基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細(xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點(diǎn)是：檢測效率較低?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組
如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無法解釋兩個樣本預(yù)后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報價10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進(jìn)行滲透，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實(shí)踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此，你可以在一個單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析。作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況。
除了前面提及的依賴于成像的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)外，一些無需成像即可計算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對位置。另外，也出現(xiàn)了一些技術(shù)（如 pcRNAseq），在細(xì)胞水平上，可以通過多重分析來重建稀有類型細(xì)胞基因的空間表達(dá)情況，然后基于來自常見細(xì)胞類型的細(xì)胞基因表達(dá)將其映射到空間參考中的位置，這些細(xì)胞的類型與附著于稀有細(xì)胞類型的細(xì)胞相關(guān)。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo)。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。河南空間轉(zhuǎn)錄組報價
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組
高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu)、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積、空間高變基因的識別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。對于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo)。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家集研發(fā)、制造、銷售為一體的****，公司位于聯(lián)航路1188號25幢，成立于2009-03-10。公司秉承著技術(shù)研發(fā)、客戶優(yōu)先的原則，為國內(nèi){主營產(chǎn)品或行業(yè)}的產(chǎn)品發(fā)展添磚加瓦。在孜孜不倦的奮斗下，公司產(chǎn)品業(yè)務(wù)越來越廣。目前主要經(jīng)營有科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等產(chǎn)品，并多次以醫(yī)藥健康行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、客戶需求定制多款多元化的產(chǎn)品。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司研發(fā)團(tuán)隊(duì)不斷緊跟科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢行業(yè)發(fā)展趨勢，研發(fā)與改進(jìn)新的產(chǎn)品，從而保證公司在新技術(shù)研發(fā)方面不斷提升，確保公司產(chǎn)品符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和要求。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司嚴(yán)格規(guī)范科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢產(chǎn)品管理流程，確保公司產(chǎn)品質(zhì)量的可控可靠。公司擁有銷售/售后服務(wù)團(tuán)隊(duì)，分工明細(xì)，服務(wù)貼心，為廣大用戶提供滿意的服務(wù)。