北京微生物多樣性測(cè)序分析服務(wù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-04-01

病毒宏基因組測(cè)序研究案例:噬菌體是糞便病毒組的主要成員,糞便病毒組移植(FVT)或能有效的調(diào)節(jié)腸道菌群。在該項(xiàng)概念驗(yàn)證試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn),接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后,飼喂高脂食物的小鼠體重增長(zhǎng)變慢,同時(shí)還能保持正常的血糖指標(biāo),F(xiàn)VT引起的腸道菌群變化介導(dǎo)了這些保護(hù)性功能代謝作用。這項(xiàng)研究表明,F(xiàn)VT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關(guān)代謝類疾病。對(duì)噬菌體不造成損傷,大程度保證了病毒活性,適用于下游FVT研究。宏病毒組學(xué)(ViralMetagenomics)是宏基因組學(xué)的一個(gè)分支,但與傳統(tǒng)的宏基因組學(xué)概念不同,它是在宏基因組學(xué)概念的基礎(chǔ)上,結(jié)合病毒自身的特點(diǎn),將宏基因組學(xué)方法應(yīng)用到病毒學(xué)領(lǐng)域而形成的。病毒宏基因組也是旨在研究微生物群體中的物種分布規(guī)律和差異,通過大數(shù)據(jù)分析微生物群體的功能。北京微生物多樣性測(cè)序分析服務(wù)

狀病毒的發(fā)現(xiàn),病原宏基因組測(cè)序功不可沒:對(duì)一種新病毒進(jìn)行鑒定和檢測(cè),其中非常關(guān)鍵的步驟就是獲得病毒的全基因組信息。在此次監(jiān)測(cè)和防控中,病原宏基因組測(cè)序發(fā)揮了至關(guān)重要的作用,利用其技術(shù)優(yōu)勢(shì),研究人員在五天內(nèi)就鑒定并分析出的基因組,而2003年SARS的鑒定耗時(shí)5月余、2013年H7N9的鑒定耗時(shí)1月余。2019-nCoV為線性單鏈RNA(ssRNA)病毒,基因組全長(zhǎng)包含29903個(gè)核苷酸,10個(gè)基因。病毒基因組序列為進(jìn)一步分析其傳染機(jī)理,傳播途徑,藥物靶點(diǎn)等提供了有利的支持。北京微生物多樣性測(cè)序分析服務(wù)病毒宏基因組測(cè)序可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序。

宏基因組測(cè)序:宏基因組測(cè)序是對(duì)人體樣本或特定環(huán)境樣品中的總核酸(DNA或RNA)進(jìn)行高通量測(cè)序,通過比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù),得到傳染病原體的信息,能夠檢測(cè)出新發(fā)和罕見病原體,特別是在未知病原檢測(cè)中發(fā)揮了難以替代的作用,當(dāng)然宏基因組檢測(cè)方法也面臨不少挑戰(zhàn),檢測(cè)結(jié)果的靈敏度受宿主及其他微生物背景核酸的影響。高通量測(cè)序技術(shù)能夠提供準(zhǔn)確而科學(xué)的基因測(cè)序分析結(jié)果,為防控提供有力技術(shù)保障??茖W(xué)家通過對(duì)病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序,可以了解不同傳播階段的變異情況,推測(cè)病毒對(duì)人的傳染力的變化及傳播情況。

目前,構(gòu)建的病毒宏基因組學(xué)文庫(kù)主要有載體克隆文庫(kù)和基于高通量測(cè)序技術(shù)的加接頭的文庫(kù)。隨著深度測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展,第二代高通量測(cè)序技術(shù)、第三代單分子測(cè)序技術(shù)已經(jīng)普遍地應(yīng)用于各項(xiàng)研究領(lǐng)域中,以454測(cè)序技術(shù)和Illumina測(cè)序技術(shù)為表示的二代測(cè)序法得到迅速推廣用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫(kù),相信將來第三代測(cè)序平臺(tái)如tSMSTM(truesinglemolecularsequeneing)技術(shù)平臺(tái)、SMRT(singlemoleculereal-time)技術(shù)平臺(tái)、FRET測(cè)序技術(shù)及納米孔單分子技術(shù)為表示的第三代測(cè)序法也將應(yīng)用于構(gòu)建病毒宏基因組文庫(kù)。Donaldson等[23]采用高通量測(cè)序技術(shù)構(gòu)建了蝙蝠腸道的病毒宏基因組學(xué)文庫(kù),獲得了600000條讀長(zhǎng)(Reads)的核酸序列。通過對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序,我們可以了解單個(gè)樣本里有什么病毒。

由于探普生物具備處理大量多樣的病毒樣本的經(jīng)驗(yàn),熟知各類病毒樣本的特性,因此對(duì)于樣本準(zhǔn)備有獨(dú)特的方法指南,這就為后續(xù)的分析結(jié)果打下了牢固的基礎(chǔ),減少了客戶和公司之間的摩擦,也幾乎沒有售后問題。獨(dú)有的實(shí)驗(yàn)和分析流程可兼容高復(fù)雜度低濃度的病毒核酸。因此探普生物的病毒測(cè)序結(jié)果質(zhì)量有保障外還具備:樣本準(zhǔn)備簡(jiǎn)單,商務(wù)流程通暢,回復(fù)消息及時(shí),反饋處理迅速等優(yōu)點(diǎn)。我國(guó)經(jīng)濟(jì)進(jìn)入“新常態(tài)”,總體上推動(dòng)["病毒測(cè)序","病毒全基因組測(cè)序","病毒宏基因組測(cè)序","未知病原鑒定"]從粗放式增長(zhǎng)向注重質(zhì)量、效率方向轉(zhuǎn)變。病原微生物二代測(cè)序,也稱宏基因組測(cè)序(mNGS)。杭州病毒多樣性分析哪家好

病毒宏基因組測(cè)序需要客戶配合完成合格的取樣步驟和樣本前處理步驟。北京微生物多樣性測(cè)序分析服務(wù)

宏基因組應(yīng)用:特定生物種基因組研究使人們的認(rèn)識(shí)單元實(shí)現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變,宏基因組研究將使人們擺脫物種界限,揭示更高更復(fù)雜層次上的生命運(yùn)動(dòng)規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認(rèn)識(shí)和基因操作技術(shù)背景下,細(xì)菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對(duì)象。細(xì)菌宏基因組細(xì)菌人工染色體文庫(kù)篩選和基因系統(tǒng)學(xué)分析使研究者能更有效地開發(fā)細(xì)菌基因資源,更深入地洞察細(xì)菌多樣性。如宏基因組成為生物催化劑的新來源。病毒宏基因組測(cè)序是指通過高通量測(cè)序?qū)φ麄€(gè)環(huán)境中的病毒進(jìn)行研究,以獲得單個(gè)樣品的飽和數(shù)據(jù)量,可進(jìn)行病毒群體的物種分類、復(fù)雜度分析、群體結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、樣品間的病毒種類或基因差異分析。宏基因組測(cè)序研究擺脫了對(duì)病毒分離培養(yǎng)的限制,為環(huán)境中各種病毒的研究提供了有效工具,并可以通過宏基因組深度測(cè)序挖掘具有應(yīng)用價(jià)值的基因資源。北京微生物多樣性測(cè)序分析服務(wù)

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