深度測序分析

來源: 發(fā)布時間:2023-11-29

高通量測序技術又稱“下一代“測序技術或深度測序技術,可以一次性對幾十萬至幾百萬條DNA分子進行序列測定?,F(xiàn)已普遍應用在基因組測序、基因表達分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關的研究領域。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。


高通量測序技術正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標準濃度和體積后進行測序和分析。深度測序分析

病毒全基因組測序相關知識:病毒全基因組測序,基因測序技術能鎖定個人病變基因,提前預防和調整。自上世紀90年代初,學界開始涉足“人類基因組計劃”。而傳統(tǒng)的測序方式是利用光學測序技術。用不同顏色的熒光標記四種不同的堿基,然后用激光光源去捕捉熒光信號從而獲得待測基因的序列信息。雖然這種方法檢測可靠,但是價格不菲也是有目共睹的,一臺儀器的價格大約在50萬到75萬美元,而檢測一次的費用也高達5千到1萬美元。新的基因測序儀中,芯片代替了傳統(tǒng)激光鏡頭、熒光染色劑等,芯片就是測序儀。RNA病毒測序進化分析要多久病毒全基因組測序具有的特點:獨有的一定定量技術,實現(xiàn)病原定量分析!

病毒基因組的結構特點有哪些? 病毒基因組大小相差較大。 病毒基因組可以由DNA組成,也可以由RNA組成。 多數RNA病毒的基因組是由連續(xù)的核糖核酸鏈組成,還沒有發(fā)現(xiàn)有節(jié)段性的DNA分子構成的病毒基因組。 病毒基因組的大部分是用來編碼蛋白質的。 病毒基因組DNA序列能上相關的蛋白質的基因或rRNA的基因往往叢集在基因組的一個或幾個特定的部位,形成一個功能單位或轉錄單元。 除了反轉錄病毒以外一切病毒基因組都是單倍體,每個基因在病毒顆粒中只出現(xiàn)一次。 噬菌體(細菌病毒)的基因是連續(xù)的;而真核細胞病毒的基因是不連續(xù)的,具有內含子。

能實現(xiàn)對病毒的全基因組進行測序的技術手段:早期在高通量測序技術普及之前,對病毒的全基因組進行測序是通過非特異性擴增+克隆結合sanger測序來完成的。當物種有了參考的序列之后,可以通過特異性擴增+sanger測序獲得全基因組序列。Sanger測序準確度高,讀長很長,但與此同時,擴增和克隆工作費時費力,由于流程繁瑣,加上快速變異導致引物無法通用,該方法對于大量基因組的測序工作而言,可操作性不強,這對于研究者一直是一個困擾。高通量測序技術正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標準濃度和體積后進行測序和分析,減少了工作量,增加了成功率。探普生物進行了大量有針對性的研發(fā)和測試,開發(fā)了全套的實驗和分析流程用于對病毒的全基因組進行測序,該流程自運行以來廣受研究者們好評。



探普生物專門針對病毒數據搭載了生物信息學分析流程。

對病毒的全基因組進行測序費用合理,上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥、保養(yǎng),以科技創(chuàng)新實現(xiàn)管理的追求。探普生物擁有一支經驗豐富、技術創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團隊,以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供病毒測序,病毒全基因組測序,病毒宏基因組測序,未知病原鑒定。探普生物繼續(xù)堅定不移地走高質量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關鍵領域,實現(xiàn)轉型再突破。探普生物始終關注醫(yī)藥、保養(yǎng)市場,以敏銳的市場洞察力,實現(xiàn)與客戶的成長共贏。



病毒全基因組進行測序,檢測人員利用病毒傳播過程中核酸序列上特定位置的變化來進行分型。國內全基因組病毒測序哪家好

病毒全基因測序不僅需要精密的儀器設備,也需要檢測人員具有豐富的經驗和過硬的技術。深度測序分析

目前對我國首例輸入性裂谷熱病例病毒進行全基因組測定,分析其進化來源及潛在變異.方法提取樣本核酸,非特異性反轉錄擴增病毒基因組RNA,使用IonTorrent二代測序儀進行病毒全基因組測定.對獲得的基因組數據進行序列拼接、比對、進化樹構建和關鍵位點分析.結果通過測定獲得了病毒全基因組11979nt,該測定病毒屬E基因分支,序列與先前南非分離株Kakamas相似度較高(>98%)。病毒Gn蛋白C端信號肽區(qū)存在1個氨基酸突變.結論本研究分析測定的裂谷熱病毒全基因組與目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出現(xiàn)明顯變異。


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