通過蛋白質(zhì)組學分析檢測了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs,在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外,熱圖分析揭示了不同表達的功能基因,包括與炎癥、細胞增殖、免疫調(diào)節(jié)和血管生成相關(guān)的因素(圖2B-E)。時序分析表明,HBMECs中標記基因的上調(diào)與炎癥因子IL3RA有關(guān),增殖相關(guān)蛋白CD40和免疫調(diào)節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內(nèi)皮細胞的血管生成能力,因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關(guān)基因的表達。蛋白質(zhì)印跡結(jié)果顯示血管生成相關(guān)基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述,結(jié)果證實了M-Exos誘導了人腦微血管內(nèi)皮細胞的功能改變。一站式服務(wù),研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達的變化。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
本研究采用串聯(lián)質(zhì)量標簽(TMT)標記的蛋白質(zhì)組學和平行反應(yīng)監(jiān)測(PRM)技術(shù),對蓮子脫水過程中的生理調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行了深入研究表明,碳水化合物代謝(包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細胞壁組織)、ER中的蛋白質(zhì)加工、DNA修復(fù)和抗氧化事件對蓮種胎脫水有積極的反應(yīng)。在蓮種胚脫水過程中,非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑,在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結(jié)果為揭示荷花胚胎脫水保護機制的生理學調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了酶途徑在抗氧化保護中起著主要作用。應(yīng)激生理學檢測表明,H2O2是誘發(fā)氧化應(yīng)激損傷的主要活性氧(ROS)成分,谷胱甘肽新的見解。安徽磷酸化蛋白組學檢測蛋白組學常見研究模式,蛋白樣本準備注意事項以及經(jīng)典案例解讀。
通過磷酸化蛋白質(zhì)組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質(zhì),其中474個(38%)在**組織中***增加,183個(15%)***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結(jié)果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示,在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉(zhuǎn)運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質(zhì)組技術(shù),是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級,可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性,**臨床蛋白質(zhì)組學在定性數(shù)量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升,從蛋白質(zhì)表達和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調(diào)控機制、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標志物等多重作用。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較,同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類,主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中,普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中,參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?;钴S。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性,以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的,作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白質(zhì)組學-鹿明生物丨歐易生物。
4D蛋白組學:tims TOF Pro2依賴于雙捕集離子淌度(TIMS)和同步累積連續(xù)碎裂(PASEF)數(shù)據(jù)采集模式兩大創(chuàng)新技術(shù),可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性。同時,其配備了***一代雙 TIMS 分析器,離子容量可提高三倍,比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度,讓蛋白質(zhì)組學分析再上一個新的臺階,鹿明生物同時配備了Evosep One高通量色譜使其在短梯度下也能實現(xiàn)蛋白深度覆蓋,結(jié)果更精細,也成為轉(zhuǎn)化組學應(yīng)用不可或缺的工具。更高掃描速度:助力臨床大隊列項目研究,更高覆蓋深度:助力蛋白組鑒定到更多的蛋白數(shù)量,超高靈敏度:助力微量樣本蛋白組分析,鑒定更可信:助力蛋白或化合物更高可信度的鑒定。蛋白組+代謝組+脂質(zhì)組-數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)。山東植物蛋白組學研究
走近蛋白組學之蛋白組學常見問題答疑解惑。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學研究案例:2021年12月30日復(fù)旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文,通過基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學、微生物組學研究方法對262例肝內(nèi)膽管*(iCCA)患者的配對**和*旁組織進行了分析,通過繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預(yù)后等提供了寶貴的資源。江西蛋白組學數(shù)據(jù)上傳
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