在PCR實(shí)驗(yàn)中,除了BsuDNAPolymerase,還有幾種聚合酶適合高溫?cái)U(kuò)增,包括:1.**TaqDNAPolymerase**:這是常用的PCR聚合酶,來(lái)源于Thermusaquaticus,能夠在72°C的比較好活性溫度下工作。它具有良好的熱穩(wěn)定性,可以承受PCR的熱變性步驟,且中途不需要再添加酶。2.**PfuDNAPolymerase**:來(lái)源于Pyrococcusfuriosus,具有出色的熱穩(wěn)定性和3'→5'外切酶活性,提供校正功能,適用于對(duì)PCR保真性要求較高的實(shí)驗(yàn),如基因篩選、克隆表達(dá)、突變檢測(cè)、定點(diǎn)突變等。3.**VentDNAPolymerase**:來(lái)源于Litoralis棲熱球菌,具有3'→5'外切酶活性,可以去除錯(cuò)配的堿基,具有校對(duì)功能,保真度比TaqDNAPolymerase高5~15倍。4.**KODDNAPolymerase**:來(lái)自Thermococcuskodakaraensis,具有高保真性和高熱穩(wěn)定性,保真性比PfuDNAPolymerase更高,優(yōu)化后的PCR反應(yīng)緩沖液能使得其擴(kuò)增速度達(dá)到Taq酶的2倍、Pfu酶的5-6倍。5.**BstDNAPolymerase**:來(lái)源于Bacillusstearothermophilus,具有3'到5'外切割活性,適用于等溫?cái)U(kuò)增反應(yīng),如LAMP技術(shù),可在恒溫下進(jìn)行DNA擴(kuò)增,無(wú)需繁瑣的溫度循環(huán)。E2酶接收來(lái)自E1的激起泛素,并在E3酶的協(xié)助下將泛素分子轉(zhuǎn)移到靶蛋白上。Recombinant Human BACE-1 (His Tag)
T7EndonucleaseI(T7EI)在CRISPR/Cas9基因編輯中的應(yīng)用主要體現(xiàn)在突變體檢測(cè)和基因編輯效率評(píng)估上。以下是T7EI在CRISPR/Cas9中的具體應(yīng)用步驟和特點(diǎn):1.**基因編輯效率評(píng)估**:-T7EI用于評(píng)估CRISPR-Cas9在給定的導(dǎo)向RNA靶位點(diǎn)上對(duì)細(xì)胞群體進(jìn)行基因編輯的效率。-通過(guò)PCR擴(kuò)增圍繞CRISPR導(dǎo)向RNA靶位點(diǎn)的基因組DNA,如果CRISPR-Cas9介導(dǎo)的非同源末端連接(NHEJ)修復(fù)事件引入了突變,變性和退火將形成突變型和野生型PCR擴(kuò)增子的異源雙鏈DNA。2.**突變體檢測(cè)**:-如果CRISPR/Cas9編輯成功在DNA上引入突變,則可與野生型DNA片段退火產(chǎn)生異質(zhì)雙鏈DNA。T7EI可以識(shí)別該DNA上的不完全配對(duì)的DNA位點(diǎn)然后進(jìn)行雙鏈切割,通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳即可顯示酶切后的條帶,從而半定量判定基因編輯效果。-T7EI能識(shí)別長(zhǎng)度大于或等于2bp的插入、缺失或突變導(dǎo)致的錯(cuò)配DNA,不能識(shí)別1bp的插入、缺失或突變。3.**實(shí)驗(yàn)步驟**:-收集細(xì)胞并提取基因組DNA,然后使用PCR擴(kuò)增期望編輯的基因組區(qū)域。擴(kuò)增子的長(zhǎng)度建議為0.5-1kb。-對(duì)擴(kuò)增的DNA進(jìn)行變性和退火復(fù)性,以產(chǎn)生異質(zhì)雙鏈DNA。-使用T7EI酶處理退火后的DNA產(chǎn)物,在37℃孵育15分鐘。
