棒棒糖圖是直觀顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)上的突變點(diǎn)**簡(jiǎn)單且有效的方式。許多致*基因具有比任何其他基因座更頻繁突變的優(yōu)先位點(diǎn)。這些位點(diǎn)被認(rèn)為是突變熱點(diǎn)，棒棒糖圖可以用于顯示突變熱點(diǎn)以及其他突變位點(diǎn)。并可以對(duì)比不同**/亞型的突變位點(diǎn)。
基本原理
將蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)根據(jù)氨基酸順序繪制為長(zhǎng)條形，以不同色塊標(biāo)注不同結(jié)構(gòu)域，在基因突變導(dǎo)致氨基酸改變的位置標(biāo)注棒棒糖，并在棒棒糖圓球標(biāo)注位點(diǎn)的突變頻數(shù)以及突變位點(diǎn)。
數(shù)據(jù)要求
基因突變或者蛋白質(zhì)突變數(shù)據(jù)
下游分析
1、突變位點(diǎn)靶向藥物分析
2、驅(qū)動(dòng)基因突變分析 承擔(dān)各類項(xiàng)目超過(guò)400余項(xiàng)。云南組學(xué)數(shù)據(jù)處理數(shù)據(jù)科學(xué)共同合作
immune-network免疫網(wǎng)絡(luò)**微環(huán)境（TME）是**周圍的環(huán)境，包括周圍血管，免疫細(xì)胞，成纖維細(xì)胞，信號(hào)分子和細(xì)胞外基質(zhì)（ECM）。**與周圍微環(huán)境密切相關(guān)，不斷相互作用。**可以通過(guò)釋放細(xì)胞外信號(hào)，促進(jìn)**血管生成和誘導(dǎo)外周免疫耐受來(lái)影響微環(huán)境，而微環(huán)境中的免疫細(xì)胞可以影響*細(xì)胞的生長(zhǎng)和進(jìn)化。免疫細(xì)胞泛指所有參與免疫反應(yīng)的細(xì)胞，也特指能識(shí)別抗原，產(chǎn)生特異性免疫應(yīng)答的淋巴細(xì)胞等。主要包括T淋巴細(xì)胞、B淋巴細(xì)胞、單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、粒細(xì)胞、肥大細(xì)胞、輔佐細(xì)胞，以及它們的前體細(xì)胞等，是免疫系統(tǒng)的功能單元。**微環(huán)境中免疫細(xì)胞之間相互作用形成免疫網(wǎng)絡(luò)，網(wǎng)絡(luò)設(shè)立可以清晰了解**微環(huán)境中免疫細(xì)胞之間的影響機(jī)制。應(yīng)用場(chǎng)景用網(wǎng)絡(luò)圖同時(shí)展示相關(guān)關(guān)系、pvalue、聚類/分類結(jié)果、跟預(yù)后的關(guān)系。-例如例文中各細(xì)胞之間的相關(guān)關(guān)系、跟預(yù)后的關(guān)系。基本原理：免疫系統(tǒng)遍布全身，涉及多種細(xì)胞、***、蛋白質(zhì)和組織。它可以區(qū)分我們的組織和外來(lái)組織自我和非自我。死亡和有缺陷的細(xì)胞也會(huì)被免疫系統(tǒng)識(shí)別和***。如果免疫系統(tǒng)遇到病原體就會(huì)產(chǎn)生免疫反應(yīng)。免疫細(xì)胞泛指所有參與免疫反應(yīng)的細(xì)胞，也特指能識(shí)別抗原，產(chǎn)生特異性免疫應(yīng)答的淋巴細(xì)胞等。 重慶算法還原與開發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)自有服務(wù)器機(jī)房，可隨時(shí)調(diào)用各計(jì)算平臺(tái)算力，且團(tuán)隊(duì)成員有多年科研經(jīng)歷。
術(shù)語(yǔ)解釋：互斥性（mutuallyexclusive）：一組基因中只有一個(gè)在一種**中發(fā)生改變，這種現(xiàn)象被稱為互斥性。共現(xiàn)性（co-occurrence）：不同途徑功能的基因突變可能發(fā)生在同一**中，這種現(xiàn)象被稱為共現(xiàn)性。數(shù)據(jù)要求：基因突變數(shù)據(jù)下游分析：對(duì)于存在共現(xiàn)性或互斥性的基因?qū)?基因集基因集的功能分析基因集相關(guān)的生存分析基于基因集的潛在靶向藥物分析文獻(xiàn)一：Functionalgenomiclandscapeofacutemyeloidleukaemia急性髓性白血病的功能基因組圖（于2018年10月發(fā)表在Nature.，影響因子）文獻(xiàn)中使用DISCOVER40方法評(píng)估531例白血病患者中**常見(jiàn)的復(fù)發(fā)性突變的共現(xiàn)性或排他性，并用點(diǎn)圖展示。文獻(xiàn)二：ALPK1hotspotmutationasadriverofhumanspiradenomaandspiradenocarcinoma文獻(xiàn)中利用DISCOVER共現(xiàn)性質(zhì)和互斥性分析工具對(duì)ALPK1和CYLD的互斥性進(jìn)行了評(píng)價(jià)。
