四川宏基因組測序分析

來源: 發(fā)布時間:2022-04-30

病毒宏基因組測序:可直接對樣本中的核酸進行高通量測序,鑒定樣本中可能存在的病原菌,輔助臨床決策。覆蓋細菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物;同時進行耐藥基因檢測,涵蓋266種耐藥菌,2984種抗性基因。宏基因組測序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中的應用:發(fā)現(xiàn)和鑒定新病毒以及確定新病毒與疾病的關系是預防、診斷和新發(fā)病毒性傳染病的首要任務。高通量測序技術突破了傳統(tǒng)技術方法的局限,可以直接以標本中所有的遺傳物質為研究對象,從而能夠快速地鑒定出標本中存在的病毒,形成了一門研究特定環(huán)境中病毒群落的新興學科:病毒宏基因組學(宏病毒組)。在探普生物進行病毒基因組測序非常簡單。四川宏基因組測序分析

病毒宏基因組學(Viralmetagenomics)是宏基因組學的一個分支,指研究特定環(huán)境中的病毒群落的一門技術。近年來隨著新測序技術的不斷發(fā)展,尤其是第二代、第三代測序儀的出現(xiàn),使病毒宏基因組學發(fā)展尤為迅速。對海洋中病毒群體進行了研究,闡明海水中病毒群體以噬菌體為主,并且是應用宏基因組學分析人糞便中不能培養(yǎng)的病毒群落,標志病毒宏基因組學的開端。病毒宏基因組學這一概念,其描述的是環(huán)境中的病毒群落―噬菌體。再次提到病毒宏基因組學這一概念,并對宏基因組學挖掘新病毒的方法進行了闡述,側重于人和動物機體中的真核病毒群落。廣州皮膚微生物測序分析檢測病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。

由于探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經(jīng)驗,熟知各類病毒樣本的特性,因此對于樣本準備有獨特的方法指南,這就為后續(xù)的分析結果打下了牢固的基礎,減少了客戶和公司之間的摩擦,也幾乎沒有售后問題。獨有的實驗和分析流程可兼容高復雜度低濃度的病毒核酸。因此探普生物的病毒測序結果質量有保障外還具備:樣本準備簡單,商務流程通暢,回復消息及時,反饋處理迅速等優(yōu)點。我國經(jīng)濟進入“新常態(tài)”,總體上推動["病毒測序","病毒全基因組測序","病毒宏基因組測序","未知病原鑒定"]從粗放式增長向注重質量、效率方向轉變。

病毒是引發(fā)人畜共患病的主要病原體之一,伴隨環(huán)境、生態(tài)和人類行為等各方面因素的變化,新發(fā)人畜共患病也呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢,它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命,并給畜牧業(yè)和農(nóng)業(yè)的健康發(fā)展以及自然界生態(tài)鏈的平衡帶來危害及災難。然而,許多新發(fā)人畜共患病的病原初往往是未知的,如1986年的牛海綿狀腦病、1999年的尼帕病毒、2003年的SARS冠狀病毒、1997至今不斷變異的高致病性禽流感H5和H;7、2009年的甲型H1N1、2010年的新型布尼亞病毒,它們都經(jīng)歷了一個從未知到己知的探索過程。為此,及早地發(fā)現(xiàn),鑒別未知的或新出現(xiàn)的病原,是有效預防和控制傳染病的先決條件之一。傳統(tǒng)的診斷技術已不能滿足提前預警或快速診斷新發(fā)人畜共患病的需求。近年來,病毒宏基因組學的出現(xiàn)和興起,為人類診斷新發(fā)人畜共患病和探索潛在的病原提供了巨大的幫助。宏基因組測序是通過比對數(shù)據(jù)庫,得到病原體的信息。

在傳統(tǒng)的診斷檢測中,對病原體的診斷檢測是通過體外培養(yǎng)的方式進行,但是不同微生物的培養(yǎng)條件不一樣;不同的微生物的培養(yǎng)技術要求也不一樣;同時,體外培養(yǎng)受時間、空間和培養(yǎng)技術人員的限制。宏基因組分析技術是一種新型的病源體診斷檢測技術,可以在不通過任何培養(yǎng)過程的條件下,通過基因序列的比對,發(fā)現(xiàn)和鑒別罕見病源體引起的疾病,從而針對性地使用藥物,使病源微生物傳染所形成的疾病的準確、高效。元基因組(宏基因組)學研究不要求對每個微生物進行分離、純化和培養(yǎng),而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過元基因組測序,能夠揭示微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關系,極大地擴展了微生物學的研究范圍。DNA宏基因組測序已被用于診斷各種臨床傳染性疾病。四川宏基因組測序分析

宏基因組測序克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術限制。四川宏基因組測序分析

對樣本進行宏病毒組測序有什么意義?和細菌的宏基因組相似,病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。通過對樣本進行宏病毒組測序,我們可以了解單個樣本里有什么病毒,相對含量是多少,優(yōu)勢物種是什么;還可以了解不同群體間物種分布有何差異,結合樣本來源和其所屬環(huán)境,指導下游的實驗方向。于科研,好的群體和樣本可以發(fā)表質量的學術論文;于臨床,可以輔助臨床醫(yī)生進行微生物侵染類疾病診斷并在一定程度提供用藥指導。隨著數(shù)據(jù)庫日趨完善,對樣本進行宏病毒組測序以后,我們將獲得越來越豐富的信息,它有朝一日會成為研究者非常常規(guī)的研究手段。四川宏基因組測序分析

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