在PCR實(shí)驗(yàn)中,為了避免引物與已知序列的交叉反應(yīng),從而確保實(shí)驗(yàn)的特異性,以下是一些關(guān)鍵的引物設(shè)計(jì)原則和策略:1.**選擇高保守性區(qū)域**:引物比較好設(shè)計(jì)在模板cDNA的保守區(qū)內(nèi),這樣可以確保引物與目標(biāo)序列的特異性結(jié)合。通過(guò)比較不同物種的同一基因序列,可以確定基因的保守區(qū)。2.**避免引物與非目標(biāo)序列的同源性**:設(shè)計(jì)引物時(shí),應(yīng)避免與基因組中的重復(fù)序列、假基因或高同源性區(qū)域設(shè)計(jì)引物。可以通過(guò)BLAST等工具對(duì)引物進(jìn)行同源性分析,確保引物只與目標(biāo)序列結(jié)合。3.**引物長(zhǎng)度和GC含量**:引物長(zhǎng)度一般在15-30堿基之間,常用的是18-27bp。GC含量一般為40%-60%,以45-55%為宜。過(guò)高或過(guò)低的GC含量都不利于引發(fā)反應(yīng),上下游引物的GC含量和Tm值應(yīng)保持接近。4.**避免引物的3'端錯(cuò)配**:引物3'端的堿基應(yīng)嚴(yán)格要求配對(duì),特別是倒數(shù)第二個(gè)堿基,以避免因末端堿基不配對(duì)而導(dǎo)致PCR失敗。引物3'端比較好不要選擇A,比較好選擇T,因?yàn)楫?dāng)末位鏈為T(mén)時(shí),錯(cuò)配的引發(fā)效率降低。5.**避免引物自身及引物之間的互補(bǔ)序列**:引物自身不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,否則引物自身會(huì)折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu),影響引物與模板的復(fù)性結(jié)合。前后引物之間也不應(yīng)具有互補(bǔ)性,尤其應(yīng)避免3'端的互補(bǔ)重疊以防止引物二聚體的形成。
BloodGenomicDNAIsolationKitwithMagneticBeads是一種利用磁珠技術(shù)從血液中提取基因組DNA的試劑盒。以下是一些關(guān)鍵特點(diǎn)和應(yīng)用:1.**高效提取**:該試劑盒采用特殊的磁珠和緩沖體系,能夠快速且高效地從100μl至1ml的血液中分離和純化高質(zhì)量的基因組DNA。2.**磁珠特性**:獨(dú)特的磁珠具有很強(qiáng)的核酸親和力,在特定條件下可以快速分離和純化核酸。這些磁珠對(duì)磁場(chǎng)響應(yīng)迅速,使得提取過(guò)程既安全又便捷。3.**提取過(guò)程**:血液樣本在裂解液和蛋白酶K的作用下迅速裂解,釋放出的基因組DNA與磁珠特異性結(jié)合。通過(guò)磁分離架的作用,磁珠與溶液快速分離,經(jīng)過(guò)洗滌去除雜質(zhì),用洗脫液將基因組DNA從磁珠上洗脫下來(lái)。4.**應(yīng)用廣**:提取的基因組DNA可用于多種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn),如PCR擴(kuò)增、酶切、基因分型、Southern雜交、高通量測(cè)序、基因組DNA文庫(kù)構(gòu)建等。5.**操作簡(jiǎn)便**:整個(gè)抽提過(guò)程大約需要50分鐘,操作簡(jiǎn)便,無(wú)需使用有毒有害的有機(jī)試劑,如酚或氯仿,提高了實(shí)驗(yàn)的安全性。6.**高純度和高回收率**:提取的DNA純度高,A260/A280通常在1.7-1.9之間,表明蛋白和RNA的污染低?;厥章释ǔ3^(guò)80%。