bubbles（不同分組的基因表達(dá)或通路富集展示）：Bubbles可以同時(shí)展示pvalue和表達(dá)量。例如展示motif的pvalue和motif對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)量，方便快速看出轉(zhuǎn)錄因子富集且高表達(dá)所在的group，預(yù)示著該分組對(duì)細(xì)胞狀態(tài)的改變（例如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)移、應(yīng)激）起關(guān)鍵調(diào)控作用；例如做基因功能富集分析時(shí)，展示富集的通路qvalue和基因數(shù)量或geneRatio。
基本原理：
Bubbles的實(shí)質(zhì)是分組數(shù)據(jù)下基因表達(dá)量或通路內(nèi)基因數(shù)量的可視化，同時(shí)可以展示pvalue。
數(shù)據(jù)要求：
表達(dá)矩陣，分組 構(gòu)建新的臨床預(yù)測(cè)模型。
術(shù)語(yǔ)解釋：Cox回歸：又稱比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型(proportionalhazardsmodel，簡(jiǎn)稱Cox模型)，是由英國(guó)統(tǒng)計(jì)學(xué)家。該模型以生存結(jié)局和生存時(shí)間為應(yīng)變量，可同時(shí)分析多種因素對(duì)于生存期長(zhǎng)短的影響。Cox模型能分析帶有截尾生存時(shí)間的資料，且不要求估計(jì)資料的生存分布類型，因此在醫(yī)學(xué)界被***使用。Logistic回歸：又稱邏輯回歸模型，屬于廣義線性模型。邏輯回歸是一種用于解決二分類問(wèn)題的分析方法，用于估計(jì)某種事物的可能性。相較于傳統(tǒng)線性模型，邏輯回歸模型以概率形式輸出結(jié)果，可控性高且結(jié)果可解釋性強(qiáng)。數(shù)據(jù)要求：樣本臨床信息或生物學(xué)特征（基因突變、基因表達(dá)等）樣本的隨訪數(shù)據(jù)（總生存期，生存狀態(tài)）或樣本的分組情況下游分析：1.補(bǔ)充相關(guān)因素的已有相關(guān)研究2.解釋相關(guān)因素對(duì)研究課題的意義。 云生物深度理解科研需求、強(qiáng)大分析處理能力。重慶算法還原與開發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)
TCGA數(shù)據(jù)機(jī)器學(xué)習(xí)研究數(shù)據(jù)包。云南組學(xué)數(shù)據(jù)處理數(shù)據(jù)科學(xué)共同合作
PPImodule蛋白質(zhì)互作蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指兩個(gè)或兩個(gè)以上的蛋白質(zhì)分子通過(guò)非共價(jià)鍵形成蛋白質(zhì)復(fù)合體（proteincomplex）的過(guò)程。PPImodule是指共表達(dá)蛋白模塊或蛋白質(zhì)相互作用模塊。蛋白質(zhì)相互作用形成人體復(fù)雜的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，對(duì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類形成模塊從而幫助我們理解細(xì)胞的功能。我們一般使用PPImodule把基因列表跟蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)聯(lián)系起來(lái)。例如RNA-seq獲得的差異表達(dá)基因，看他們?cè)诘鞍紫嗷プ饔镁W(wǎng)絡(luò)中，哪些基因處于同一module?；驹恚旱鞍踪|(zhì)在細(xì)胞中的功能取決于它與其他蛋白質(zhì)、核酸和小分子相互作用關(guān)系，對(duì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行聚類形成模塊，各個(gè)蛋白模塊發(fā)揮不同的功能，我們將基因列表重疊于模塊上，查找基因列表所在的功能模塊，從而發(fā)現(xiàn)基因列表中的基因可能發(fā)揮的細(xì)胞功能。我們通過(guò)PPI數(shù)據(jù)庫(kù)找到共表達(dá)蛋白中的module,然后從模塊中篩選出基因列表的產(chǎn)物蛋白，篩選出的結(jié)果就是基因列表***表達(dá)的PPImodule。 云南組學(xué)數(shù)據(jù)處理數(shù)據(jù)科學(xué)共同合作