廣州病毒多樣性測(cè)序

來源: 發(fā)布時(shí)間:2024-07-23

探普生物的病毒測(cè)序:由于探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經(jīng)驗(yàn),熟知各類病毒樣本的特性,因此對(duì)于樣本準(zhǔn)備有獨(dú)特的方法指南,這就為后續(xù)的分析結(jié)果打下了牢固的基礎(chǔ),減少了客戶和公司之間的摩擦,也幾乎沒有售后問題。獨(dú)有的實(shí)驗(yàn)和分析流程可兼容高復(fù)雜度低濃度的病毒核酸。因此探普生物的病毒測(cè)序結(jié)果質(zhì)量有保障外還具備:樣本準(zhǔn)備簡(jiǎn)單,商務(wù)流程通暢,回復(fù)消息及時(shí),反饋處理迅速等優(yōu)點(diǎn)。我國經(jīng)濟(jì)進(jìn)入“新常態(tài)”,總體上推動(dòng)["病毒測(cè)序","病毒全基因組測(cè)序","病毒宏基因組測(cè)序","未知病原鑒定"]從粗放式增長(zhǎng)向注重質(zhì)量、效率方向轉(zhuǎn)變。


隨著醫(yī)學(xué)微生物學(xué)研究技術(shù)的不斷發(fā)展,病原學(xué)診斷已不再局限于病原體水平。廣州病毒多樣性測(cè)序

新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢(shì),人類想要征服新發(fā)人畜共患病,就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原,并針對(duì)新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機(jī)制及疫苗開發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù),該技術(shù)結(jié)合深度測(cè)序技術(shù)(第二代、第三代測(cè)序技術(shù))已經(jīng)在人類、動(dòng)物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒,該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列,在國內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷。就病毒宏基因組學(xué)在動(dòng)物病毒研究中的應(yīng)用及研究進(jìn)展進(jìn)行了介紹。江蘇宏病毒學(xué)測(cè)序分析要多久對(duì)人和動(dòng)物具有致病性的微生物稱為病原微生物,又稱病原體。

宏基因組測(cè)序的挑戰(zhàn):背景干擾,病原樣本深藏在大量宿主和其它微生物之內(nèi),臨床病原常為起始量低,背景噪音大的復(fù)雜樣本,大量宿主信號(hào)掩蓋了微量病原信號(hào),致使敏感性偏低,難以有效區(qū)分。另外,因?yàn)镽NA病毒需先轉(zhuǎn)化為互補(bǔ)DNA(cDNA)再進(jìn)行測(cè)序,因此病原宏基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)RNA病原體檢出率比DNA病毒更低??梢钥紤]對(duì)核酸樣本進(jìn)行特殊的處理,對(duì)病毒序列進(jìn)行特異性富集,再進(jìn)行建庫測(cè)序。質(zhì)量控制:病原宏基因組測(cè)序技術(shù)涉及一系列繁瑣的實(shí)驗(yàn)操作過程,例如文庫構(gòu)建涉及到基因組打斷,測(cè)序接頭鏈接,全基因組擴(kuò)增等多個(gè)步驟,每一步驟的目標(biāo)是要每個(gè)分子都以相同的效率執(zhí)行每個(gè)步驟,打斷有損失,連接有差別,擴(kuò)增有偏好,都會(huì)帶來檢測(cè)誤差。

病毒宏基因組測(cè)序:在運(yùn)用宏基因組測(cè)序方法檢測(cè)的樣本量位居全球前列,樣本總數(shù)居國內(nèi)第二,其中腦脊液檢測(cè)量位列全球前二強(qiáng)。除了傳染病的應(yīng)用場(chǎng)景之外,利用mNGS還可以對(duì)菌群進(jìn)行菌株鑒定分型、耐藥基因與毒力基因的檢測(cè),適用于抗傳染院內(nèi)傳染管理的評(píng)估。在越來越多的證據(jù)表明微生物對(duì)人體免疫系統(tǒng)能夠產(chǎn)生影響,以及微生物菌群會(huì)參與到神經(jīng)退行性疾病、糖尿病等疾病的發(fā)生和發(fā)展當(dāng)中,微生物療法獲得了越來越多的關(guān)注,而mNGS未來也可以為人們深入分析人體菌群微生態(tài)、研究微生物療法提供一種可靠的技術(shù)手段。宏基因組測(cè)序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng)。

上海探普生物對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。經(jīng)過核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后,樣本轉(zhuǎn)換成了序列數(shù)據(jù)。先,在核酸純化環(huán)節(jié),探普提供專門針對(duì)病毒的核酸純化樣本指南,以提高純度和得率,與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二,文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)。樣本的核酸具備濃度低,總量少的特點(diǎn)。探普生物專門針對(duì)這一點(diǎn)開發(fā)了超微量核酸文庫構(gòu)建,可以將0.01ng/μl甚至更低濃度的核酸構(gòu)建成測(cè)序文庫。第三,生物信息學(xué)分析環(huán)節(jié)。寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,搭載了的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。微生物檢測(cè)涉及多行業(yè)和領(lǐng)域,在實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)中有著重要的地位。重慶水體微生物分析上哪找

宏基因組測(cè)序是通過比對(duì)數(shù)據(jù)庫,得到病原體的信息。廣州病毒多樣性測(cè)序

宏基因組的應(yīng)用:特定生物種基因組研究使人們的認(rèn)識(shí)單元實(shí)現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變,宏基因組研究將使人們擺脫物種界限,揭示更高更復(fù)雜層次上的生命運(yùn)動(dòng)規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認(rèn)識(shí)和基因操作技術(shù)背景下,細(xì)菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對(duì)象。細(xì)菌宏基因組細(xì)菌人工染色體文庫篩選和基因系統(tǒng)學(xué)分析使研究者能更有效地開發(fā)細(xì)菌基因資源,更深入地洞察細(xì)菌多樣性。如宏基因組成為生物催化劑的新來源。病毒宏基因組測(cè)序是指通過高通量測(cè)序?qū)φ麄€(gè)環(huán)境中的病毒進(jìn)行研究,以獲得單個(gè)樣品的飽和數(shù)據(jù)量,可進(jìn)行病毒群體的物種分類、復(fù)雜度分析、群體結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、樣品間的病毒種類或基因差異分析。宏基因組測(cè)序研究擺脫了對(duì)病毒分離培養(yǎng)的限制,為環(huán)境中各種病毒的研究提供了有效工具,并可以通過宏基因組深度測(cè)序挖掘具有應(yīng)用價(jià)值的基因資源。廣州病毒多樣性測(cè)序