Cre重組酶在基因編輯中的操作主要涉及以下幾個(gè)步驟:1.**識(shí)別與結(jié)合**:-Cre重組酶首先識(shí)別并分別結(jié)合兩個(gè)LoxP序列的兩個(gè)反向重復(fù)序列,形成一個(gè)二聚體。2.**四聚體形成**:-兩個(gè)二聚體互相靠近,形成由四個(gè)Cre分子與兩個(gè)LoxP位點(diǎn)結(jié)合形成的四聚體復(fù)合物。3.**DNA切割與交換**:-Cre重組酶在每個(gè)LoxP位點(diǎn)的間隔序列中引導(dǎo)單鏈切割,產(chǎn)生帶有3’端羥基的斷裂。每個(gè)LoxP位點(diǎn)的兩個(gè)單鏈分別被切割。切割產(chǎn)生的自由3’端與對(duì)側(cè)的3’端進(jìn)行交換和重連,形成Holliday交叉結(jié)構(gòu)。4.**分子重組與解旋**:-Holliday交叉結(jié)構(gòu)通過(guò)Cre酶的作用被解旋并重組,形成新的重組產(chǎn)物。這個(gè)過(guò)程導(dǎo)致兩個(gè)LoxP位點(diǎn)之間的DNA序列被刪除、反轉(zhuǎn)或易位,具體效果取決于LoxP序列的排列方式(方向和位置)。5.**條件性基因編輯**:-通過(guò)建立特異性Cre小鼠,該小鼠中的Cre重組酶由特定啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng),可在特定細(xì)胞或組織或全身表達(dá)Cre重組酶。與帶有Lox位點(diǎn)的Flox小鼠雜交,子代中可以獲得既帶有Cre又帶有Flox基因的小鼠,實(shí)現(xiàn)條件性基因打靶(表達(dá)或敲除靶基因)。FnCas12a包含約1300個(gè)氨基酸,含有RuvC-like結(jié)構(gòu)域,同時(shí)具有DNA和RNA內(nèi)切酶的活性。Recombinant Mouse APOE/Apolipoprotein E Protein,His Tag
激發(fā)的泛素被轉(zhuǎn)移到泛素結(jié)合酶E2的活性位點(diǎn)半胱氨酸殘基上,形成E2-泛素硫酯中間體。Recombinant Human BACE-1 (His Tag)
提取的病毒核酸可以直接用于多種實(shí)驗(yàn),主要包括:1.**實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)**:這是一種常用的技術(shù),可以對(duì)病毒核酸進(jìn)行定量檢測(cè)。它通過(guò)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)PCR過(guò)程中的熒光信號(hào)來(lái)確定病毒核酸的數(shù)量。例如,病毒核酸檢測(cè)就是基于此技術(shù),通過(guò)設(shè)計(jì)特異性引物和探針,對(duì)病毒的靶基因進(jìn)行定性檢測(cè)。2.**逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)**:這項(xiàng)技術(shù)用于檢測(cè)RNA病毒,通過(guò)將病毒RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA,然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增,以檢測(cè)病毒的存在。RT-PCR技術(shù)靈敏而且用途廣,可以用于檢測(cè)細(xì)胞、組織中RNA病毒的含量。3.**等溫?cái)U(kuò)增法**:包括環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)和切口延伸等溫?cái)U(kuò)增(NEAR),這些方法在恒溫條件下進(jìn)行,無(wú)需復(fù)雜的設(shè)備,適用于快速、現(xiàn)場(chǎng)的病毒核酸檢測(cè)。4.**數(shù)字PCR(dPCR)**:這是一種高度靈敏的技術(shù),可以對(duì)病毒核酸進(jìn)行定量。它通過(guò)將樣本分配到成千上萬(wàn)的微小反應(yīng)室中,每個(gè)反應(yīng)室單獨(dú)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)病毒核酸的精確計(jì)數(shù)。5.**核酸雜交技術(shù)**:如熒光原位雜交(FISH),可以用于檢測(cè)特定病毒核酸序列在細(xì)胞或組織中的存在和定位。Recombinant Human BACE-1 (His Tag)