cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟。五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。山東6mA技術(shù)服務(wù)方案
WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。2、FFPE樣本：室溫保存三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸；2、細(xì)胞、全血、組織樣本：干冰運(yùn)輸，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE樣本：室溫運(yùn)輸。四、樣本量要求1、基因組DNA：常規(guī)WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測(cè)濃度，基于OD值的檢測(cè)方法，例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2、細(xì)胞樣本：常規(guī)WGBS，不少于5x10*6個(gè)細(xì)胞；微量WGBS，5000個(gè)細(xì)胞1）收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、使用預(yù)冷的1×PBS，洗滌2次，600g離心5分鐘；2）***一次離心后，盡量去除上清PBS，保留細(xì)胞沉淀;3、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、動(dòng)植物組織：動(dòng)物組織，30mg以上;植物組織，不同組織。 遼寧Chip-seq技術(shù)服務(wù)共同合作N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。
MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢(shì)包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個(gè)甲基化位點(diǎn))CpG島非CpG和差異甲基化位點(diǎn)FANTOM5增強(qiáng)子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)miRNA啟動(dòng)子區(qū)域?qū)嶒?yàn)分析方法重現(xiàn)性98%（針對(duì)技術(shù)性重復(fù)）98%（針對(duì)傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對(duì)照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對(duì)HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容）用戶友好的簡化工作流程與FFPE樣本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用戶友好的簡化的工作流程，可以從低樣本起始量（低至250ng）同時(shí)處理多達(dá)96個(gè)樣本該甲基化芯片針對(duì)常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點(diǎn)級(jí)別的定量測(cè)量，因此能實(shí)現(xiàn)超級(jí)精細(xì)的解析度，方便用戶了解表觀遺傳的變化。
cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 基于高通量測(cè)序平臺(tái)的甲基化圖譜分析。
DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌、藻類及動(dòng)植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：單堿基分辨率；結(jié)合測(cè)序。甲基化5mc檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強(qiáng)化RRBS——高性價(jià)比DNA甲基化檢測(cè)方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案。 RRBS用于人、哺乳動(dòng)物及魚類方向的高水平甲基化研究。四川單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)口碑推薦
DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。山東6mA技術(shù)服務(wù)方案
Agilent甲基化芯片通過SurePrint芯片合成**技術(shù)，結(jié)合優(yōu)化的探針設(shè)計(jì)及實(shí)驗(yàn)方法，可靈活進(jìn)行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復(fù)性的結(jié)果。技術(shù)流程：1.將基因組DNA超聲打斷成400-500bpDN**段；2.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；3.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗體。使用免疫磁珠法分離樣品中甲基化DN**段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DN**段被洗脫；4.純化免疫共沉淀的DN**段；對(duì)MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進(jìn)行標(biāo)記；5.標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與芯片雜交；6.檢測(cè)雜交信號(hào)并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片?！窠^大多數(shù)基因是針對(duì)基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針?！裥酒弦还灿?160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系?！駨墓δ苌戏?，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)?！裉貏e適用于**甲基化研究。 山東6mA技術(shù)服務(wù)方案