章;3)按樣本準(zhǔn)備指南準(zhǔn)備好樣本,填寫信息單后通知銷售人員預(yù)訂干冰,安排樣本寄運(yùn)輸;4)客戶支付項(xiàng)目啟動(dòng)款,探普生物啟動(dòng)項(xiàng)目實(shí)驗(yàn)和分析并提供測(cè)序報(bào)告;5)客戶支付項(xiàng)目尾款,探普生物提交測(cè)序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果;6)售后問題處理,項(xiàng)目結(jié)題。
病毒全基因組測(cè)序定中利用病毒傳播過程中核酸序列上特定位置的變化來進(jìn)行分型,著重于區(qū)分不同型別病毒的來源,是我國(guó)調(diào)整防控策略的重要依據(jù)之一。傳統(tǒng)的病原微生物檢測(cè)手段包括形態(tài)學(xué)檢測(cè)、培養(yǎng)分離、生化檢測(cè)和免疫學(xué)檢測(cè)。這些方法檢測(cè)周期長(zhǎng)、靈敏度低,對(duì)操作人員的技術(shù)水平要求比較高等因素;熒光定量PCR技術(shù)和等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)等分子生物學(xué)的檢測(cè)方法部分解決了上述問題,簡(jiǎn)單快速,通過對(duì)核酸特異性序列的檢測(cè),可在短時(shí)間內(nèi)快速判斷病原體的種類,但是這些方法無法進(jìn)行混合傳染鑒定和病毒溯源,隨著基因組學(xué)技術(shù)的發(fā)展,高通量測(cè)序技術(shù)已經(jīng)能夠做到不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),可直接對(duì)臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序,然后與數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì),實(shí)現(xiàn)傳染性疾病的溯源、檢測(cè)、分型和耐藥評(píng)估等多個(gè)方面,受到越來越多臨床和科研工作者的關(guān)注。DNA病毒基因組測(cè)序:一種指定DNA病毒盡量完整的序列。
二代測(cè)序應(yīng)用的患者類型的推薦:共識(shí)明確指出了二代測(cè)序應(yīng)用的患者類型及使用的時(shí)機(jī)的意見:對(duì)于神經(jīng)系統(tǒng)急性傳染/血流傳染/呼吸道傳染患者,3天是二代測(cè)序使用的時(shí)機(jī),在傳統(tǒng)方法(常規(guī)的生化檢查和培養(yǎng))3天未報(bào)陽性且經(jīng)驗(yàn)性調(diào)整無效時(shí),強(qiáng)烈推薦二代測(cè)序檢測(cè);對(duì)疑似病毒傳染患者,包括:疑似神經(jīng)系統(tǒng)病毒傳染和病毒性肺炎且病情持續(xù)進(jìn)展的患者,若完善傳統(tǒng)PCR檢測(cè)后依然未獲得明確的病原學(xué)證據(jù)時(shí),強(qiáng)烈推薦二代測(cè)序檢測(cè)。對(duì)于疑似局灶性傳染患者完成常規(guī)的生物化學(xué)、培養(yǎng)或PCR檢測(cè)后,若未能獲取病原學(xué)診斷結(jié)果,推薦將二代測(cè)序作為檢測(cè)方法。而對(duì)于懷疑繼發(fā)性血流傳染患者:在原發(fā)傳染灶的病原學(xué)檢測(cè)為陰性或因各種因素?zé)o法送檢合適標(biāo)本的情況下,可考慮將血標(biāo)本的二代測(cè)序檢測(cè)作為二線檢測(cè)。病毒全基因組測(cè)序產(chǎn)品特點(diǎn):對(duì)采集臨床樣本直接檢測(cè)。國(guó)內(nèi)病毒序列測(cè)序排行
病毒全基因組測(cè)序具有的特點(diǎn):獨(dú)有的一定定量技術(shù),實(shí)現(xiàn)病原定量分析。DNA病毒二代測(cè)序服務(wù)
病毒全基因組測(cè)序定:目前對(duì)我國(guó)首例輸入性裂谷熱病例病毒進(jìn)行全基因組測(cè)定,分析其進(jìn)化來源及潛在變異,方法提取樣本核酸,非特異性反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增病毒基因組RNA,使用IonTorrent二代測(cè)序儀進(jìn)行病毒全基因組測(cè)定.對(duì)獲得的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行序列拼接、比對(duì)、進(jìn)化樹構(gòu)建和關(guān)鍵位點(diǎn)分析.結(jié)果通過測(cè)定獲得了病毒全基因組11979nt,該測(cè)定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(>98%).病毒Gn蛋白C端信號(hào)肽區(qū)存在1個(gè)氨基酸突變.結(jié)論本研究分析測(cè)定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。DNA病毒二代測(cè)序服務(wù)
上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)涵蓋病毒測(cè)序,病毒全基因組測(cè)序,病毒宏基因組測(cè)序,未知病原鑒定等,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí),遵守行業(yè)規(guī)范,植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展。上海探普生物立足于全國(guó)市場(chǎng),依托強(qiáng)大的研發(fā)實(shí)力,融合前沿的技術(shù)理念,飛快響應(yīng)客戶的變化需求。