上海探普生物科技有限公司對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序以后的數(shù)據(jù)分析是如何進(jìn)行的？寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù)，搭載了的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括，1，基于數(shù)據(jù)庫(kù)，去除宿主數(shù)據(jù)和其他微生物數(shù)據(jù)，篩選出目的序列，然后進(jìn)行序列組裝，物種分類，豐度統(tǒng)計(jì)。樣本數(shù)量達(dá)到一定標(biāo)準(zhǔn)還可以進(jìn)行差異分析?，F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)不夠完善，出于對(duì)數(shù)據(jù)真實(shí)性的尊重，探普生物一般不進(jìn)行功能相關(guān)的分析。預(yù)測(cè)性質(zhì)的分析可以根據(jù)具體項(xiàng)目評(píng)估數(shù)據(jù)庫(kù)質(zhì)量后進(jìn)行。宏基因組測(cè)序能夠快速全方面的展示序列信息的優(yōu)勢(shì)。廣州病毒多樣性測(cè)序分析
宏病毒組其實(shí)就是病毒的宏基因組（meta-genomics），該技術(shù)是隨著高通量測(cè)序技術(shù)的興起而發(fā)展起來(lái)的。該技術(shù)主要是使用大量微生物群體樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)和生物信息學(xué)分析手段，以多種數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)，進(jìn)行群體的種類和功能分析。因此，它主要的應(yīng)用場(chǎng)景在于微生物群體研究，如腸道微生物、皮膚微生物、口腔微生物、水體微生物、土壤微生物等。一直以來(lái)宏基因組技術(shù)都是在細(xì)菌領(lǐng)域使用，病毒的樣本收集困難、文庫(kù)構(gòu)建繁瑣、數(shù)據(jù)庫(kù)不完善，因此宏基因組技術(shù)未能獲得普遍應(yīng)用。上海探普生物科技有限公司立志專門(mén)解決病毒方向的基因組研究難題，開(kāi)發(fā)了整套的樣本處理和生信分析流程，基于這套流程，研究者們想對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序就很容易實(shí)現(xiàn)了。安徽皮膚微生物多樣性測(cè)序服務(wù)公司全基因組測(cè)序是對(duì)未知基因組序列的物種進(jìn)行個(gè)體的基因組測(cè)序。
在未知傳染病的病原體檢測(cè)方面，傳統(tǒng)的體液培養(yǎng)等檢測(cè)方式整體效率、陽(yáng)性率低下，PCR檢測(cè)也局限于已知的病原微生物基因序列，能夠準(zhǔn)確分析病原體并能夠高通量測(cè)序的mNGS具有強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì)。mNGS的這兩大優(yōu)勢(shì)也令其在這次的病毒檢測(cè)中發(fā)揮出色。宏基因組測(cè)序在一年多的時(shí)間里也受到了資本市場(chǎng)的普遍關(guān)注，發(fā)生之后，全球宏基因組測(cè)序市場(chǎng)又有多家公司在本季度獲得投資。全自動(dòng)設(shè)備處理標(biāo)本，該設(shè)備可以從血漿中分離微生物無(wú)細(xì)胞核酸（mcfDNA），使用特有工藝去除不必要的人類DNA，然后對(duì)樣本進(jìn)行測(cè)序，并使用機(jī)器學(xué)習(xí)等手段對(duì)數(shù)十種實(shí)時(shí)數(shù)百萬(wàn)個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)來(lái)識(shí)別匹配項(xiàng)。這種核酸是病原微生物在血液中留下的「痕跡」，通過(guò)對(duì)這些痕跡進(jìn)行測(cè)序，便可以分析出傳染的病原情況。該技術(shù)可以識(shí)別和量化1250種臨床相關(guān)的病原菌，包括細(xì)菌、寄生蟲(chóng)等。
宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個(gè)分支，但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同，它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上，結(jié)合病毒自身的特點(diǎn)，將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。2002年，Breitbart等(BreitbartM,etal,2002)將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用于海洋病毒群落的研究，發(fā)現(xiàn)噬菌體為海水中主要病毒組，這一研究標(biāo)志著宏病毒組學(xué)正式應(yīng)用于科學(xué)研究。簡(jiǎn)而言之，宏病毒組學(xué)就是應(yīng)用特殊方法把特定環(huán)境中所有病毒與其他微生物分開(kāi)，然后提取的病毒核酸，用高通量技術(shù)進(jìn)行病毒核酸測(cè)序，依托現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相應(yīng)的比對(duì)工作，并運(yùn)用軟件分析處理后得到研究樣品中病毒群落的組成信息?？茖W(xué)家通過(guò)對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序，能了解病毒不同傳播階段的變異情況。
宏基因組有廣義和狹義兩種概念。廣義的概念是指所有可能與人的生活密切相關(guān)的微生物的基因組，包括長(zhǎng)期共生在體內(nèi)的微生物，也包括可以進(jìn)入體內(nèi)，對(duì)人類的生活造成不同形式的影響的微生物。而狹義的宏基因組是指長(zhǎng)期共生在體內(nèi)的微生物。宏基因組測(cè)序分析技術(shù)：?jiǎn)问枪采谌梭w內(nèi)的微生物就有1000多種，特別是胃腸道內(nèi)的微生物為豐富。宏基因組除了這些微生物外，也包括以其他方式偶爾進(jìn)入人體內(nèi)的微生物，這些微生物可能形成病源體，影響我們的健康。現(xiàn)在科學(xué)家可以分析和發(fā)現(xiàn)引起疾病的異常微生物存在與活動(dòng)，從而保護(hù)人體的健康。宏基因組學(xué)是以功能基因篩選和/或測(cè)序分析為研究手段。杭州皮膚微生物測(cè)序
病毒全基因組測(cè)序產(chǎn)品特點(diǎn)：無(wú)需培養(yǎng)和特異性擴(kuò)增，對(duì)采集臨床樣本直接檢測(cè)。廣州病毒多樣性測(cè)序分析
人類想要征服新發(fā)人畜共患病，只有提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對(duì)新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、疫苗和抗體的開(kāi)發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)合深度測(cè)序技術(shù)（第二代、第三代測(cè)序技術(shù)）已經(jīng)在人類、動(dòng)物、特定環(huán)境中挖掘出大量的新病毒，該技術(shù)不依賴于病毒培養(yǎng)及病毒序列，在國(guó)內(nèi)外被普遍應(yīng)用于新發(fā)人畜共患病病原的挖掘與臨床診斷?？傊?，隨著病毒宏基因組學(xué)與各種新的分子生物學(xué)技術(shù)及深度測(cè)序技術(shù)的結(jié)合，該技術(shù)展現(xiàn)了區(qū)別于傳統(tǒng)病毒診斷技術(shù)的優(yōu)勢(shì)，而該技術(shù)對(duì)動(dòng)物病毒的挖掘及其他領(lǐng)域的應(yīng)用將更加普遍。廣州病毒多樣性測(cè)序分析