國內(nèi)全基因組測序檢測

來源: 發(fā)布時間:2024-06-16

病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序三個層面,通過二代/三代測序平臺,獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學(xué)、比較基因組學(xué)層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進(jìn)化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進(jìn)化與演變歷程等。對疑似傳染標(biāo)本采集提取后直接進(jìn)行高通量測序,通過病原微生物數(shù)據(jù)庫比對和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報告,為疑難危重傳染提供快速準(zhǔn)確診斷依據(jù),促進(jìn)藥物的合理應(yīng)用。探普生物病毒測序具備反饋處理迅速的優(yōu)點(diǎn)。國內(nèi)全基因組測序檢測

未培養(yǎng)病毒基因組的信息標(biāo)準(zhǔn):①關(guān)于未培養(yǎng)病毒基因組標(biāo)準(zhǔn)的信息是在基因組標(biāo)準(zhǔn)框架內(nèi)制定的,包括病毒起源、基因組質(zhì)量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預(yù)測;②UViGs有助于提高我們對病毒進(jìn)化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解;③病毒基因組組成和內(nèi)容、復(fù)制策略和宿主的異常多樣性意味著UViGs的完整性、質(zhì)量、分類學(xué)和生態(tài)學(xué)需要通過病毒特異性指標(biāo)來評估;④分析不同大小和不同樣品類型的UViGs對于探索病毒基因組序列空白是有價值的。RNA病毒序列測序分析方法病毒全基因組測序具有的特點(diǎn):獨(dú)有的一定定量技術(shù),實(shí)現(xiàn)病原定量分析。

有哪些病毒學(xué)研究常用方法?細(xì)胞病變效應(yīng)(cytopathiceffect,CPE):由病毒增殖引起的細(xì)胞改變稱細(xì)胞病變效應(yīng)。不同種類病毒可引起不同細(xì)胞病變效應(yīng)。如:①細(xì)胞圓縮、分散、溶解,如腸道病毒、鼻病毒、披膜病毒、痘病毒等;②細(xì)胞融合成多核巨細(xì)胞,如皰疹病毒、副粘病毒、呼吸道合胞病毒;③細(xì)胞腫脹、顆粒增多、病變細(xì)胞聚集成葡萄狀,如腺病毒;④胞質(zhì)出現(xiàn)空泡,如SV40細(xì)胞;⑤細(xì)胞漿或核內(nèi)出現(xiàn)嗜酸性或嗜堿性包涵體,一至數(shù)個不等;⑥輕微病變,如正粘病毒、狂犬病毒、冠狀病毒和逆轉(zhuǎn)錄病毒等;⑦培養(yǎng)液pH的變化。

病毒(Virus)由一種核酸分子(DNA或RNA)與蛋白質(zhì)(Protein)構(gòu)成或由蛋白質(zhì)構(gòu)成(如朊病毒)。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成,可分為單鏈DNA病毒(ssDNA)、雙鏈DNA病毒(dsDNA)、單鏈RNA病毒(ssRNA)、雙鏈RNA病毒(dsRNA)和蛋白質(zhì)病毒(如朊病毒)。根據(jù)宿主類型的不同,可以分為噬菌體(細(xì)菌病毒)、植物病毒(煙花葉病毒)和動物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。病毒全基因組測序(VirusWholeGenomeSequencing,VWGS),是指基于第二代高通量測序技術(shù),對病毒全基因組進(jìn)行測序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因組序列,解析編碼信息,并獲得相應(yīng)的變異信息。病毒全基因組測序具有的特點(diǎn):獨(dú)有的一定定量技術(shù),實(shí)現(xiàn)病原定量分析!

一直以來,病毒基因組測序都是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測序以及對應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測序相比,NGS技術(shù)的發(fā)展使得一個小的研究小組可以擁有大量病毒株的全基因組序列,測序成本也在逐步降低。由于NGS產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量非常龐大,其序列拼接難度也隨之增加。而且對于低濃度高復(fù)雜度的樣本,研究者除了PCR外別無他法。而PCR方法往往具有偏好性,丟失的片段將為序列組裝帶來非常高的失敗率。對于完全未知的樣本,無法通過PCR進(jìn)行富集,要鑒定其種類需要調(diào)用各種方法,逐個嘗試,工作量之大,其效率之低,使得一個新的研究方法的出現(xiàn)及其必要。探普生物病毒測序具備商務(wù)流程通暢的優(yōu)點(diǎn)。RNA病毒測序進(jìn)化分析檢測

病毒全基因測序技術(shù)對疾病的致病原進(jìn)行全基因組測序研究,能發(fā)現(xiàn)其中的變異與遺傳情況.國內(nèi)全基因組測序檢測

病毒的蛋白組成的特點(diǎn)是什么?(1)結(jié)構(gòu)蛋白由病毒的基因組編碼,結(jié)構(gòu)蛋白組成病毒體的蛋白成分如病毒體的衣殼蛋白、基質(zhì)蛋白和包膜蛋白。(2)非結(jié)構(gòu)蛋白由病毒的基因組編碼,但非結(jié)構(gòu)蛋白不參與病毒體構(gòu)成的蛋白成分。非結(jié)構(gòu)蛋白可存在于病毒體內(nèi),如病毒的酶就屬于非結(jié)構(gòu)蛋白,也可存在于侵染細(xì)胞。病毒結(jié)構(gòu)蛋白有以下幾種功能:①病毒結(jié)構(gòu)蛋白可保護(hù)病毒核酸,避免環(huán)境中的核酸酶和其他理化因素對病毒核酸造成破壞;②病毒結(jié)構(gòu)蛋白可參與病毒的侵染過程,衣殼蛋白和包膜上的蛋白突起能吸附至易感細(xì)胞受體,引起侵染;③具有抗原***毒基因編碼的衣殼蛋白和包膜蛋白具有良好的抗原性,能刺激機(jī)體產(chǎn)生免疫反應(yīng)。國內(nèi)全基因組測序檢測