盡管前傳時(shí)代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當(dāng)今時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一、實(shí)驗(yàn)技術(shù)有待改進(jìn)。我們可以做更多的事情來改善實(shí)驗(yàn)技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)優(yōu)化、高效率的計(jì)算工具實(shí)現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時(shí)序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。空間轉(zhuǎn)錄組這對于發(fā)育生物學(xué)等眾多領(lǐng)域的研究都具有重要的意義。黑龍江空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性：同時(shí)了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問題。在不同的環(huán)境下，明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的，例如在神經(jīng)科學(xué)中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個(gè)轉(zhuǎn)錄組或基因組分析。二、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。青海應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)得到蓬勃發(fā)展。
空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時(shí)，多角度測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計(jì)方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強(qiáng)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析?；鶞?zhǔn)測試證明BayesSpace在識別具有相似表達(dá)譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進(jìn)行表達(dá)數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分辨率有限的問題。
轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置。過真實(shí)研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺可檢測框架?？臻g轉(zhuǎn)錄組樣本的組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列。河南空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。黑龍江空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
第二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當(dāng)前時(shí)代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強(qiáng)、易擴(kuò)展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā)。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。黑龍江空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
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