Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發(fā)生和進展的關鍵細胞類型。DNA羥甲基化與轉錄***有關，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關鍵步驟，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標志物以及潛在的新藥物靶點。 羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結合高通量測序技術。山東850K芯片技術服務專業(yè)服務
安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設計平臺，可以進行芯片的定制。在甲基化領域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關系。從功能上分，有256基因和細胞凋亡有關，1273個基因和信號傳導有關，487個基因和壓力和衰老有關。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。MeDIP-Seq技術服務歡迎咨詢RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物，提供全基因組范圍的、高性價比的甲基化檢測金標準方案。
DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾，它在不改變DNA序列的情況下，對個體的生長、發(fā)育、基因表達模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調控作用，這種修飾是可逆的，并且這種修飾在發(fā)育和細胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發(fā)生、發(fā)展、細胞*變有著密切的聯(lián)系。DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因組總體甲基化水平降低使轉座子、重復序列活化導致染色體穩(wěn)定性下降。這些因素是導致**發(fā)展、轉移、惡化**終導致患者死亡的重要原因。其中后三個方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點為靶點，靶向用藥進行**的預防、***。
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術優(yōu)勢從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析，結合項目背景和科學問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。 通過甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。
芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產(chǎn)品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。技術服務共同合作
全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結合。山東850K芯片技術服務專業(yè)服務
Chip-Seq 是指通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DN**段，并對其進行純化和文庫構建；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結合靶DNA序列的重要手段，為轉錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學的研究提供有效方法。
應用領域
1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關系。
2、完成對轉錄因子及其它蛋白在基因組上結合位點的精細定位。
3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 山東850K芯片技術服務專業(yè)服務